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Imagen de apoyo de  Transcriptome Analysis of Orange Head Chinese Cabbage (Brassica rapa L. ssp. pekinensis) and Molecular Marker Development

Transcriptome Analysis of Orange Head Chinese Cabbage (Brassica rapa L. ssp. pekinensis) and Molecular Marker Development

Por: Hindawi | Fecha: 2017

Debido a su aspecto visual y a su alto contenido en carotenoides, las hojas interiores naranjas son un rasgo deseable para la col china. Para comprender el mecanismo molecular que subyace a la formación de las hojas interiores naranjas, se analizó el gen BrCRTISO (Bra031539), como gen candidato Br-or, entre las variedades blanca y naranja, y se identificaron 7 polimorfismos de nucleótido único (SNP). Sin embargo, sólo un SNP (C952 a T952) alteró la secuencia de aminoácidos, dando lugar a una mutación de Leu318 a Phe318 en las variedades naranjas. Además, analizamos los genes expresados diferencialmente (DEG) entre los individuos F2 naranjas y blancos (14-401 × 14-490) y descubrimos que cuatro genes regulados a la baja estaban implicados en la vía de biosíntesis de carotenoides, lo que puede conducir a la acumulación de prolicopeno y otros pigmentos carotenoides en las hojas interiores naranjas. Además, desarrollamos un nuevo marcador InDel en el primer intrón, que se correlaciona con los fenotipos de las hojas interiores de color naranja. En conclusión, estos hallazgos mejoran nuestra comprensión del mecanismo subyacente de la acumulación de pigmentos en las hojas interiores de la col china. Además, el SNP (C952 a T952) y el marcador InDel facilitarán la selección asistida por marcadores durante la mejora genética de la col china.
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Transcriptome Analysis of Orange Head Chinese Cabbage (Brassica rapa L. ssp. pekinensis) and Molecular Marker Development

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Imagen de apoyo de  Transcriptome-Based Modeling Reveals that Oxidative Stress Induces Modulation of the AtfA-Dependent Signaling Networks in Aspergillus nidulans

Transcriptome-Based Modeling Reveals that Oxidative Stress Induces Modulation of the AtfA-Dependent Signaling Networks in Aspergillus nidulans

Por: Hindawi | Fecha: 2017

Para comprender mejor las funciones moleculares del regulador maestro de la respuesta al estrés AtfA en Aspergillus nidulans, se realizaron análisis transcriptómicos del mutante nulo atfA y de las cepas de control apropiadas expuestas a estrés oxidativo inducido por menadiona bisulfito sódico (MSB), t-butilhidroperóxido y diamida. Varios elementos de la respuesta al estrés oxidativo se expresaron de forma diferencial. Muchos de ellos, incluida la regulación a la baja del ciclo celular mitótico, como la regulación al alza específica del estrés por MSB del ensamblaje de grupos de FeS y la regulación a la baja específica del estrés por MSB de la reducción de nitratos, el ciclo del ácido tricarboxílico y el transporte mediado por vesículas de ER a Golgi, mostraron dependencia de AtfA. Para dilucidar el posible papel regulador global de AtfA que rige la expresión de un elevado número de genes con funciones biológicas muy versátiles, ideamos un modelo basado en los exhaustivos datos transcriptómicos. Nuestro modelo sugiere que una función importante de AtfA es modular la transducción de señales de estrés. Aunque puede regular directamente sólo un número limitado de genes, éstos incluyen elementos de la red de señalización, por ejemplo, miembros de los sistemas de transducción de señales de dos componentes. AtfA actúa de manera específica frente al estrés, lo que puede aumentar aún más el número y la diversidad de genes dependientes de AtfA. Nuestro modelo arroja luz sobre la versatilidad de las funciones fisiológicas de AtfA y sus ortólogos en hongos.
Fuente: Revista Virtual Pro Formatos de contenido: Otros

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Transcriptome-Based Modeling Reveals that Oxidative Stress Induces Modulation of the AtfA-Dependent Signaling Networks in Aspergillus nidulans

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Imagen de apoyo de  Insights on Genomic and Molecular Alterations in Multiple Myeloma and Their Incorporation towards Risk-Adapted Treatment Strategy, Concise Clinical Review

Insights on Genomic and Molecular Alterations in Multiple Myeloma and Their Incorporation towards Risk-Adapted Treatment Strategy, Concise Clinical Review

