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Genetic Diversity of Orobanche crenata Populations in Ethiopia Using Microsatellite Markers

Por: Hindawi | Fecha: 2020

Orobanche crenata es una mala hierba parásita que causa considerables pérdidas de rendimiento en las leguminosas alimentarias de Etiopía y la región mediterránea. La comprensión de la diversidad genética de Orobanche crenata mediante técnicas moleculares genera información útil para la gestión de la maleza a través de la mejora de la resistencia. El objetivo de este estudio era evaluar la diversidad genética de las poblaciones de O. crenata recogidas en las principales zonas productoras de habas de Etiopía. Se recogió un total de 96 muestras de campos de cultivo de habas infestados por Orobanche. La diversidad genética de la población se estudió utilizando 30 marcadores SSR de O. cumana. Los resultados mostraron que 11 SSR eran marcadores funcionales y transferibles para estudiar la diversidad de las poblaciones de O. crenata. El número medio de alelos, la diversidad génica, la heterocigosidad y el contenido de información polimórfica de los loci SSR fueron de 9,6, 0,82, 0,38 y 0,80, respectivamente. El análisis de similitud genética por pares mostró la distancia genética más baja entre las muestras recogidas en Gondar Sur y Wollo Sur (0,12), mientras que la distancia genética más alta (0,48) se encontró entre Gondar Sur y Wollo Norte. El resultado del análisis de la varianza molecular indicó que la variación entre individuos era la principal fuente de variación genética (55%), seguida de la variación dentro de los individuos (43%) y entre poblaciones (2%). El resultado del análisis de la estructura genética de la población indicó la presencia de dos grandes grupos, independientemente de la zona de recolección o de la región de origen. Además, el resultado del cálculo de autocorrelación espacial indicó una correlación genética significativa y positiva entre las muestras recogidas en un radio de 28 km. En general, la ausencia de una estructura genética basada en la región geográfica demuestra presumiblemente la expansión de la maleza parásita entre los lugares de cultivo tras su reciente introducción en el país. Por lo tanto, la clara ausencia de diferenciación poblacional justifica el cribado de la población de habas en la zona del punto caliente.
Fuente: Revista Virtual Pro Formatos de contenido: Otros

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Genetic Diversity of Orobanche crenata Populations in Ethiopia Using Microsatellite Markers

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  • Exclusivo BibloRed
Imagen de apoyo de  The Complete Chloroplast Genome of Arabidopsis thaliana Isolated in Korea (Brassicaceae), An Investigation of Intraspecific Variations of the Chloroplast Genome of Korean A. thaliana

The Complete Chloroplast Genome of Arabidopsis thaliana Isolated in Korea (Brassicaceae), An Investigation of Intraspecific Variations of the Chloroplast Genome of Korean A. thaliana

Por: Hindawi | Fecha: 2020

Arabidopsis thaliana (L.) Heynh. es un organismo modelo de la biología molecular vegetal. Se han secuenciado más de 1.700 secuencias del genoma completo, pero hasta ahora no se han secuenciado genomas de aislados coreanos a pesar de que se han secuenciado muchos de A. thaliana aislados en Japón y China. Para comprender los antecedentes genéticos de la A. thaliana natural coreana (denominada 180404IB4), presentamos su genoma completo del cloroplasto, que tiene 154.464 pb de longitud y cuatro subregiones: 85.164 pb de regiones de copia única grande (LSC) y 17.781 pb de copia única pequeña (SSC) están separadas por 26.257 pb de regiones de repetición invertida (IRs) que incluyen 130 genes (85 genes codificadores de proteínas, ocho rRNAs y 37 tRNAs). Se han identificado 50 polimorfismos de nucleótido único (SNP) y 14 inserciones y deleciones (INDEL) entre 180404IB4 y Col0. Además, se identificaron 101 SSRs y 42 SSRs extendidos en el genoma coreano del cloroplasto de A. thaliana, lo que indica un número similar de SSRs en el resto de los cinco genomas del cloroplasto con una preferencia de las variaciones de secuencia hacia la región SSR. Un análisis de diversidad de nucleótidos reveló dos regiones altamente variables en los genomas de cloroplastos de A. thaliana. Los árboles filogenéticos con otros tres genomas de cloroplastos de aislados naturales de Asia oriental muestran que los aislados naturales coreanos y chinos están agrupados, mientras que dos aislados japoneses no están agrupados, lo que sugiere la necesidad de investigaciones adicionales de los genomas de cloroplastos de los aislados de Asia oriental.
Fuente: Revista Virtual Pro Formatos de contenido: Otros

