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Accelerating Smith-Waterman Alignment for Protein Database Search Using Frequency Distance Filtration Scheme Based on CPU-GPU Collaborative System

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Autor
Año de publicación 2015
Idioma Inglés
Publicado por Revista VirtualPRO,

Descripción: El algoritmo Smith-Waterman (SW) se ha utilizado ampliamente para buscar secuencias biológicas en bases de datos bioinformáticas. Recientemente, varios trabajos han adoptado la tarjeta gráfica con unidades de procesamiento gráfico (GPU) y su modelo CUDA asociado para mejorar el rendimiento de los cálculos SW. Sin embargo, estos trabajos se centraban principalmente en la búsqueda en bases de datos de proteínas utilizando la técnica de paralelización entre tareas, y sólo utilizaban la capacidad de la GPU para realizar los cálculos SW uno a uno. Por tanto, en este artículo proponemos un método eficiente de alineación de SW, denominado CUDA-SWfr, para la búsqueda en bases de datos de proteínas utilizando la técnica de paralelización intratarea basada en un sistema colaborativo CPU-GPU. Antes de realizar los cálculos de SW en la GPU, se aplica un procedimiento en la CPU utilizando el esquema de filtrado de distancias de frecuencia (FDFS) para eliminar los alineamientos innecesarios. Los resultados experimentales indican que CUDA-SWfr se ejecuta 9,6 veces y 96 veces más rápido que el método SW basado en CPU sin y con FDFS, respectivamente.
Citación recomendada (normas APA)
: Hindawi Publishing Corporation, "Accelerating Smith-Waterman Alignment for Protein Database Search Using Frequency Distance Filtration Scheme Based on CPU-GPU Collaborative System", -:Revista VirtualPRO,, 2015. Consultado en línea en la Biblioteca Digital de Bogotá (https://www.bibliotecadigitaldebogota.gov.co/resources/3892005/), el día 2025-05-17.

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Fuente Revista Virtual Pro
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Año de publicación 2015

Accelerating Smith-Waterman Alignment for Protein Database Search Using Frequency Distance Filtration Scheme Based on CPU-GPU Collaborative System

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