Por: Hindawi | Fecha: 2017

Aunque los recientes avances en nuevos enfoques terapéuticos han cambiado el panorama del tratamiento del mieloma múltiple, éste sigue siendo una neoplasia incurable de células plasmáticas. Se sigue acumulando un conocimiento cada vez mayor del genoma y de la información genómica expresada que caracteriza el comportamiento biológico del mieloma múltiple. Sin embargo, la traducción e incorporación de los amplios conocimientos moleculares de la compleja biología tumoral para ofrecer un tratamiento personalizado y de precisión con el fin de curar el mieloma múltiple no han tenido éxito hasta la fecha. Nuestra revisión se centra en las pruebas actuales y la comprensión de la biología del mieloma con la caracterización en el contexto de las alteraciones genómicas y moleculares. También analizamos la futura aplicación clínica de los conocimientos genómicos y moleculares, y se necesita más investigación traslacional para beneficiar a nuestros pacientes con mieloma.
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Imagen de apoyo de  An Exploration of Gene-Gene Interactions and Their Effects on Hypertension

An Exploration of Gene-Gene Interactions and Their Effects on Hypertension

Por: Hindawi | Fecha: 2017

La hipertensión tiende a perpetuarse en las familias y la heredabilidad de la hipertensión se estima en torno al 20-60%. Hasta ahora, la mayor parte de esta heredabilidad no se ha encontrado mediante estudios de asociación de genoma completo de un solo locus. Por lo tanto, el presente estudio exploró las interacciones gen-gen que tienen el potencial de rellenar parcialmente la heredabilidad que falta. Se llevó a cabo un análisis de descubrimiento-confirmación en dos fases en las cohortes del Framingham Heart Study. En la primera etapa se realizó una búsqueda exhaustiva por pares en 2.320 casos de hipertensión de inicio precoz con controles normotensos emparejados de la cohorte de descendientes. A continuación, se evaluaron las interacciones gen-gen identificadas en un conjunto independiente de 694 sujetos de la cohorte original. Se hallaron cuatro interacciones gen-gen únicas relacionadas con la hipertensión. Tres genes detectados fueron reconocidos por estudios previos, y los otros 5 loci/genes (MAN1A1, LMO3, NPAP1/SNRPN, DNAL4, y RNA5SP455/KRT8P5) fueron hallazgos novedosos, que no tenían un fuerte efecto principal sobre la hipertensión y no podían ser fácilmente identificados por estudios de genoma completo de un solo locus. Además, al incluir las interacciones gen-gen identificadas, se explicó una mayor varianza en la hipertensión. En general, nuestro estudio demuestra que el análisis de las interacciones gen-gen en el genoma completo permite identificar nuevos genes de susceptibilidad, lo que puede aportar más información sobre el trasfondo genético de la regulación de la presión arterial.
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An Exploration of Gene-Gene Interactions and Their Effects on Hypertension

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Imagen de apoyo de  Genome-Wide Identification and Transcriptional Expression Analysis of Cucumber Superoxide Dismutase (SOD) Family in Response to Various Abiotic Stresses

Genome-Wide Identification and Transcriptional Expression Analysis of Cucumber Superoxide Dismutase (SOD) Family in Response to Various Abiotic Stresses

Por: Hindawi | Fecha: 2017

Las proteínas superóxido dismutasa (SOD) están ampliamente presentes en el reino vegetal y desempeñan papeles importantes en diferentes procesos biológicos. Sin embargo, se sabe poco sobre los genes SOD en pepino. En este estudio, se identificaron genes SOD nocturnos de pepino (Cucumis sativus) utilizando métodos bioinformáticos, incluyendo 5 Cu/ZnSODs, 3 FeSODs, y 1 MnSOD. La estructura génica y el análisis de motivos indicaron que la mayoría de los genes SOD tienen una disposición exón/intrón y una composición de motivos relativamente conservadas. Los análisis filogenéticos con SODs de pepino y otras especies revelaron que estas proteínas SOD se remontan a dos SODs ancestrales anteriores a la divergencia de las plantas monocotiledóneas y dicotiledóneas. En la secuencia promotora de cada gen CsSOD se encontraron muchos elementos cis relacionados con respuestas al estrés y hormonas vegetales. El análisis de expresión génica reveló que la mayoría de los genes CsSOD se expresan en casi todos los tejidos analizados. El análisis qRT-PCR de 8 genes CsSOD seleccionados mostró que estos genes podían responder al estrés por calor, frío, osmótico y salino. Nuestros resultados proporcionan una base para futuras investigaciones funcionales sobre la familia de genes SOD en pepino y facilitan sus aplicaciones potenciales en la mejora genética del pepino.
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Imagen de apoyo de  Comparative Transcriptome Analyses of Resistant and Susceptible Near-Isogenic Wheat Lines following Inoculation with Blumeria graminis f. sp. tritici

