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Imagen de apoyo de  Transcriptome and Metabolome Analysis Unveil Anthocyanin Metabolism in Pink and Red Testa of Peanut (Arachis hypogaea L.)

Transcriptome and Metabolome Analysis Unveil Anthocyanin Metabolism in Pink and Red Testa of Peanut (Arachis hypogaea L.)

Por: Hindawi | Fecha: 2021

El cacahuete (Arachis hypogaea L.) es una importante fuente de aceite y alimento en todo el mundo, y el color del tegumento afecta a su aspecto y valor comercial. Sin embargo, pocos estudios se han centrado en el mecanismo de formación del pigmento en el tegumento del cacahuete. En este estudio, los cultivares Shanhua 15 con testa rosa y Zhonghua 12 con testa roja se utilizaron como materiales para realizar el análisis combinado del transcriptoma y el metaboloma. Se detectó un total de 198 metabolitos flavonoides, entre los cuales petunidina 3-O-glucósido y cianidina O-acetilhexósido en Zhonghua12 fueron 15,23 y 14,72 veces superiores a los de Shanhua 15 en la fase R7, revelando las antocianinas subyacentes al tegumento rojo. El análisis del transcriptoma mostró que había 6059 y 3153 genes expresados diferencialmente entre Shanhua 15 y Zhonghua 12 en diferentes periodos de crecimiento, respectivamente. Estos genes expresados diferencialmente estaban significativamente enriquecidos en la biosíntesis de flavonoides, la biosíntesis de metabolitos secundarios y las vías metabólicas. El análisis integrado del transcriptoma y el metaboloma indicó que el gen CHS (arahy.CM90T6), los genes F3?H (arahy. 8F7PE4 y arahy. K8H9R8) y los genes DFR (arahy. LDV9QN y arahy. X8EVF3) pueden ser los genes funcionales clave que controlan la formación de testa rosa y roja en el cacahuete. Los factores de transcripción MYB (arahy.A2IWKV, arahy.US2SKM, arahy.SJGE27, arahy.H8DJRL y arahy.PR7AYB), bHLH (arahy.26781N, arahy.HM1IVV, y arahy.MP3D3D), y WD40 (arahy.L6JJW9) en la vía biosintética de la antocianina fueron significativamente regulados al alza en Zhonghua 12, que pueden ser los genes reguladores clave en la formación del pigmento del tegumento. Se trata de un análisis exhaustivo de los metabolitos flavonoides y la expresión de genes relacionados en el tegumento del cacahuete, que proporciona una referencia para revelar el mecanismo regulador de la acumulación de pigmentos en el tegumento del cacahuete.
Fuente: Revista Virtual Pro Formatos de contenido: Otros

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Transcriptome and Metabolome Analysis Unveil Anthocyanin Metabolism in Pink and Red Testa of Peanut (Arachis hypogaea L.)

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  • Exclusivo BibloRed
Imagen de apoyo de  Comparative Analysis of the Glutathione S-Transferase Gene Family of Four Triticeae Species and Transcriptome Analysis of GST Genes in Common Wheat Responding to Salt Stress

Comparative Analysis of the Glutathione S-Transferase Gene Family of Four Triticeae Species and Transcriptome Analysis of GST Genes in Common Wheat Responding to Salt Stress

