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Imagen de apoyo de  Identifying genetic signatures of recent local adaptations in people from Ibiza = Identificación de firmas genéticas de adaptaciones locales recientes en personas de Ibiza

Identifying genetic signatures of recent local adaptations in people from Ibiza = Identificación de firmas genéticas de adaptaciones locales recientes en personas de Ibiza

Por: Diego Alejandro Londoño Correa | Fecha: Ca. 2020

Abstract: Islands have been considered natural laboratories to study evolutionary processes. Ibiza is a small island in Spain whose population stands out from other Spanish populations due to its particular demographic and historical processes. War, famine, and several epidemics have affected Ibizans, and these phenomena could have left signatures of positive selection in their genomes. Here, we used three different methodologies to detect positive selection: The Population Branch Statistic (PBS), the Integrated Haplotype Score (iHS), and the Cross-Population Extended Haplotype Homozygosity (XP-EHH). We used a sliding windows approach to control for spurious results. The candidate windows for selection were chosen using three different criteria for each test: maximum and mean score within each window, and proportion of high scores in each window. Only the windows being simultaneously on the top of each of the three criteria were selected for annotation and enrichment analyses. The most common traits associated with the SNPs present in the candidate windows were blood function, cardiovascular diseases, body mass measures, lipid metabolism, renal function, and skin diseases. We suggest some hypotheses to explain the selection signatures related to some of these traits and some recommendations for further studies to overcome the present research's limitations. Resumen: Las islas se han considerado laboratorios naturales para estudiar procesos evolutivos. Ibiza es una pequeña isla de España cuya población se distingue del resto de poblaciones españolas por sus particulares procesos demográficos e históricos. La guerra, el hambre y varias epidemias han afectado a los ibicencos, y estos fenómenos podrían haber dejado huellas de selección positiva en sus genomas. Aquí, utilizamos tres metodologías diferentes para detectar selección positiva: el Population Branch Statistic (PBS), el Integrated Haplotype Score (iHS) y la Cross-Population Extended Haplotype Homozygosity (XP-EHH). Usamos un enfoque de ventanas deslizantes para controlar resultados espurios. Las ventanas candidatas para la selección se eligieron utilizando tres criterios diferentes para cada prueba: puntuación máxima y media dentro de cada ventana, y proporción de puntuaciones altas en cada ventana. Solo las ventanas que se encontraban simultáneamente en la parte superior de cada uno de los tres criterios se seleccionaron para los análisis de anotación y enriquecimiento. Los rasgos más comunes asociados con los SNP presentes en las ventanas candidatas fueron la función sanguínea, las enfermedades cardiovasculares, las medidas de masa corporal, el metabolismo de los lípidos, la función renal y las enfermedades de la piel. Sugerimos algunas hipótesis para explicar las señales de selección relacionadas con algunos de estos rasgos y algunas recomendaciones para futuros estudios para superar las limitaciones de la presente investigación.
Fuente: Biblioteca Virtual Banco de la República Formatos de contenido: Tesis
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Identifying genetic signatures of recent local adaptations in people from Ibiza = Identificación de firmas genéticas de adaptaciones locales recientes en personas de Ibiza

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Inter-individual variability of Lifetime Stress exposure on the oncological characteristics of TNBC patients: Do coping styles moderate the relationship? Role of SNS, HPA axis, and Cortical structures