Comparative Transcriptome Analyses of Resistant and Susceptible Near-Isogenic Wheat Lines following Inoculation with Blumeria graminis f. sp. tritici

Por: Hindawi | Fecha: 2017

El oídio es una de las enfermedades más importantes del trigo. En este estudio, se utilizaron muestras de ARN foliar de NILs de trigo portadoras de alelos Pm2 resistentes y susceptibles al oídio (L031 y Chancellor) y de su híbrido F1 en dos puntos temporales (16 h y 96 h postinoculación) para el análisis de ARN-seq. Realizamos comparaciones entre materiales similares en diferentes momentos y entre materiales diferentes en los mismos momentos. Los DEGs solapados entre los fenotipos dominantes (L031 e híbrido F1) y el fenotipo recesivo (Chancellor) fueron 1028 y 2214 DEGs, que eran claramente inferiores a los existentes entre los parentales dominante y recesivo, por lo que podían proporcionar información relativamente precisa y valiosa. Los análisis de enriquecimiento GO y KEGG de los DEG revelaron que, además de los genes relacionados con la defensa esperados, también estaban implicados la regulación diferencial al alza y a la baja de genes de muchas otras redes de señalización. El análisis comparativo del transcriptoma también reveló que la fase temprana de la posinoculación es un punto temporal importante y adecuado para estudiar los perfiles de expresión y las vías de señalización de los genes relacionados con la resistencia tras la inoculación fúngica. Los análisis qRT-PCR mostraron patrones de expresión de genes muy coherentes con los datos de RNA-seq. Los resultados ayudarán a identificar los genes y las vías de señalización implicados en la respuesta al oídio en el trigo.
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Imagen de apoyo de  Effect of Gegen Qinlian Decoction on Cardiac Gene Expression in Diabetic Mice

Effect of Gegen Qinlian Decoction on Cardiac Gene Expression in Diabetic Mice

Por: Hindawi | Fecha: 2017

El objetivo de esta investigación es investigar el efecto terapéutico de la decocción de GGQL sobre la disfunción cardiaca y dilucidar los mecanismos farmacológicos. Los ratones db/db se dividieron en el grupo DB o en el grupo GGQL, y los ratones WT se utilizaron como control. Se realizó una ecocardiografía a todos los ratones. Se secuenció el ARN total de las muestras de tejido del VI y se analizaron los genes de expresión diferencial. Los resultados de RNA-seq fueron validados por los resultados de RT-qPCR de 4 genes identificados como diferencialmente expresados. También se midió el contenido de piruvato y ceramida en el tejido miocárdico. Los resultados mostraron que la decocción de GGQL podía mejorar significativamente la disfunción diastólica, aumentar el contenido de piruvato, y tenía la tendencia a reducir el contenido de ceramida. Los resultados de RNA-seq mostraron que 2958 genes se expresaron diferencialmente al comparar el grupo DB con el grupo WT. Entre ellos, en comparación con el grupo DB, 26 genes fueron regulados diferencialmente en el grupo GGQL. Los resultados de expresión de 4 genes coincidieron con los resultados de RNA-seq. Nuestro estudio revela que la decocción de GGQL tiene un efecto terapéutico sobre la disfunción diastólica del ventrículo izquierdo y el efecto puede estar relacionado con su papel en la promoción de la glucólisis miocárdica y la disminución del contenido de ceramida.
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Imagen de apoyo de  Neurodevelopmental Disorders and Environmental Toxicants, Epigenetics as an Underlying Mechanism

Neurodevelopmental Disorders and Environmental Toxicants, Epigenetics as an Underlying Mechanism