Por: Hindawi | Fecha: 2021

Las glutatión S-transferasas (GST) son proteínas ancestrales codificadas por una gran familia de genes en las plantas, que desempeñan múltiples funciones en el crecimiento y el desarrollo vegetal. Sin embargo, se han realizado pocos estudios sobre los genes GST del trigo blando (Triticum aestivum) y sus parientes (Triticum durum, Triticum urartu y Aegilops tauschii), que son cuatro especies importantes de Triticeae. Aquí se realizó un análisis exhaustivo de toda esta familia de genes en los genomas del trigo blando y sus parientes. Se identificaron un total de 346 genes GST en T. aestivum, 226 en T. durum, 104 en T. urartu y 105 en Ae. tauschii, y todos los miembros se dividieron en diez clases. Se utilizó el análisis del transcriptoma para identificar los genes GST que responden al estrés salino en el trigo blando, lo que reveló que la reacción de los genes GST no es sensible a concentraciones bajas y moderadas de sal, pero sí a concentraciones severas del estresor, y los genes GST relacionados con el estrés salino proceden principalmente de las clases Tau y Phi. Se seleccionaron seis genes GST que responden a diferentes concentraciones de sal y se validaron mediante un ensayo qRT-PCR. Estos resultados no sólo proporcionarán información útil sobre la función de los genes GST en las especies Triticeae, sino que también ofrecerán ideas para la futura aplicación de la mejora genética de la resistencia al estrés salino en el trigo blando.
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  • Exclusivo BibloRed
Imagen de apoyo de  Combining Serum DNA Methylation Biomarkers and Protein Tumor Markers Improved Clinical Sensitivity for Early Detection of Colorectal Cancer

Combining Serum DNA Methylation Biomarkers and Protein Tumor Markers Improved Clinical Sensitivity for Early Detection of Colorectal Cancer

Por: Hindawi | Fecha: 2021

Antecedentes. El cáncer colorrectal (CCR) es una de las principales causas de muerte por cáncer en todo el mundo y en China. El cribado precoz del CCR es el mejor método para reducir sus tasas de incidencia y mortalidad. La prueba ColoDefense, un ensayo multiplex qPCR que detecta simultáneamente los genes SEPT9 y SDC2 metilados, ha demostrado un mejor rendimiento clínico que cualquiera de los biomarcadores de metilación por sí solos para el cribado del CCR con muestras de sangre y heces. Método. Se examinaron con la prueba ColoDefense muestras de sangre sobrantes de 125 pacientes con CCR, 35 con adenoma avanzado y 35 con pólipos pequeños, así como 92 sujetos de control sanos. Entre estas muestras, también se midieron los niveles de tres marcadores tumorales circulantes, CEA, AFP y CA19-9, en 106 pacientes con CCR, 28 con adenoma avanzado y 20 con pólipos pequeños, así como en todos los sujetos de control. Resultados. Debido al menor volumen y al almacenamiento prolongado en estado no congelado, la prueba ColoDefense con estas muestras mostró un rendimiento reducido para todos los estadios de CCR y adenomas avanzados. También se evaluó el rendimiento de CEA, AFP y CA19-9 y sus diversas combinaciones para el cribado de CCR con el fin de identificar las combinaciones de marcadores tumorales con el mejor rendimiento. Cuando se combinaron con la prueba ColoDefense, las combinaciones identificadas mejoraron el rendimiento clínico. Conclusiones. Estos resultados sugieren un camino racional hacia el desarrollo de un método de cribado del CCR que aproveche las muestras sobrantes de los análisis de química sanguínea. El desarrollo satisfactorio de un método de este tipo contribuirá sin duda a promover el cribado precoz del CCR al aumentar su accesibilidad para el público en general.
Fuente: Revista Virtual Pro Formatos de contenido: Otros

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Combining Serum DNA Methylation Biomarkers and Protein Tumor Markers Improved Clinical Sensitivity for Early Detection of Colorectal Cancer

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Imagen de apoyo de  Epigenetic Mechanisms of Paternal Stress in Offspring Development and Diseases

Epigenetic Mechanisms of Paternal Stress in Offspring Development and Diseases

Por: Hindawi | Fecha: 2021

La principal función biológica del espermatozoide es transmitir la información genética y epigenética paterna al embrión y a la descendencia siguiente. Los espermatozoides tienen un epigenoma único. Cada vez hay más estudios epidemiológicos que demuestran que el estrés paterno inducido por la exposición ambiental y el estilo de vida puede modular el epigenoma del espermatozoide (incluida la modificación de las histonas, la metilación del ADN y la expresión de los ARN no codificantes), la fusión espermatozoide-huevo, el desarrollo embrionario y la salud de la descendencia. Basándonos en la bibliografía existente, hemos resumido la exposición paterna sobre el epigenoma espermático junto con los fenotipos representativos de la descendencia y el posible mecanismo implicado.
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Epigenetic Mechanisms of Paternal Stress in Offspring Development and Diseases

