Sequence Comparison Alignment-Free Approach Based on Suffix Tree and Frequency
La gran mayoría de los métodos disponibles para la comparación de secuencias se basan en un primer paso de alineación de secuencias, que requiere una serie de suposiciones sobre la historia evolutiva y a veces es muy difícil o imposible de realizar debido a la abundancia de huecos (inserciones/deleciones). En tales casos, un método alternativo de alineación libre sería valioso. Nuestro método comienza con el cálculo de un árbol de sufijos generalizado de todas las secuencias, que se completa en tiempo lineal. Utilizando este árbol, la frecuencia de todas las posibles palabras con una longitud preestablecida en cada secuencia se calcula rápidamente. Con base en el perfil de frecuencia de cada secuencia, se calcula entonces una distancia euclidiana estándar por pares, produciendo una matriz de distancias genéticas simétrica, que se puede utilizar para generar un dendrograma de unión de vecinos o un gráfico de escalamiento multidimensional. Presentamos una mejora a los enfoques de alineación libre basados en
Fuente:
Revista Virtual Pro
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