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Transcriptome Profile of the Asian Giant Hornet (Vespa mandarinia) Using Illumina HiSeq 4000 Sequencing, De Novo Assembly, Functional Annotation, and Discovery of SSR Markers

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Autor
Año de publicación 2015
Idioma Inglés
Publicado por Revista VirtualPRO,

Descripción: Vespa mandarinia, presente en los bosques de Asia Oriental, incluida Corea, ocupa el rango más alto en la red trófica de artrópodos dentro de su área de distribución geográfica. Sirve como fuente de nutrición en forma de mezcla de aminoácidos de Vespa y está catalogada como especie amenazada, aunque no se han aplicado medidas de conservación. En este trabajo hemos realizado el ensamblaje de novo del transcriptoma de V. mandarinia mediante secuenciación Illumina HiSeq 4000. Se obtuvieron más de 60 millones de lecturas brutas y 59.184.811 lecturas limpias. Tras el ensamblaje, se agruparon un total de 66.837 unigenes, de los cuales 40.887, 44.455 y 22.390 mostraron coincidencias homólogas con las bases de datos PANM, Unigene y KOG, respectivamente. Se asignó un total de 15.675 unigenes a términos de la Ontología Genética y 5.132 unigenes a 115 vías KEGG. El dominio de dedo de zinc (similar a C2H2), el dominio de serina/treonina/proteína quinasa de doble especificidad y el dominio de motivo de reconocimiento de ARN se encontraban entre los principales dominios de InterProScan predichos para las secuencias de V. mandarinia. Entre los unigenes, identificamos 534.922 repeticiones de secuencias simples de ADNc como marcadores potenciales. Este es el primer análisis transcriptómico de la avispa V. mandarinia utilizando Illumina HiSeq 4000. Los conjuntos de datos obtenidos deberían promover la búsqueda de nuevos genes para comprender los atributos fisiológicos de esta avispa.
Citación recomendada (normas APA)
: Hindawi Publishing Corporation, "Transcriptome Profile of the Asian Giant Hornet (Vespa mandarinia) Using Illumina HiSeq 4000 Sequencing, De Novo Assembly, Functional Annotation, and Discovery of SSR Markers", -:Revista VirtualPRO,, 2015. Consultado en línea en la Biblioteca Digital de Bogotá (https://www.bibliotecadigitaldebogota.gov.co/resources/3892036/), el día 2025-06-18.

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Fuente Revista Virtual Pro
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Año de publicación 2015

Transcriptome Profile of the Asian Giant Hornet (Vespa mandarinia) Using Illumina HiSeq 4000 Sequencing, De Novo Assembly, Functional Annotation, and Discovery of SSR Markers

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