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The Complete Chloroplast Genome of Arabidopsis thaliana Isolated in Korea (Brassicaceae), An Investigation of Intraspecific Variations of the Chloroplast Genome of Korean A. thaliana

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Imagen de apoyo de  Characterization of an IncR Plasmid with Two Copies of ISCR-Linked qnrB6 from ST968 Klebsiella pneumoniae

Characterization of an IncR Plasmid with Two Copies of ISCR-Linked qnrB6 from ST968 Klebsiella pneumoniae

Por: Hindawi | Fecha: 2020

Para caracterizar la estructura molecular de las secuencias relacionadas con el plásmido IncR, se llevó a cabo un análisis genómico comparativo utilizando 261 secuencias relacionadas con el esqueleto del plásmido IncR. Entre las secuencias, 257 eran plásmidos IncR, incluido el plásmido IncR multirresistente pR50-74 de la cepa R50 de Klebsiella pneumoniae de este trabajo, y las otras cuatro procedían de cromosomas bacterianos. Los plásmidos IncR procedían de diferentes géneros o especies bacterianas, principalmente Klebsiella pneumoniae (70,82%, 182/257), Escherichia coli (11,28%, 29/257), Enterobacter cloacae (7,00%, 18/257) y Citrobacter freundii (3,50%, 9/257). Los cromosomas bacterianos portadores de secuencias de la columna vertebral del plásmido IncR procedían de Proteus mirabilis AOUC-001 y Klebsiella pneumoniae KPN1344, entre otros. La secuencia de la columna vertebral del IncR del cromosoma AOUC-001 de P. mirabilis muestra la mayor identidad con la del pR50-74. En los plásmidos IncR se identificaron integrones complejos de clase 1 portadores de varias copias de ISCR1-sdr-qnrB6-?qacE/sul1 (unidad qnrB6 ligada a ISCR1). Además de las dos copias consecutivas de qnrB6-qacE-sul1, los demás genes de resistencia codificados en pR50-74 están todos relacionados con elementos genéticos móviles, como IS1006, IS26 y el integrón de clase 1. Este estudio proporciona una clara comprensión de la movilidad y plasticidad de la secuencia del esqueleto del plásmido IncR y subraya el importante papel del ISCR en el reclutamiento de genes de resistencia multicopia.
Fuente: Revista Virtual Pro Formatos de contenido: Otros

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Imagen de apoyo de  Differential Expression of miR-136 in Gestational Diabetes Mellitus Mediates the High-Glucose-Induced Trophoblast Cell Injury through Targeting E2F1

Differential Expression of miR-136 in Gestational Diabetes Mellitus Mediates the High-Glucose-Induced Trophoblast Cell Injury through Targeting E2F1

Por: Hindawi | Fecha: 2020

Antecedentes. La diabetes mellitus gestacional (DMG) afecta gravemente a la salud de madres y bebés. La inhibición de la viabilidad de las células trofoblásticas inducida por el alto contenido en glucosa es un factor importante en la patogénesis de la DMG. Este estudio evaluó la expresión y el significado clínico de miR-136 en pacientes con DMG, y se exploraron la función biológica y los mecanismos relacionados de miR-136 en la regulación de la proliferación de células trofoblásticas. Métodos. Se midió la expresión de miR-136 en suero y placenta de pacientes con DMG mediante PCR cuantitativa en tiempo real. Las células trofoblásticas se estimularon con un medio rico en glucosa para imitar los cambios patológicos de la DMG, y el efecto de miR-136 se examinó mediante el ensayo CCK-8. Se utilizó un ensayo reportero de luciferasa para estudiar la expresión de miR-136 en el suero y la placenta de las pacientes con DMG. Se utilizó un ensayo de luciferasa para confirmar el gen diana de miR-136 y se analizó la relación del factor de transcripción 1 E2F (E2F1) con miR-136 en la DMG. Resultados: La expresión de miR-136 fue significativamente elevada en las muestras de suero y tejido de la DMG. El tratamiento con glucosa elevada inhibió la proliferación de células trofoblásticas y favoreció la expresión de miR-136. El knockdown de miR-136 podía promover la proliferación de células trofoblásticas expuestas a glucosa elevada, mientras que la sobreexpresión de miR-136 podía suprimirla. Además, se identificó E2F1 como gen diana de miR-136, que podría mediar en el efecto regulador de miR-136 sobre la proliferación de células trofoblásticas. Conclusiones. En conjunto, la expresión de miR-136 está aumentada tanto en el suero como en los tejidos placentarios de las pacientes con DMG, y miR-136 media en el efecto inhibidor de la glucosa elevada sobre la viabilidad de las células trofoblásticas dirigiéndose a E2F1.
Fuente: Revista Virtual Pro Formatos de contenido: Otros