Por: Ingrid Lizeth Lizarazo Rodríguez | Fecha: 2021

Abstract: Biological and physiological changes in response to stress are crucial to achieving adaption to environmental constraints. Typical stress responses activate the sympathetic nervous system and the hypothalamic-pituitary-adrenal cortical axis, which aim to maintain homeostasis in response to demands and influence various biological responses at neuroendocrine, cellular, and immune levels. In particular, there is compelling evidence showing the devastating effects of high-stress levels on immune responses and brain functionality. In that sense, data suggest that a sustained stress-physiological response predicts decreases in immunity and leads to allostatic load, the wear, and tear of biological systems. Similarly, in cancer research, chronic stress levels have been reported to impair the bodysurveillance systems and be related to cancer incidence, progression, and mortality. Despite the evidence demonstrating the associations between stress and cancer, there are limited data on whether lifetime stress exposure relates to clinical indicators of cancer aggressiveness. Considering the evidence showing the adverse effects of prolonged stress exposure on cancer disease, this thesis aimed to explore the relationship between lifetime stress exposure and the clinical characteristics of tumor-aggressiveness in a cohort of patients affected with triple-negative breast cancer (TNBC). Likewise, as research has shown that coping responses moderate the stress-physiological response, we aimed to investigate the role of coping responses in moderating the association between tumor aggressiveness and lifetime stress exposure. According to the scientific literature, high-stress levels would increase physiological arousal and allostatic load favoring a debilitated immune system. Thus, we hypothesized finding positive associations between lifetime stress exposure and tumor-aggressiveness. In the same line, we suspected that adaptative coping styles would be negatively related to tumoraggressiveness. The participants of this study were 29 women diagnosed with TNBC who were treated in the University Hospital for Gynecology Pius-Hospital (Oldenburg, Germany). Correlation and moderation regression analyses with the use of composite scores were conducted. Overall, we could not demonstrate significant associations between lifetime stress exposure and coping responses on the clinical indicators of tumor aggressiveness in this cohort of patients. Possible explanations for these results are discussed, and suggestions for future research are provided. This study was the first to investigate the effect of lifetime stress exposure and coping response on the aggressive tumor characteristics of TNBC. We provided a deep theoretical framework to understand the interplay between biological and psychological aspects of cancer disease, and we hope that our recommendations may serve as a base for upcoming studies.
Fuente: Biblioteca Virtual Banco de la República Formatos de contenido: Tesis
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Imagen de apoyo de  Towards a new circular mindset: upcycling center of construction materials = Hacia una nueva mentalidad circular: centro de upcycling para materiales de construcción

Towards a new circular mindset: upcycling center of construction materials = Hacia una nueva mentalidad circular: centro de upcycling para materiales de construcción

Por: Laura Alejandra Lamprea Vélez | Fecha: 2019

Resumen: Después de medio siglo de preocupación por las implicaciones en el ambiente del estilo de vida consumista, no se han visto cambios que estén impulsando la relación entre economía y naturaleza positivamente. Los procesos lineales en las ciudades aumentan el agotamiento de recursos, producción de desechos y contaminación. Por lo tanto, se debe impulsar una mentalidad circular para evitar el derroche de energía y promover una mejor gestión de recursos para relacionarse con las lógicas metabólicas naturales. Es necesario repensar cómo nuestras ciudades pueden cambiar la idea errada de basura, por la de material esperando a ser reintegrado al sistema. La arquitectura es uno de los impulsores de la generación de desperdicios mediante la construcción y demolición de edificaciones. El diseño arquitectónico, la producción de materiales y la disposición de edificios antiguos, son problemas a resolver para proporcionar un cambio en el medio. Por lo tanto, la presente investigación buscó encontrar relaciones entre diferentes grupos de diseño para crear una ciudad circular sostenible con un modelo de producción circular. Se realizó un análisis de cadenas productivas para encontrar relaciones en busca de cerrar bucles abiertos. Se analizaron materiales, agua, alimentos, naturaleza y energía como recursos básicos de un enfoque ecosistémico. Posteriormente, se presenta una investigación en producción cero residuos y la creación de materiales sostenibles, plasmando al final todos los hallazgos en el producto arquitectónico de una fábrica de materiales reciclados. Se definió un plan maestro para el barrio Muide Meulestede en Bélgica para el año 2030, como población objetivo. Esta exploración reveló que las iniciativas dispersas pueden orientarse hacia objetivos más resilientes y definió que la creación de relaciones puede ser una estrategia de diseño sostenible para lograr una mentalidad circular. Una vez se utilizan lógicas circulares como metodología principal de diseño, es posible adaptar estrategias para ser uno de los principales núcleos a tener en cuenta en el desarrollo arquitectónico y planteamiento de ciudades. Abstract: After half a century of concern about the environmental implications of consumer lifestyle, there have been no changes that turn the relationship between economy and nature positively. Linear processes in cities increase resource depletion, waste production, and pollution. A circular mindset is needed to avoid energy waste, a better resource management and a strategy to relate to the nature metabolic logics. It is necessary to rethink how our cities can change the mistaken idea of garbage, for a material waiting to be reintegrated into the system. Architecture is introduced as one of the drivers of waste generation through the construction and demolition of buildings. Architectural design, production of materials and renovation of old buildings are problems that must be solved to provide a change in field. Therefore, this research finds relationships between different design groups to create a sustainable circular city with a new circular production model. An analysis of productive chains was carried out to find relationships to close open loops. The basic resources dealt to respond to an ecosystem approach were materials, water, food, nature and energy. Subsequently, an investigation in zero waste production and the creation of sustainable materials will be presented, to finally translate all the findings into the architectural product of a recycled materials factory. A master plan for Muide Meulestede neighborhood in Belgium, projected to 2030, was defined as the target population. This exploration revealed that dispersed initiatives can be geared towards more precise and resilient goals, and defined that creating relationships can be a sustainable design strategy to achieve a circular mindset. Once circular and metabolic logics are used as a main design methodology, it is possible to adapt these strategies to be one of the main nuclei to take into account in the architectural development and planning of cities.
Fuente: Biblioteca Virtual Banco de la República Formatos de contenido: Tesis
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An Adaptive Strategic Framework. The exploration of new upgrading strategies for informal settlements in Bogotá, Colombia = Un marco estratégico adaptativo. Explorando nuevas estrategias de mejoramiento de asentamientos informales en Bogotá, Colombia

