El estrés térmico es un estrés común que influye en el crecimiento y la reproducción de las especies vegetales. El azufaifo (Ziziphus jujuba Mill.) es un árbol económicamente importante con una fuerte resistencia al estrés abiótico, pero el mecanismo molecular de su respuesta al estrés térmico sigue siendo difícil de determinar. En este estudio, sometimos plántulas de Z. jujuba cultivar "Hqing1-HR" a HS (45°C) durante 0, 1, 3, 5 y 7 días, respectivamente, y recogimos muestras de hojas (HR0, HR1, HR3, HR5 y HR7). Se construyeron quince bibliotecas de ADNc de hojas para ensayos transcriptómicos. La secuenciación del ARN y la transcriptómica identificaron 1.642, 4.080, 5.160 y 2.119 genes expresados diferencialmente (DEG) en las comparaciones de HR1 frente a HR0, HR3 frente a HR0, HR5 frente a HR0 y HR7 frente a HR0, respectivamente. Los análisis de ontología génica de los DEG de estas comparaciones revelaron un enriquecimiento en una serie de procesos biológicos implicados en las respuestas al estrés, la fotosíntesis y el metabolismo, lo que sugiere que la disminución o el aumento de la expresión de estos genes podría desempeñar un papel importante en la respuesta a la HS. Este estudio contribuyó a nuestra comprensión del mecanismo molecular de la respuesta del azufaifo al estrés térmico y será beneficioso para el desarrollo de cultivares de azufaifo con una mejor resistencia al calor.

Introducción. Nuestro objetivo fue explorar la regulación a la baja del dominio en espiral 80 (CCDC80) y sus mecanismos moleculares subyacentes en el carcinoma de ovario (OVCA). Materiales y métodos. Se realizó una tinción inmunohistoquímica para confirmar el estado de expresión de la proteína CCDC80. Combinando los datos de microarrays de tejidos propios y conjuntos de datos de alto rendimiento, identificamos el nivel de expresión de CCDC80 en OVCA. Utilizamos el algoritmo de identificación de tipos celulares mediante la estimación de subconjuntos relativos de transcritos de ARN (CIBERSORT) y el análisis de enriquecimiento de conjuntos de genes de muestra única (ssGSEA) para explorar la relación entre CCDC80 y el panorama del microambiente tumoral (TME) en OVCA. El enriquecimiento de vías, la anotación de funciones y la exploración de factores de transcripción (FT) se llevaron a cabo para estudiar los mecanismos moleculares latentes. Además, se utilizaron los datos de líneas celulares de la base de datos Genomics of Drug Sensitivity in Cancer (GDSC) para descubrir la relación entre CCDC80 y la sensibilidad a los fármacos. Resultados. Una diferencia de medias estándar (DME) integrada de -0,919 (95 I: -1,515-0,324, P=0,002) identificó la regulación a la baja de CCDC80 en OVCA basándose en 1048 muestras, y el sROC (AUC=0,76) mostró una capacidad discriminatoria moderada de CCDC80 en OVCA. La fracción de células B ingenuas infiltrantes mostró diferencias significativas entre los grupos de alta y baja expresión de CCDC80. Además, los genes relacionados con CCDC80 están enriquecidos en la vía de señalización Ras y metabólica de lípidos. El receptor nuclear de la subfamilia tres grupo C miembro 1 (NR3C1) puede ser un TF aguas arriba de CCDC80, y CCDC80 puede estar relacionado con la sensibilidad de la mitocicina C y nilotinib. Conclusiones. CCDC80 fue regulado a la baja en OVCA y puede desempeñar un papel como supresor tumoral en OVCA.