Por: Hindawi | Fecha: 2017

La creciente prevalencia de los trastornos del neurodesarrollo, especialmente los trastornos del espectro autista (TEA) y el trastorno por déficit de atención con hiperactividad (TDAH), exige más investigación para identificar los factores etiológicos y de riesgo. El Origen evolutivo de la salud y la enfermedad (DOHaD) plantea la hipótesis de que el entorno durante el desarrollo fetal e infantil afecta al riesgo de padecer muchas enfermedades crónicas en etapas posteriores de la vida, incluidos los trastornos del neurodesarrollo. Según la hipótesis del DOHaD, la epigenética, término que describe los mecanismos que provocan cambios en el estado cromosómico sin afectar a las secuencias de ADN, parece ser el mecanismo subyacente. Además, muchos trastornos del neurodesarrollo también están relacionados con anomalías epigenéticas. Estudios experimentales y epidemiológicos sugieren que la exposición a tóxicos ambientales prenatales está asociada a trastornos del neurodesarrollo. Además, también hay pruebas de que los tóxicos ambientales pueden provocar alteraciones epigenéticas, en particular la metilación del ADN. En esta revisión, nos centramos primero en la relación entre los trastornos del neurodesarrollo y los tóxicos ambientales, en particular el tabaquismo materno, las sustancias químicas derivadas del plástico (bisfenol A y ftalatos), los contaminantes orgánicos persistentes y los metales pesados. A continuación, revisamos los estudios que muestran los efectos epigenéticos de esos factores ambientales en humanos que pueden afectar al neurodesarrollo normal.
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Imagen de apoyo de  Application of Genomic In Situ Hybridization in Horticultural Science

Application of Genomic In Situ Hybridization in Horticultural Science

Por: Hindawi | Fecha: 2017

Las técnicas de citogenética molecular, como los métodos de hibridación in situ, son herramientas admirables para analizar la estructura y la función genómicas, los constituyentes cromosómicos, los patrones de recombinación, la introgresión de genes extraños, la evolución del genoma, la aneuploidía y la poliploidía, así como la visualización de la constitución del genoma y la discriminación cromosómica de diferentes genomas en alopoliploides de diversos cultivos hortícolas. El uso del avance GISH como detección multicolor es un enfoque significativo para analizar los cromosomas pequeños y numerosos en especies frutales, por ejemplo, los híbridos de Diospyros. Esta técnica analítica ha demostrado ser la forma más exacta y eficaz para la confirmación del estado híbrido y ayuda notablemente a distinguir los genomas parentales donantes en híbridos como Clivia, Rhododendron y Lycoris ornamentales. La caracterización del genoma facilita la selección de híbridos con características potencialmente deseables durante la hibridación temprana, ya que esta técnica agiliza la detección de cromosomas de secuencia introgresada. Este estudio de revisión resume las aplicaciones y los avances de las técnicas de hibridación genómica in situ (GISH) en plantas hortícolas.
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Imagen de apoyo de  The Draft Genome and Transcriptome of the Atlantic Horseshoe Crab, Limulus polyphemus

The Draft Genome and Transcriptome of the Atlantic Horseshoe Crab, Limulus polyphemus

Por: Hindawi | Fecha: 2016

El cangrejo herradura, Limulus polyphemus, exhibe ritmos circadianos y circatidiales robustos, pero se sabe poco sobre los mecanismos moleculares subyacentes a esos ritmos. En este estudio, se recogieron cangrejos herradura durante el día y la noche, así como en mareas altas y bajas, y se procesaron sus tejidos musculares y del sistema nervioso central para secuenciar el genoma y el transcriptoma, respectivamente. El ensamblaje del genoma dio como resultado 7,4 × 10 5 contigs con un N50 de 4.736, mientras que el ensamblaje del transcriptoma dio como resultado 9,3 × 10 4 contigs y un N50 de 3.497. El análisis de la integridad funcional mediante la identificación de ortólogos universales putativos sugiere que el transcriptoma tiene tres veces más ortólogos esperados que el genoma. Curiosamente, el análisis RNA-Seq no indicó cambios estadísticamente significativos en el nivel de expresión de ningún gen circadiano central o accesorio, pero se produjo un ciclado significativo de varios transcritos no circadianos. En general, estos ensamblajes proporcionan un recurso para investigar los sistemas de reloj de Limulus y proporcionan un gran conjunto de datos para una mayor exploración de la taxonomía y la biología del cangrejo herradura del Atlántico.
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The Draft Genome and Transcriptome of the Atlantic Horseshoe Crab, Limulus polyphemus

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