Por: Elisa María Isaza Bernhard | Fecha: 2020

Abstract: The rising poverty rates, internal displacement, market-oriented development and social inequalities are some of many factors that shaped the binary configuration of the so-called formal and informal urban fabric of Bogotá. Urban informality emerges as the answer to a lack of opportunities and spatial offers, evidencing the inability of the existing planning structures to embody and decode the complex conditions, dynamics and vulnerability gradients that these environments entail. Bogotá’s upgrading program, despite being a crucial instrument in the transformation of informal areas, has proven to be insufficient to overcome the fragmentation between formal and informal urban dynamics, in which the generic and rigid approach has impeded the achievement of a structural change and local empowerment in a long term perspective. The thesis proposes an alternative assessment and planning framework, as an opportunity to improve the current planning methods within a new long term perspective, that embraces and increases the adaptive capacity of the diverse vulnerable groups and systemic interrelations in the current structures of Bogotá. This, by redefining the current overview of risk and to vulnerability, as potential tools to improve the local conditions from a co-evolutionary socio-ecological approach. The proposed Framework is therefore not a definitive and static project. In turn, it is a dynamic tool to reveal the diverse challenges but also the amount of endogenous opportunities in the local informal environments. By redefining the role of nature and the role of formal and informal actors as co-agents of change in the development process, the proposed model aims to transform the segregated dynamics of the city, empower the local and most neglected communities, reinforce bottom-up approaches and provide alternative possibilities for more resilient socioecological systems that in turn are prepared to an uncertain future. Resumen: Los crecientes índices de pobreza, el desplazamiento interno, el desarrollo orientado al mercado y las desigualdades sociales son algunos de los muchos factores que configuraron la configuración binaria del llamado tejido urbano formal e informal de Bogotá. La informalidad urbana surge como respuesta a la falta de oportunidades y ofertas espaciales, evidenciando la incapacidad de las estructuras de planificación existentes para plasmar y decodificar las complejas condiciones, dinámicas y gradientes de vulnerabilidad que estos entornos conllevan. El programa de mejoramiento de Bogotá, a pesar de ser un instrumento crucial en la transformación de las áreas informales, ha demostrado ser insuficiente para superar la fragmentación entre las dinámicas urbanas formales e informales, en las que el enfoque genérico y rígido ha impedido el logro de un cambio estructural y el empoderamiento local en una perspectiva de largo plazo. La tesis propone un marco alternativo de evaluación y planificación, como una oportunidad para mejorar los actuales métodos de planificación dentro de una nueva perspectiva de largo plazo, que abarque y aumente la capacidad de adaptación de los diversos grupos vulnerables y las interrelaciones sistémicas en las actuales estructuras de Bogotá. Esto, al redefinir la visión actual del riesgo y de la vulnerabilidad, como herramientas potenciales para mejorar las condiciones locales desde un enfoque socioecológico co-evolutivo. El Marco propuesto no es, por tanto, un proyecto definitivo y estático. A su vez, es una herramienta dinámica para revelar los diversos retos pero también la cantidad de oportunidades endógenas en los entornos locales informales. Al redefinir el papel de la naturaleza y el de los actores formales e informales como coagentes del cambio en el proceso de desarrollo, el modelo propuesto pretende transformar las dinámicas segregadas de la ciudad, empoderar a las comunidades locales y más desatendidas, reforzar los enfoques ascendentes y ofrecer posibilidades alternativas para sistemas socioecológicos más resilientes que, a su vez, estén preparados para un futuro incierto.
Fuente: Biblioteca Virtual Banco de la República Formatos de contenido: Tesis
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Por: Hans Belting | Fecha: 2021