Antecedentes. Investigaciones recientes han descubierto que la N5-metilcitosina (m5C) está implicada en el desarrollo y la aparición de numerosos tipos de cáncer. Sin embargo, la función y el mecanismo de los reguladores de la metilación del ARN m5C en el carcinoma de células renales claras (CCRc) siguen sin descubrirse. Este estudio tiene como objetivo investigar el valor predictivo y clínico de estos genes relacionados con m5C en ccRCC. Métodos. A partir de la base de datos The Cancer Genome Atlas (TCGA), se descargaron y analizaron los patrones de expresión de doce reguladores m5C y las características clinicopatológicas correspondientes. Para revelar las relaciones entre los niveles de expresión de los genes relacionados con m5C y el valor pronóstico en ccRCC, se llevó a cabo un análisis de agrupación por consenso. Mediante el análisis univariante de Cox y el algoritmo de regresión de Cox del último operador absoluto de reducción y selección (LASSO), se construyó una firma de riesgo relacionada con m5C en el grupo de entrenamiento y se validó posteriormente en el grupo de prueba y en toda la cohorte. A continuación, se analizó la capacidad predictiva de supervivencia de esta firma de riesgo relacionada con m5C mediante análisis de regresión de Cox y nomograma. Se aplicaron la anotación funcional y el análisis de enriquecimiento de conjuntos de genes de muestra única (ssGSEA) para explorar más a fondo la función biológica y las posibles vías de señalización. Además, realizamos experimentos de qRT-PCR y medimos el nivel global de metilación del ARN m5C para validar esta firma in vitro y en muestras de tejido. Resultados. En la cohorte TCGA-KIRC, encontramos diferencias significativas en la expresión de genes relacionados con la metilación del ARN m5C entre los tejidos de CCRm y los tejidos renales normales. Se realizó un análisis de conglomerados de consenso para separar a los pacientes en dos subtipos de metilación del ARN m5C. Se observaron resultados significativamente mejores en los pacientes con CCRm en el grupo 1 que en el grupo 2. Se calculó la puntuación de riesgo relacionada con la metilación del ARNm5C para evaluar el pronóstico de los pacientes con CCRm mediante siete reguladores de metilación del ARNm5C seleccionados (NOP2, NSUN2, NSUN3, NSUN4, NSUN5, TET2 y DNMT3B) en la cohorte de entrenamiento. El AUC para la supervivencia a 1, 2 y 3 años en la cohorte de entrenamiento fue de 0,792, 0,675 y 0,709, respectivamente, lo que indica que la firma de riesgo tenía una excelente predicción del pronóstico en CCRm. Además, los análisis de regresión de Cox univariante y multivariante revelaron que la firma de riesgo podía ser un factor pronóstico independiente en el CCRm. Los resultados del ssGSEA sugirieron que las células inmunitarias con diferentes grados de infiltración entre los grupos de alto y bajo riesgo eran células T, incluidas células T auxiliares foliculares, células Th1, células Th2 y células T CD8, y que las principales diferencias en las funciones relacionadas con la inmunidad entre los dos grupos eran la respuesta al interferón y la coestimulación de las células T. Además, la qRT-PCR reveló que las células inmunitarias con diferentes grados de infiltración entre los grupos de alto y bajo riesgo eran células T, incluidas células T auxiliares foliculares, células Th1, células Th2 y células T CD8. Además, los experimentos de qRT-PCR confirmaron nuestros resultados en líneas celulares renales y muestras de tejido. Conclusiones. De acuerdo con los siete factores reguladores seleccionados de la metilación del ARN m5C, se desarrolló una firma de riesgo asociada a la metilación m5C que puede predecir de forma independiente el pronóstico en pacientes con CCRm y se verificó además la eficacia predictiva.