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Imagen de apoyo de  Retrospective Use of Whole-Genome Sequencing Expands the Multicountry Outbreak Cluster of Listeria monocytogenes ST1247

Retrospective Use of Whole-Genome Sequencing Expands the Multicountry Outbreak Cluster of Listeria monocytogenes ST1247

Por: Hindawi | Fecha: 2021

El complejo clonal 8 del tipo de secuencia 1247 de Listeria monocytogenes causó un prolongado brote multinacional en cinco países de la UE: Dinamarca, Estonia, Finlandia, Francia y Suecia. Se identificaron un total de 22 casos de enfermedad con inicio de síntomas entre julio de 2014 y febrero de 2019. Cinco pacientes murieron debido a, o con, la enfermedad. El análisis retrospectivo del aislado de L. monocytogenes VLTRLM2013 reveló la presencia de una cepa relacionada con el brote (cgMLST tipo L2-SL8-ST1247-CT4158) en producto de pescado listo para el consumo más de un año antes de los primeros casos relacionados con el brote. La cepa de referencia del brote y la cepa VLTRLM2013 se compararon mediante análisis de tipificación de secuencias multilocus del genoma central y del genoma completo. Se describen las diferencias a nivel genómico de las cepas persistentes de L. monocytogenes asociadas a un brote prolongado de listeriosis transmitida por los alimentos en varios países. Se llegó a la conclusión de que la naturaleza persistente de la cepa VLTRLM2013 de L. monocytogenes relacionada con el brote de varios países, junto con la isla de estrés, la virulencia y los genes de resistencia a los antibióticos, podrían ser los factores determinantes del extenso y prolongado brote que afectó a cinco países de la Unión Europea. Nuestros resultados apoyan la aplicación sistemática de la secuenciación del genoma completo en la vigilancia alimentaria y de la salud pública y fomentan aún más su adopción generalizada.
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Imagen de apoyo de  The Comparative Analyses of Six Complete Chloroplast Genomes of Morphologically Diverse Chenopodium album L. (Amaranthaceae) Collected in Korea

The Comparative Analyses of Six Complete Chloroplast Genomes of Morphologically Diverse Chenopodium album L. (Amaranthaceae) Collected in Korea

Por: Hindawi | Fecha: 2021

Chenopodium album sensu stricto perteneciente al agregado C. album es una mala hierba anual cosmopolita que muestra diversidad de morfologías. Completamos los seis genomas del cloroplasto de C. album s. str. recolectados en Corea para comprender la relación entre la diversidad de los genomas del cloroplasto y sus variaciones morfológicas. Los seis genomas de cloroplastos de C. album tienen una estructura cuadripartita típica con una longitud que oscila entre 151.906 pb y 152.199 pb, similar al genoma de cloroplastos de C. album secuenciado previamente (NC_034950). En total, se identificaron 56 polimorfismos de nucleótido único (SNP) y 26 regiones de inserción y deleción (INDEL) (308 pb en total) a partir de los seis genomas de cloroplasto, presentando un bajo nivel de variaciones intraespecíficas en comparación con las demás especies de angiospermas. Se identificaron 376 repeticiones normales de secuencia simple en los siete genomas de cloroplastos de C. album. El análisis filogenético basado en todos los genomas completos de cloroplastos de Amaranthaceae disponibles presenta las posiciones filogenéticas de seis muestras de C. album así como la correlación con una de las características morfológicas de C. album. Nuestros resultados proporcionan el camino para investigar las características intraespecíficas de los genomas de cloroplastos de C. album y también la comprensión de varias características intraespecíficas incluyendo las morfológicas.
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The Comparative Analyses of Six Complete Chloroplast Genomes of Morphologically Diverse Chenopodium album L. (Amaranthaceae) Collected in Korea

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Imagen de apoyo de  The Chloroplastic Small Heat Shock Protein Gene KvHSP26 Is Induced by Various Abiotic Stresses in Kosteletzkya virginica