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Imagen de apoyo de  Mining the Prognostic Value of HNRNPAB and Its Function in Breast Carcinoma

Mining the Prognostic Value of HNRNPAB and Its Function in Breast Carcinoma

Por: Hindawi | Fecha: 2020

Las ribonucleoproteínas nucleares heterogéneas (HNRNPs) son miembros cruciales en la patogénesis y progresión de numerosos cánceres. Sin embargo, el patrón de expresión y la importancia clínica de las HNRNPs en el carcinoma de mama (CM) siguen sin investigarse. En el presente estudio, el análisis bioinformático identificó a HNRNPAB como la única HNRNP comúnmente regulada al alza en el carcinoma de mama. La expresión elevada de HNRNPAB se asoció positivamente con enfermedades más agresivas y peores tasas de supervivencia en el CB. El análisis de rutas reveló que los genes coexpresados por HNRNPAB estaban enriquecidos en la ruta de transición de fase G2/M, y el nivel de expresión de HNRNPAB estaba fuertemente correlacionado con los de CCNB1, CDK1, CDC25A y CDC25C. Los experimentos in vitro demostraron que el knockdown de HNRNPAB suprimía la proliferación celular y bloqueaba la transición de fase G2/M en el CB. En conjunto, este estudio aporta las pruebas iniciales de que HNRNPAB puede emplearse como diana terapéutica innovadora, así como biomarcador pronóstico en pacientes con CB.
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Imagen de apoyo de  Mutations in the ARAP3 Gene in Three Families with Primary Lymphedema Negative for Mutations in Known Lymphedema-Associated Genes

Mutations in the ARAP3 Gene in Three Families with Primary Lymphedema Negative for Mutations in Known Lymphedema-Associated Genes

Por: Hindawi | Fecha: 2020

Antecedentes. ARAP3 es una pequeña proteína reguladora activadora de GTPasas, que tiene importantes funciones en la organogénesis de los vasos linfáticos y en la modulación de la adhesión y migración celular. Las mutaciones en el gen ARAP3 se asocian con una alteración en la formación de vasos linfáticos. Objetivo. El objetivo de nuestro estudio fue determinar los genotipos de pacientes con linfedema en relación con variantes en el gen ARAP3 para explorar su papel en el desarrollo del linfedema. Métodos y resultados. Aplicamos la secuenciación de nueva generación a muestras de ADN de una cohorte de 246 pacientes italianos con malformaciones linfáticas. Cuando analizamos a los probandos en busca de genes de linfedema conocidos, 235 de los 246 resultaron negativos. Retrospectivamente, analizamos el ADN de estos 235 pacientes en busca de nuevos genes candidatos asociados al linfedema, incluido el ARAP3. Tres de los 235 probandos resultaron ser portadores de variantes heterocigotas raras en ARAP3. En el caso de dos familias, también se analizó a otros miembros de la familia y resultaron negativos para la variante ARAP3, además de no estar afectados por el linfedema. Según el análisis in silico, las alteraciones debidas a estas variantes tienen un impacto significativo en la estructura global y la estabilidad de las proteínas resultantes. Conclusiones. Basándonos en nuestros resultados, proponemos que las variantes en ARAP3 podrían incluirse en las pruebas genéticas para el linfedema.
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Imagen de apoyo de  Genomic Analysis of Bacillus megaterium NCT-2 Reveals Its Genetic Basis for the Bioremediation of Secondary Salinization Soil