Objetivo. La "expresividad dependiente del cuantil" se produce cuando el tamaño del efecto de una variante genética depende de si el fenotipo (por ejemplo, el ácido úrico sérico) es alto o bajo en relación con su distribución. Se realizaron análisis para probar si la heredabilidad del ácido úrico sérico es cuantil-específica y si esto podría explicar algunas interacciones gen-ambiente reportadas. Métodos. Se analizaron las concentraciones séricas de ácido úrico de 2151 hermanos y 12.068 parejas descendientes-padres del Framingham Heart Study. La heredabilidad específica de cuantiles a partir de las pendientes de regresión de descendientes y padres (?OP,h2=2?OP/1 rspouse) y las pendientes de regresión de hermanos completos (?FS,h2=1 8rspouse?FS0,5-1/2rspouse) se estimó de forma robusta mediante regresión de cuantiles con significación no paramétrica asignada a partir de 1000 muestras bootstrap. Resultados. El h2 específico por cuantiles (±SE) aumentó con el aumento de los percentiles de la distribución de ácido úrico de la descendencia ajustada por sexo y edad cuando se estimó a partir de ?OP Ptrend=0,001: 0,34±0,03 en el percentil 10, 0,36±0,03 en el percentil 25, 0,41±0,03 en el percentil 50, 0,46±0,04 en el percentil 75 y 0,49±0,05 en el percentil 90 y cuando se estimó a partir de ?FS Ptrend=0,006. Esto es coherente con el mayor efecto genético de la distribución de ácido úrico en la descendencia. Esto concuerda con el mayor tamaño del efecto genético de (1) el polimorfismo SLC2A9 rs11722228 en pacientes con gota frente a controles, (2) el polimorfismo ABCG2 rs2231142 en hombres frente a mujeres, (3) el polimorfismo SLC2A9 rs13113918 en pacientes obesos antes de la cirugía bariátrica frente a pacientes obesos después de la cirugía bariátrica. (4) el polimorfismo ABCG2 rs6855911 en mujeres obesas frente a mujeres no obesas, y (5) el polimorfismo LRP2 rs2544390 en bebedores empedernidos frente a abstemios. La expresividad dependiente del cuantil también puede explicar el mayor tamaño del efecto genético de un haplotipo SLC2A9/PKD2/ABCG2 para consumos altos frente a consumos bajos de alcohol, pollo o carnes procesadas. Conclusiones. La heredabilidad de las concentraciones séricas de ácido úrico es específica del cuantil.

Antecedentes. Los ARN circulares (circARN) se consideran ARN endógenos competidores (ceARN) y desempeñan un papel clave en la progresión del cáncer de pulmón no microcítico (CPNM). Así pues, este estudio tenía como objetivo aclarar los mecanismos moleculares subyacentes de circHUWE1 en el CPNM. Métodos. Se utilizaron la reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa en tiempo real (RT-qPCR) y análisis western blot para examinar circHUWE1, microRNA-34a-5p (miR-34a-5p) y la proteína 8 inducida por el factor de necrosis tumoral alfa (TNFAIP8). La IC50 del cisplatino (DDP) en las células A549/DDP y H1299/DDP y la viabilidad celular se analizaron mediante el ensayo del kit de recuento celular 8 (CCK-8). Se realizó un ensayo de formación de colonias para evaluar la capacidad de formación de colonias. La apoptosis celular y la distribución del ciclo celular se determinaron mediante citometría de flujo. El número de células migradas e invadidas se examinó mediante el ensayo transwell. La asociación entre circHUWE1, miR-34a-5p y TNFAIP8 se analizó mediante un reportero de luciferasa dual y ensayos de inmunoprecipitación de ARN. Se aplicó un experimento de xenoinjerto para aclarar el papel funcional de circHUWE1 in vivo. La regulación a la baja de circHUWE1 inhibió la resistencia al DDP, la proliferación, la migración y la invasión, a la vez que indujo la apoptosis y la detención del ciclo celular de las células de CPNM resistentes al DDP, lo que fue revertido por el silenciamiento de miR-34a-5p. TNFAIP8 era un gen funcional de miR-34a-5p, y los efectos supresores de la sobreexpresión de miR-34a-5p en la progresión del CPNM resistente al DDP dependían de la supresión de TNFAIP8. La inhibición de circHUWE1 también retrasó el crecimiento tumoral de las células de CPNM resistentes al DDP. Conclusión. circHUWE1 funcionó como promotor en el CPNM resistente al DDP mediante la interacción con las redes miR-34a-5p-TNFAIP8, proporcionando una nueva perspectiva en el diagnóstico y tratamiento del CPNM resistente al DDP.