En ningún lugar alcanza el ser humano una presencia visual mayor que en su rostro. Por eso llevamos milenios tratando de descifrarlo a través de imágenes que, no obstante, acaban fracasando en su intento de captar el semblante vivo. El presente volumen conforma la primera historia sobre el tema, con un enfoque en el que se dan cita laHistoria del arte, la Antropología, la Psicología o la Neurociencia, entre otras disciplinas. Una historia que comienza con las primeras máscaras de la Prehistoria y termina con los rostros que producen los medios digitales. En las máscaras teatrales y en la gestualidad de los actores, en el retrato europeo y en la fotografía, en el cine y en el arte actual, el lector podrá descubrir los múltiples intentos que se han hecho para apoderarse de ese rostro vivo, así como su permanente frustración, pues al final esa vida se resiste a toda norma de representación e interpretación.
Fuente: Digitalia Formatos de contenido: Libros
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Statistical Methods for Campylobacter Outbreak Detection using Genomics and Epidemiological Data

Por: Laura Marcela Guzmán Rincón | Fecha: 2021

Abstract: Campylobacter infections are the main bacterial cause of gastroenteritis in the UK, causing an estimated 500 thousand cases per year. Health authorities investigate outbreaks to identify the source, control the spread and understand the cause. Outbreak detection mechanisms are potentially improved by the increasing availability of whole-genome sequence alongside other epidemiological data. However, techniques mixing genomics and other epidemiological factors are still underdeveloped. This project aims to develop and apply outbreak detection methods using surveillance data collected from two regions in the UK. The approaches proposed in this thesis are based on an existing spatialtemporal Bayesian hierarchical model, where cases are labelled as potential outbreaks if they comprise an elevated number of cases compared to the expected sporadic count. The model is adjusted to include genetic data using Gaussian random fields, exploiting the capacity of whole-genome sequencing to discriminate closely related isolates. Moreover, a Markov Chain Monte Carlo algorithm is implemented to obtain the posterior distribution of the model parameters. In particular, a sampling strategy is proposed to improve the convergence of the chain for the parameters describing the Gaussian random field. The project dataset is analysed using a spatial-temporal, a spatial-genetic and a temporalgenetic version of the model, where each version explores different types of outbreaks. The proposed approach demonstrates how to organise genetic sequences into a highdimensional structure and incorporate them into a Bayesian framework. Also, the MCMC sampling algorithm improves the mixing of the chain to estimate the posterior distribution of the model parameters. Finally, all model versions provide the probability that each reported infection is part of a potential outbreak. Comparing the potential outbreaks found by each model provides insights to estimate the real outbreaks. It also identifies cases that are potentially part of a diffuse real outbreak hard to detect by existing approaches. Despite the capability of the model, it requires predefined outbreak sizes and therefore is not flexible at capturing many shapes. Autocorrelated models are a potential improvement to be explored. Resumen: Las infecciones por Campylobacter son la principal causa bacteriana de gastroenteritis en el Reino Unido, provocando un estimado de 500 mil casos por año. Las autoridades sanitarias investigan los brotes para identificar la fuente, controlar la propagación y comprender la causa. Los mecanismos de detección de brotes se mejoran potencialmente con la creciente disponibilidad de datos del genoma completo de las bacterias junto con otros datos epidemiológicos. Sin embargo, las técnicas que combinan genética y otros factores epidemiológicos aún están poco desarrolladas. Este proyecto tiene como objetivo desarrollar y aplicar métodos de detección de brotes utilizando datos de vigilancia recopilados en dos regiones del Reino Unido. Los enfoques propuestos en esta tesis se basan en un modelo jerárquico bayesiano espacio-temporal existente, donde los casos se etiquetan como brotes potenciales si presentan un número elevado de casos mayor al recuento esporádico esperado. El modelo se ajusta para incluir datos genéticos utilizando campos aleatorios Gaussianos, aprovechando la capacidad del genoma completo para discriminar casos estrechamente relacionados. Además, se implementa usando algoritmos de Markov Chain Monte Carlo para obtener la distribución posterior de los parámetros del modelo. En particular, se propone una estrategia de muestreo para mejorar la convergencia de la cadena de Markov para los parámetros del campo Gaussiano. El conjunto de datos del proyecto se analiza utilizando una versión espacial temporal, una espacial-genética y una temporal-genética del modelo, donde cada versión explora diferentes tipos de brotes. El enfoque propuesto demuestra cómo organizar secuencias genéticas en una estructura de múltiples dimensiones e incorporarlas en un marco bayesiano. Además, el algoritmo de muestreo MCMC mejora la mezcla de la cadena para estimar la distribución posterior de los parámetros del modelo. Por último, todas las versiones del modelo estiman la probabilidad de que cada infección sea parte de un posible brote. La comparación entre los posibles brotes encontrados por cada modelo proporciona información para estimar cuáles son los brotes reales. También identifica casos que son potencialmente parte de un brote real difícil de detectar por los enfoques existentes. A pesar de las múltiples ventajas del modelo, este requiere tamaños de brotes predefinidos y, por lo tanto, no es flexible para capturar brotes de formas irregulares. Los modelos autocorrelacionados proveen una mejora potencial para el modelo que debe explorarse.
Fuente: Biblioteca Virtual Banco de la República Formatos de contenido: Tesis
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Statistical Methods for Campylobacter Outbreak Detection using Genomics and Epidemiological Data

