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Comprehensive Stress-Based De Novo Transcriptome Assembly and Annotation of Guar (Cyamopsis tetragonoloba (L.) Taub.), An Important Industrial and Forage Crop

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Autor
Año de publicación 2019
Idioma Inglés
Publicado por Revista VirtualPRO,

Descripción: El cultivo forrajero Guar (Cyamopsis tetragonoloba (L.) Taub.) tiene la capacidad de soportar el calor, la sequía y una salinidad leve. Una imagen completa de su arquitectura génica nos permitirá comprender mejor las redes de expresión génica y los diferentes mecanismos de tolerancia a nivel molecular. Por lo tanto, se realizó una aproximación a la secuencia completa de ARNm en la planta Guar para obtener una instantánea de la información de ARNm en la célula bajo estrés por salinidad, calor y sequía para integrarla con estudios transcriptómicos previos. Se empleó la tecnología RNA-Seq para realizar una secuenciación 2×100 paired-end usando una plataforma Illumina HiSeq 2500 para el transcriptoma de hojas de C. tetragonoloba bajo condiciones normales, calor, sequía y salinidad. Se utilizó Trinity para lograr un ensamblaje de novo seguido de anotación de genes, clasificación funcional, análisis de rutas metabólicas e identificación de marcadores SSR. Se generó un total de 218,2 millones de lecturas en bruto (~44 Gbp). De ellas, se utilizaron 193,5 millones de lecturas pareadas de alta calidad para reconstruir un total de 161.058 transcritos (~266 Mbp) con un N50 de 2552 pb y 61.508 genes putativos. La base de datos Swiss-Prot cubría 6463 proteínas de más de 90 longitudes de onda y la base de datos Embryophyta 94 ortólogos completos. Aproximadamente, el 62,87% de las transcripciones se identificaron por "blasted", el 50,46% por "mapping" y el 43,50nnotados. Se detectó un total de 4715 familias InterProScan, 3441 dominios, 74 repeticiones y 490 sitios. Los procesos biológicos, las funciones moleculares y los componentes celulares representaban el 64,12%, el 25,42% y el 10,4%, respectivamente. El transcriptoma se asoció con 985 enzimas y 156 vías KEGG. Se obtuvo un total de 27.066 SSR con una frecuencia media de un SSR/9,825 kb en los transcritos ensamblados. Estos datos resultantes serán útiles para el análisis avanzado de la tolerancia de Guar a múltiples estreses.
Citación recomendada (normas APA)
: Hindawi, "Comprehensive Stress-Based De Novo Transcriptome Assembly and Annotation of Guar (Cyamopsis tetragonoloba (L.) Taub.), An Important Industrial and Forage Crop", -:Revista VirtualPRO,, 2019. Consultado en línea en la Biblioteca Digital de Bogotá (https://www.bibliotecadigitaldebogota.gov.co/resources/3892271/), el día 2025-12-20.

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Fuente Revista Virtual Pro
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Año de publicación 2019

Comprehensive Stress-Based De Novo Transcriptome Assembly and Annotation of Guar (Cyamopsis tetragonoloba (L.) Taub.), An Important Industrial and Forage Crop

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