Los genes que codifican los reguladores transcripcionales que contienen motivos VQ (VQ) y los factores de transcripción WRKY pueden participar por separado o conjuntamente en el crecimiento, el desarrollo y las respuestas al estrés abiótico y biótico de las plantas. En este estudio se identificaron 222 genes VQ y 645 genes WRKY en seis especies de Prunus. Basándose en topologías de árboles filogenéticos, los genes VQ y WRKY se clasificaron en 13 y 32 clados, respectivamente. Por lo tanto, al menos 13 copias del gen VQ y 32 copias del gen WRKY estaban presentes en el genoma del ancestro común de las seis especies de Prunus. Los pequeños picos similares en los valores de Ks para los genes VQ y WRKY sugieren que las dos familias de genes sufrieron duplicaciones recientes en las seis especies estudiadas. La mayoría de las relaciones Ka/Ks eran inferiores a 1, lo que implica que la mayoría de los genes VQ y WRKY habían sufrido una selección purificadora. Los valores de Pi fueron significativamente mayores en los genes VQ que en los genes WRKY, por lo que los genes VQ mostraron una mayor diversidad de nucleótidos en las seis especies. Se predijo que cuarenta y uno de los genes VQ de Prunus interactuaban con 44 de los genes WRKY, y los niveles de expresión de algunos pares de interacción VQ-WRKY previstos estaban significativamente correlacionados. Los patrones de expresión diferencial de los genes VQ y WRKY sugirieron que algunos podrían estar implicados en la regulación de la resistencia a los áfidos en P. persica y el desarrollo del fruto en P. avium.

Antecedentes. ZNF385B, una proteína zinc finger, ha sido conocida recientemente como un biomarcador potencial en algunos estudios neurológicos y hematológicos. Aunque numerosos estudios han demostrado la función potencial de las proteínas zinc finger en la progresión tumoral, los efectos de ZNF385B en el cáncer de mama (CM) están menos estudiados. Métodos. Se utilizó la base de datos Oncomine y la herramienta "ESurv" para explorar la expresión diferencial de ZNF385B en el cáncer de mama. Además, se descargaron datos de pacientes con CB de The Cancer Genome Atlas (TCGA). Se estableció la curva receiver operating characteristic (ROC) de la expresión de ZNF385B para explorar el valor diagnóstico de ZNF385B y obtener el valor de corte de la expresión alta o baja de ZNF385B en el CB. Para identificar las relaciones entre las características clínicas y la expresión de ZNF385B se utilizó la prueba de chi-cuadrado y la prueba exacta de Fisher. Además, se evaluaron los efectos de ZNF385B en la supervivencia de los pacientes con cáncer de colon mediante el método de Kaplan-Meier y la regresión de Cox. Se emplearon datos de la base de datos Gene Expression Omnibus (GEO) para validar los resultados de TCGA. La expresión proteica de ZNF385B en muestras de pacientes con EB se detectó mediante tinción inmunohistoquímica (IHC). Resultados. La expresión de ZNF385B estaba regulada a la baja en la mayoría de los tipos de cáncer, incluido el CB. La baja expresión de ZNF385B se relacionó con el estado de supervivencia, la supervivencia global (SG) y la recurrencia del cáncer de colon. ZNF385B tenía un valor diagnóstico modesto, como indica el área bajo la curva ROC (AUC=0,671). Las pacientes con menor expresión de ZNF385B presentaban una SG y una SSR (supervivencia sin recidiva) más cortas. Se había demostrado que una expresión baja de ZNF385B representaba un valor pronóstico independiente para la SG y la SSR mediante un análisis de supervivencia multivariante. Los resultados similares se verificaron también mediante conjuntos de datos de la base de datos GEO. La expresión proteica de ZNF385B disminuyó en las muestras de pacientes en comparación con los tejidos adyacentes mediante IHC. Conclusiones. La baja expresión de ZNF385B fue un predictor independiente de peor pronóstico en pacientes con cáncer de colon.