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Imagen de apoyo de  Fire analysis of load-bearing bamboo structures

Fire analysis of load-bearing bamboo structures

Por: Mateo Gutiérrez González | Fecha: 2020

Abstract: The remarkable high strength-to-weight ratio of bamboo and the recent innovations and development of laminated bamboo products has enabled the potential for new larger and taller structural bamboo applications. However, there is little understanding of the behaviour and performance of bamboo structures during and after a fire. To date, bamboo has been used widely in low-rise constructions where structural integrity during and after a fire does not pose a risk to the life safety of occupants, fire service intervention, and significant impact on property protection or business continuity. Nevertheless, a comprehensive understanding of the structural fire performance is crucial if bamboo is to be widely used in the construction of mid- and high-rise load-bearing structures. An extensive literature review on the fire performance of bamboo structures shown herein identifies that novel fire testing methods were needed to investigate the mechanical response of bamboo, primarily to study the reduction in the strength and stiffness at elevated temperatures. Past research outcomes have evidenced the need for constitutive stress-strain models to describe the mechanical behaviour of bamboo at elevated temperatures, as well as numerical models to predict the response of the bamboo loadbearing members during and after a fire. Several small and bench-scale experimental studies were conducted to understand the reduction in the mechanical properties of bamboo at elevated temperatures. Compressive tests were performed for round and laminated bamboo for test samples at temperatures between ambient and 250ºC. Round bamboo strips were tested in tension to understand the reduction in the tensile strength at elevated temperatures. A dynamic mechanical analysis of bamboo strips was carried out to investigate the decrease in the modulus of elasticity at elevated temperatures, and to compare this against the results of bench-scale tests to analyse the effect of a different test set-up and heat transfer scenario. With the experimental results of the reduction of the compressive and tensile strength of bamboo, as well as the modulus of elasticity, constitutive stress-strain models were proposed to correlate the stress-and strain relationship at elevated temperatures. Equations for the reduction factors of strength and modulus of elasticity were presented, as well as stress-strain curves. The linear elastic behaviour of bamboo under tension and compression, and the elastoplastic behaviour under compression were analysed to quantify the effects of elevated temperatures. Another series of experiments were conducted to investigate the performance of laminated bamboo beams exposed to fire. The bamboo beams were loaded at different stress-levels whilst exposed to a constant indecent heat flux. The beams were fully instrumented to measure the loss of cross-section, the strain profiles, and the deflections at the mid-span during the heating exposure. Finally, a numerical model combining the thermal performance, and the mechanical behaviour of bamboo at elevated temperatures was developed to predict the stress-strain profiles, the deflection, and the bending capacity of bamboo beams during a fire. The results of the numerical model were compared against the results obtained from the experimental tests, and the model showed a good agreement with the experimental results. The proposed framework shows that structural analysis can be carried out if heat transfer analysis and constitutive stress-strain models are available to predict the thermomechanical response of laminated bamboo beams. Findings from this work provide a good understanding of the reduction on the strength and elasticity of bamboo at elevated temperatures. These results will enable predictions to be made for the bending capacity of bamboo beams during a fire, and they will constitute the basis for designing fire-safe bamboo structures.
Fuente: Biblioteca Virtual Banco de la República Formatos de contenido: Tesis
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Imagen de apoyo de  The effect of environmental variable selection in the prediction of Seasonal Influenza cases using machine learning