The Chloroplastic Small Heat Shock Protein Gene KvHSP26 Is Induced by Various Abiotic Stresses in Kosteletzkya virginica

Por: Hindawi | Fecha: 2021

Las proteínas pequeñas de choque térmico (sHSPs) son un grupo de proteínas chaperonas que existen en todos los organismos. Se han estudiado las funciones de las sHSP en las respuestas al calor y al estrés abiótico en muchas plantas glicófitas. Sin embargo, aún se desconocen en gran medida sus posibles funciones en plantas halófitas. En este trabajo, se clonó un gen sHSP putativo KvHSP26 de K. virginica. Los análisis bioinformáticos revelaron que KvHSP26 codificaba una proteína cloroplástica con las características típicas de las sHSPs. La alineación de la secuencia de aminoácidos y el análisis filogenético demostraron que la KvHSP26 compartía un 30ù7% de homología con otras sHSPs de Arabidopsis, algodón, durian, salvia y soja. Los ensayos de PCR cuantitativa en tiempo real (qPCR) mostraron que KvHSP26 se expresaba de forma constitutiva en diferentes tejidos como hojas, tallos y raíces, con una expresión relativamente mayor en hojas. Además, la expresión de KvHSP26 fue fuertemente inducida por la sal, el calor, el estrés osmótico y el ABA en K. virginica. Todos estos resultados sugieren que KvHSP26 codifica una nueva sHSP, que está implicada en múltiples respuestas al estrés abiótico en K. virginica, y tiene un gran potencial para ser utilizado como gen candidato para la mejora genética de plantas con mayor tolerancia a diversos estreses abióticos.
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Imagen de apoyo de  A Comparative Analyses of the Complete Mitochondrial Genomes of Fungal Endosymbionts in Sogatella furcifera, White-Backed Planthoppers

A Comparative Analyses of the Complete Mitochondrial Genomes of Fungal Endosymbionts in Sogatella furcifera, White-Backed Planthoppers

Por: Hindawi | Fecha: 2021

Sogatella furcifera Horvath, conocida comúnmente como el saltamontes de lomo blanco (WBPH), es una plaga importante en los arrozales de Asia oriental. La endosimbiosis fúngica está muy extendida entre los saltamontes del infraorden Fulgoromorpha y el suborden Auchenorrhyncha. Hemos obtenido con éxito el mitogenoma completo de cinco hongos endosimbiontes WBPH, pertenecientes a la familia Ophiocordycipitaceae, a partir de lecturas de secuenciación de próxima generación (NGS) obtenidas de muestras de S. furcifera. La longitud de estos cinco mitogenomas oscila entre 55.390 pb y 55.406 pb, lo que es más corto que el mitogenoma del endosimbionte fúngico encontrado en Ricania speculum, el saltamontes negro. En los mitogenomas se encontraron 28 genes codificadores de proteínas (GCP), 12 ARNt y 2 ARNr. Se identificaron dos polimorfismos de un solo nucleótido, dos inserciones y tres deleciones entre los cinco mitogenomas, que eran menos numerosos que los de cuatro especies de Ophiocordycipitaceae, Ophiocordyceps sinensis, Hirsutella thompsonii, Hirsutella rhossiliensis y Tolypocladium inflatum. Se identificaron longitudes notablemente cortas (hasta 18 pb) de repeticiones de secuencias simples en los cinco mitogenomas de hongos endosimbiontes de WBPH. El análisis filogenético basado en PCG conservados en 25 mitogenomas de Ophiocordycipitaceae reveló que los cinco mitogenomas se agrupaban con el de R. speculum, formando un clado independiente. Además de proporcionar las secuencias completas de los mitogenomas, la obtención de mitogenomas completos de endosimbiontes WBPH puede proporcionar información sobre sus posiciones filogenéticas sin necesidad de aislar el ADNmt del hospedador. Esta ventaja es valiosa para futuros estudios sobre mitogenomas de endosimbiontes fúngicos.
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Imagen de apoyo de  Analysis of lncRNA, miRNA, and mRNA Expression Profiling in Type I IFN and Type II IFN Overexpressed in Porcine Alveolar Macrophages