Uno de los principales problemas de la producción algodonera estadounidense y mundial son los daños causados por el nematodo reniforme, Rotylenchulus reniformis. En ocasiones, la amplificación del ADN de nematodos individuales para su posterior análisis molecular puede suponer un reto. En esta investigación se evaluó la eficacia de dos métodos de amplificación del genoma completo (WGA) en la amplificación del ADN de un único nematodo reniforme. La WGA se llevó a cabo utilizando los kits REPLI-g Mini y Midi, y el kit de amplificación del genoma completo de una sola célula GenomePlex. El análisis de secuencias produjo 4 Mb y 12 Mb de secuencias genómicas para el nematodo reniforme utilizando las bibliotecas REPLI-g y SIGMA. Estas secuencias se ensamblaron en 28.784 y 24.508 contigs, respectivamente, para las bibliotecas REPLI-g y SIGMA. Las mayores repeticiones en ambas bibliotecas fueron de baja complejidad, y las menores para la biblioteca REPLI-g correspondieron a satélites y para la biblioteca SIGMA, a RTE/BOV-B. Se observó el mismo tipo de repeticiones en ambas bibliotecas; sin embargo, la biblioteca SIGMA tenía otros cuatro elementos repetidos (Penélope [elemento nucleotídico intercalado largo (LINE)], RTE/BOV-B (LINE), PiggyBac y Mirage/P-elemento/Transib), que no se observaron en la biblioteca REPLI-g. También se encontraron transposones de ADN en ambas bibliotecas. Las dos variantes del ARNr 18S de los nematodos reniformes (RN_VAR1 y RN_VAR2) pudieron identificarse fácilmente en ambas bibliotecas. Por lo tanto, esta investigación ha demostrado la capacidad de utilizar ambos métodos de WGA en la amplificación de ADNg aislado de nematodos reniformes individuales.

La luz azul es una señal importante que regula la floración de las plantas de fresa. Para revelar el mecanismo de la floración temprana bajo tratamiento con luz azul a nivel de regulación transcripcional, se sometieron plántulas de fresa cultivada (Fragaria × ananassa Duch.) "Benihoppe" a un tratamiento con luz blanca (WL) y con luz azul (BL) hasta su floración. Para detectar los patrones de expresión de los genes en respuesta a la BL, se realizó un análisis del transcriptoma basado en RNA-Seq. Los resultados identificaron un total de 6875 genes expresados diferencialmente (DEG) que respondían a la BL, de los cuales 3138 (45,64%) estaban regulados a la baja y 3737 (54,36%) al alza. Estos DEG estaban significativamente enriquecidos en 98 términos GO y 71 vías KEGG basadas en la anotación de la función génica. Entre los DEGs, los niveles de expresión de genes que podrían participar en la señalización de la luz (PhyB, PIFs, y HY5) y el ritmo circadiano (FKF1, CCA1, LHY, y CO) en las plantas fueron alterados bajo BL. También se identificaron los factores de transcripción BBX que respondían a BL. El resultado mostró que el FaBBX29, uno de los genes de la familia BBX de la fresa, puede desempeñar un papel importante en la regulación de la floración. Nuestros resultados proporcionan una visión oportuna y completa y un recurso de datos de referencia fiable para estudios posteriores sobre la regulación de la floración bajo diferentes calidades de luz.

El estrés abiótico es la principal amenaza a la que se enfrenta la agricultura actual. La salinidad es uno de los principales estreses abióticos que influyen en la distribución geográfica, la supervivencia y la productividad de diversos cultivos en todo el mundo. Las plantas perciben las señales de estrés salino y comunican señales específicas que conducen al inicio de una respuesta de defensa contra el mismo. La señalización del estrés implica a los transportadores, que son fundamentales para el transporte de agua y la homeostasis iónica. Varios componentes citoplasmáticos, como el calcio y las quinasas, son fundamentales para cualquier tipo de señalización dentro de la célula que provoque respuestas moleculares. La señalización del estrés inculca proteínas reguladoras y factores de transcripción (TF), que inducen genes sensibles al estrés. En esta revisión se analiza el papel de los transportadores de iones, las proteínas quinasas y los TF en las plantas para superar el estrés salino. La comprensión de las respuestas al estrés por componentes en conjunto mejorará nuestra capacidad de entender el mecanismo subyacente, que podría ser utilizado para las estrategias de mejora de cultivos para lograr la seguridad alimentaria.