Genomic Analysis of Bacillus megaterium NCT-2 Reveals Its Genetic Basis for the Bioremediation of Secondary Salinization Soil

Por: Hindawi | Fecha: 2020

Bacillus megaterium NCT-2 es una bacteria captadora de nitrato, que muestra una alta capacidad de biorremediación en suelos de salinización secundaria, incluyendo capacidad reductora de nitrato, solubilización de fosfato y adaptación a la salinidad. Para obtener información sobre la capacidad de biorremediación a nivel genético, se obtuvo la secuencia completa del genoma mediante una estrategia multiplataforma que incluía secuenciación HiSeq y PacBio. El genoma de NCT-2 consta de un cromosoma circular de 5,19 Mbp y diez plásmidos autóctonos, con un total de 5,88 Mbp y un contenido medio de GC del 37,87%. El cromosoma codifica 5.606 genes, 142 ARNt y 53 ARNr. En el genoma se identificaron genes implicados en las características de la biorremediación en suelos de salinización secundaria y la promoción del crecimiento de las plantas, como el metabolismo del nitrógeno, la captación de fosfato, la síntesis de ácidos orgánicos y fosfatasa para la capacidad de solubilización de fosfato, y el sistema sintético de IAA dependiente de Trp. Además, la cepa NCT-2 tiene una gran capacidad de adaptación al medio gracias a los genes implicados en los transportadores de cationes, el estrés osmótico y el estrés oxidativo. Este estudio arroja luz sobre la comprensión de las bases moleculares del uso de B. megaterium NCT-2 en la biorremediación de los suelos de salinización secundaria.
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Imagen de apoyo de  Identification of Differentially Expressed Drought-Responsive Genes in Guar [Cyamopsis tetragonoloba (L.) Taub]

Identification of Differentially Expressed Drought-Responsive Genes in Guar [Cyamopsis tetragonoloba (L.) Taub]

Por: Hindawi | Fecha: 2020

La sequía sigue siendo uno de los estreses ambientales más graves debido a la continua reducción de la humedad del suelo, lo que exige la mejora de los cultivos con características como la tolerancia a la sequía. El guar [Cyamopsis tetragonoloba (L.) Taub], un cultivo forrajero e industrial, es una planta no sedentaria. Sin embargo, la información sobre los cambios en el transcriptoma que ocurren bajo estrés por sequía en guar es muy limitada; por lo tanto, es necesario un análisis de la expresión génica en este contexto. Aquí, estudiamos los genes diferencialmente expresados (DEGs) en respuesta al estrés por sequía y sus rutas metabólicas. Se utilizó RNA-Seq mediante un algoritmo de maximización de expectativas para estimar la abundancia génica. Posteriormente, se utilizó un Análisis Empírico de Datos Digitales de Expresión Génica en el paquete R Bioconductor para identificar DEGs. Se utilizaron Blast2GO, InterProScan y la Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes para explorar la anotación funcional, el análisis de proteínas, enzimas y rutas metabólicas. Los factores de transcripción se identificaron utilizando la base de datos PlantTFDB. Nuestro estudio identificó 499 genes regulados al alza y 191 regulados a la baja en respuesta al estrés por sequía. De ellos, 32 genes regulados al alza y seis regulados a la baja se consideraron nuevos genes exclusivos de guar. Un total de 137 familias de proteínas, 306 dominios, 12 repeticiones y dos sitios fueron regulados al alza. La familia del transportador de oligopéptidos dependiente de protones y la transferasa, el transportador de acuaporina, la proteína cinasa dependiente de calcio/calmodulina/dependiente de calcio, la familia de la peptidasa aspártica A1, la UDP-glucuronosil/UDP-glucosiltransferasa y la proteína intrínseca mayor fueron las familias de proteínas más reguladas. Los unigenes regulados al alza se asociaron con 88 enzimas y 77 vías KEGG. Por último, las familias de factores de transcripción MYB-related, MYB y ERF fueron las más reguladas. Estos datos pueden ser útiles para comprender la respuesta molecular de las plantas al estrés por sequía.
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Imagen de apoyo de  Effect of Huangqin Tang on Colonic Gene Expression in Rats with Ulcerative Colitis