Analysis of lncRNA, miRNA, and mRNA Expression Profiling in Type I IFN and Type II IFN Overexpressed in Porcine Alveolar Macrophages

Por: Hindawi | Fecha: 2021

Los datos actuales sobre la función de los ARN no codificantes (ARNnc), como los microARN (miARN) y los ARN no codificantes largos (lncARN), en la respuesta inmunitaria mediada por interferón (IFN) son escasos. Se trata de un estudio exhaustivo que analiza los perfiles de expresión de lncRNA y miRNA del IFN tipo I y del IFN tipo II en macrófagos alveolares porcinos mediante secuenciación de ARN. Hubo un total de 152 lncRNAs sobreexpresados diferencialmente (DE) y 21 miRNAs DE a través del IFN tipo I y el IFN tipo II en macrófagos alveolares porcinos. La posterior construcción de la red lncRNA-miRNA-mRNA reveló la implicación de 36 lncRNAs DE y 12 miRNAs DE. LncRNAs como el XLOC_211306, XLOC_100516, XLOC_00695, XLOC_149196, y XLOC_014459 se expresaron en mayor grado en el grupo IFN tipo I, mientras que XLOC_222640, XLOC_047290, XLOC_147777, XLOC_162298, XLOC_220210, y XLOC_165237 se expresaron en mayor grado en el grupo IFN tipo II. Se descubrió que estos lncRNAs actuaban como "esponjas" para miRNAs como miR-34a, miR-328, miR-885-3p, miR-149, miR-30c-3p, miR-30b-5p, miR-708-5p, miR-193a-5p, miR-365-5p, y miR-7. Sus genes diana FADS2, XLOC_162298, XLOC_220210 y XLOC_165237 se expresaron en mayor grado en el grupo IFN tipo II. Se descubrió que sus genes diana FADS2, RPS6KA1, PIM1 y NOD1 estaban asociados a varias vías de señalización relacionadas con el sistema inmunitario, como las vías de señalización del receptor NOD-like, Jak-STAT, mTOR y PPAR. Estos experimentos proporcionan un perfil completo de los ARN no codificantes sobreexpresados en macrófagos alveolares porcinos, aportando nuevos conocimientos sobre la respuesta inmunitaria mediada por IFN.
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Imagen de apoyo de  Genetic Alteration Profiles and Clinicopathological Associations in Atypical Parathyroid Adenoma

Genetic Alteration Profiles and Clinicopathological Associations in Atypical Parathyroid Adenoma

Por: Hindawi | Fecha: 2021

Las aberraciones genómicas asociadas al adenoma paratiroideo atípico (AA) son poco conocidas. Por lo tanto, aquí, hemos tratado de ampliar nuestra comprensión actual de la base molecular de los adenomas paratiroideos atípicos. Analizamos 134 muestras obtenidas quirúrgicamente de tumores paratiroideos, incluidos carcinomas paratiroideos, adenomas paratiroideos atípicos y adenomas paratiroideos. Los tumores se cosecharon a partir de tejidos fijados en formol e incluidos en parafina. Quince genes relacionados con tumores procedentes de datos de secuenciación genómica publicados recientemente fueron sometidos a un análisis de secuenciación dirigida, y se alcanzó una profundidad de secuenciación media de 500x. Dieciséis (16/50, 32%) tumores AA albergaban al menos una de las siguientes alteraciones genómicas: CDC73 (12, 24%), EZH2 (4, 8%), HIC1 (1, 2%) y CDKN2A (1, 2%). Nuestro estudio identificó, por primera vez, una frecuencia relativamente alta de alteraciones genómicas en pacientes con AA en una población china. Esto sugiere que el AA surge de novo, en lugar de desarrollarse a partir de un adenoma paratiroideo. En conjunto, estos hallazgos mejorarán nuestra comprensión del potencial maligno de los tumores paratiroideos a nivel molecular.
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Genetic Alteration Profiles and Clinicopathological Associations in Atypical Parathyroid Adenoma

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