The effect of environmental variable selection in the prediction of Seasonal Influenza cases using machine learning

Por: Hans Belting | Fecha: 2021

En ningún lugar alcanza el ser humano una presencia visual mayor que en su rostro. Por eso llevamos milenios tratando de descifrarlo a través de imágenes que, no obstante, acaban fracasando en su intento de captar el semblante vivo. El presente volumen conforma la primera historia sobre el tema, con un enfoque en el que se dan cita laHistoria del arte, la Antropología, la Psicología o la Neurociencia, entre otras disciplinas. Una historia que comienza con las primeras máscaras de la Prehistoria y termina con los rostros que producen los medios digitales. En las máscaras teatrales y en la gestualidad de los actores, en el retrato europeo y en la fotografía, en el cine y en el arte actual, el lector podrá descubrir los múltiples intentos que se han hecho para apoderarse de ese rostro vivo, así como su permanente frustración, pues al final esa vida se resiste a toda norma de representación e interpretación.
Fuente: Digitalia Formatos de contenido: Libros
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Imagen de apoyo de  Dinámicas de reterritorialización de las comunidades indígenas en la ciudad de Bogotá

Dinámicas de reterritorialización de las comunidades indígenas en la ciudad de Bogotá

Por: Diana Milena Barbosa Rodríguez | Fecha: 2018

En la ciudad de Bogotá se han reasentado varias comunidades indígenas, en gran parte, debido a las migraciones internas que se han generado por el desplazamiento en ocasión al conflicto armado. Condición que ha llevado a que los indígenas que se han desplazado al entorno urbano busquen estrategias que permitan la conservación de sus prácticas culturales, que posibiliten desarrollar su identidad y preservar su cultura en la ciudad; agentes activos en la adaptación y apropiación territorial. De esta manera, para la construcción de ciudad y la forma de concebir el territorio es necesario tener en cuenta y vincular la territorialidad de las comunidades indígenas en términos culturales. Para esto, en el presente documento se realiza una contextualización de las dinámicas de desterritorialización y reterritorialización de las comunidades indígenas en la ciudad; para así identificar las prácticas culturales que promueven e impulsan la conservación cultural de esta población.
Fuente: Universidad Externado de Colombia Formatos de contenido: Tesis
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El cacao: una apuesta para la transformación del territorio en el occidente de Boyacá

Por: Aura Lorena Pineda Jaimes | Fecha: 2018

Actualmente en Colombia, el cultivo de cacao, junto con los cultivos de café, caucho y palma, sobresalen como estrategia de desarrollo rural en el marco del posconflicto, la transformación del campo y la disminución de economías ilegales mediante la sustitución de cultivos ilícitos. En el occidente de Boyacá, el cacao fue el principal medio sustitutivo de cultivos ilícitos y ha surgido en la región como un proyecto empresarial y productivo interesante en la última década, generando nuevos escenarios territoriales. El propósito de esta monografía, es entonces, analizar desde un enfoque histórico y crítico, y desde diferentes narrativas, las dinámicas y los procesos territoriales que han incidido en la construcción del territorio en la región occidental del departamento de Boyacá; en especial, con una mirada reflexiva sobre la incidencia que ha tenido el cacao en la transformación del territorio, al punto de ser catalogado por muchos como una "apuesta por la esperanza".
Fuente: Universidad Externado de Colombia Formatos de contenido: Tesis
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El cacao: una apuesta para la transformación del territorio en el occidente de Boyacá

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