Effect of Huangqin Tang on Colonic Gene Expression in Rats with Ulcerative Colitis

Por: Hindawi | Fecha: 2020

En este estudio, exploramos los mecanismos farmacológicos de Huangqin Tang (HQT; una fórmula de la medicina tradicional china) en la colitis ulcerosa (CU) y aportamos pruebas de las posibles funciones que desempeña HQT mediante perfiles de expresión génica. El modelo de rata de CU se realizó mediante un método compuesto (ácido trinitrobenceno sulfónico más etanol). Tras un tratamiento de diez días, se realizó un análisis de microarrays del segmento de colon de las ratas. Se enriquecieron las funciones biológicas y las vías de señalización específicas a partir de los genes expresados diferencialmente (DEG), y se construyeron las correspondientes redes de genes mediante el Ingenuity Pathway Analysis (IPA). A través de la red, examinamos las posibles "dianas candidatas", como ITGB1, FN1, CASP3 e ITGA5 y FABP1, ABCB1, FABP2 y SLC51B. Estas posibles dianas candidatas estaban relacionadas funcionalmente con la respuesta inmunitaria, la inflamación y el metabolismo. Además, la HQT redujo significativamente los niveles séricos de los factores proinflamatorios monóxido de nitrógeno (NO), citocinas proinflamatorias interleucina 17 (IL-17) y prostaglandina E2 (PGE2). El grado de tinción HE del tejido colónico fue grave en el grupo modelo, pero se redujo significativamente en el grupo HQT. La HQT mostró efectos protectores contra el daño del colon al inhibir la respuesta inflamatoria.
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Imagen de apoyo de  Long Noncoding RNA HOTTIP Serves as an Independent Predictive Biomarker for the Prognosis of Patients with Clear Cell Renal Cell Carcinoma

Long Noncoding RNA HOTTIP Serves as an Independent Predictive Biomarker for the Prognosis of Patients with Clear Cell Renal Cell Carcinoma

Por: Hindawi | Fecha: 2020

Varios estudios han indicado que el transcrito HOXA en el extremo distal (HOTTIP) desempeña funciones importantes en la tumorigénesis y el desarrollo de diversos tipos de cáncer. Nuestro objetivo es investigar la expresión y el valor pronóstico de HOTTIP en el carcinoma de células renales claras (ccRCC). Se llevó a cabo una revisión sistemática de las bases de datos PubMed, Embase, Medline y Web of Science para seleccionar bibliografía relevante sobre la correlación entre la expresión de HOTTIP y el resultado clínico de diferentes tipos de cáncer. Posteriormente se analizó la asociación entre el nivel de HOTTIP y la supervivencia global (SG), la metástasis en los ganglios linfáticos (LNM) o el estadio clínico. Se realizaron análisis de supervivencia en una gran cohorte de más de 500 pacientes con CCRm de The Cancer Genome Atlas (TCGA) utilizando métodos bioinformáticos. En este análisis se incluyeron 17 estudios con un total de 1594 pacientes con trece tipos de carcinomas. Los resultados mostraron que una expresión elevada de HOTTIP podía predecir un peor resultado en pacientes con cáncer, con un cociente de riesgos instantáneos (CRI) agrupado de 2,34 (intervalo de confianza [IC] del 95: 1,96-2,79; p<0,0001). El resultado también mostró que la expresión elevada de HOTTIP se correlacionaba con más LNM (OR=2,61; 95 I 1,91-3,58; p<0,0001) y estadio clínico avanzado (OR=3,57; 95 I 2,58-4,93; p<0,0001). Validamos además que los pacientes de CCRm con mayor expresión de HOTTIP tienden a tener resultados insatisfactorios tanto en el conjunto de datos TCGA completo como en diferentes estratos clínicos, como la edad, el grado y el estadio. El tumor de estos pacientes se asoció a un mayor tamaño, más facilidad para la metástasis, un estadio clínico avanzado y un mayor grado patológico. Estos resultados sugieren que el aumento de la expresión de HOTTIP podría actuar como un nuevo marcador pronóstico para los pacientes con CCRm.
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