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Se encontraron 110737 resultados en recursos

Exclusivo BibloRed

Por: Hindawi | Fecha: 2017

Los microARN (miARN) desempeñan un papel importante en la degradación e inhibición de los ARNm y son un tipo de dianas farmacológicas esenciales para la terapia del cáncer. Para facilitar la investigación clínica del cáncer, propusimos una estrategia basada en redes para identificar los miARN relacionados con el cáncer y predecir sus genes diana a partir de los perfiles de expresión génica. La estrategia se validó utilizando conjuntos de datos de leucemia mieloide aguda (LMA), carcinoma invasivo de mama (BRCA) y carcinoma renal de células claras (KIRC). Los resultados mostraron que en los 20 principales miARN clasificados por sus grados, se encontró que el 90,0% (18/20), el 70,0% (14/20) y el 70,0% (14/20) de los miARN estaban asociados con los cánceres de AML, BRCA y KIRC, respectivamente. Las vías KEGG y los términos GO enriquecidos con los genes que se predijeron como dianas de los miARNs relacionados con el cáncer se asociaron significativamente con los procesos biológicos de los cánceres. Además, varios genes, que se predijo que estaban regulados por más de tres miRNAs, fueron identificados como potenciales dianas de fármacos mediante el uso de la base de datos del atlas de proteínas humanas. Nuestros resultados demostraron que la estrategia propuesta puede ser útil para predecir las interacciones miARN-ARNm en la tumorigénesis e identificar los miARNs relacionados con el cáncer como potenciales dianas farmacológicas.

Fuente: Revista Virtual Pro Formatos de contenido: Otros

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Por: Hindawi | Fecha: 2017

Se estudió el papel de los miRNAs en la regulación de los mecanismos moleculares de respuesta al estrés por sequía en Paulownia "yuza 1". Se construyeron y secuenciaron dos pequeñas bibliotecas de ARN y dos bibliotecas de degradoma, respectivamente, para detectar miARNs y sus genes diana asociados al estrés por sequía. En este estudio se identificaron un total de 107 miRNAs y 42 genes diana putativos. Entre ellos, 77 miRNAs se expresaron diferencialmente entre Paulownia "yuza 1" tratada por sequía y el control (60 regulados a la baja y 17 regulados al alza). Los genes diana predichos se anotaron utilizando las bases de datos GO, KEGG y Nr. De acuerdo con la clasificación funcional de los genes diana, Paulownia "yuza 1" puede responder al estrés por sequía a través de la transducción de señales de hormonas vegetales, la fotosíntesis y el ajuste osmótico. Además, los niveles de expresión de siete miRNAs (ptf-miR157b, ptf-miR159b, ptf-miR398a, ptf-miR9726a, ptf-M2153, ptf-M2218, y ptf-M24a) y sus correspondientes genes diana fueron validados mediante PCR cuantitativa en tiempo real. Los resultados proporcionan información relevante para comprender el mecanismo molecular de la resistencia de Paulownia a la sequía y datos de referencia para investigar la resistencia a la sequía de otros árboles.

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Por: Hindawi | Fecha: 2017

Se sabe que los genes bZIP (Basic leucine zipper) desempeñan un papel crucial en la respuesta a diversos procesos en las plantas, así como en situaciones de estrés abiótico o biótico. Hemos realizado una identificación y caracterización de 50 genes bZIP en el genoma de la fresa de bosque (Fragaria vesca), que se dividieron en 10 clados según la relación filogenética de las proteínas bZIP de fresa con las de Arabidopsis y arroz. Se observaron cinco categorías de patrones de intrones dentro de las regiones básicas y bisagra de los dominios bZIP. Se han encontrado algunos motivos conservados adicionales con la especificidad de grupo. Además, se predijo la especificidad de unión al ADN de las regiones básicas y bisagra, así como las propiedades de dimerización de las regiones de cremallera de leucina, lo que fue coherente con nuestro clado filogenético y se clasificó en 20 subfamilias. A través de las diferentes etapas de desarrollo de 15 órganos y dos tipos de frutos, los miembros del clado A bZIP mostraron diferentes patrones de expresión específicos de tejido y los genes duplicados fueron regulados diferencialmente, lo que indica una diversificación funcional junto con la expansión de esta familia de genes en la fresa. En condiciones normales de crecimiento, mrna11837 y mrna30280 del clado A mostraron niveles de expresión muy débiles en órganos y frutos, respectivamente; pero se observó una mayor expresión con diferentes conjuntos de genes tras los tratamientos de sequía y calor, lo que puede deberse a la vía de respuesta separada entre los tratamientos de sequía y calor.

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Por: Hindawi | Fecha: 2017

Vpr es una proteína accesoria del VIH-1 que desempeña numerosas funciones durante la replicación viral, y algunas de las cuales dependen del tipo de célula. Para probar la hipótesis de que el tropismo del VIH-1 se extiende más allá de la envoltura hasta el gen vpr, se realizaron estudios para identificar las asociaciones entre el uso de coreceptores y la variación de Vpr en pacientes infectados por el VIH-1. Se obtuvieron secuencias colineales de aminoácidos de Env-V3 y Vpr del VIH-1 de la base de datos de secuencias del VIH-1 de LANL y de pacientes bien suprimidos de la cohorte Drexel/Temple Medicine CNS AIDS Research and Eradication Study (CARES). La clasificación genotípica de las secuencias Env-V3 como X4 (CXCR4-utilizing) o R5 (CCR5-utilizing) se utilizó para agrupar secuencias Vpr colineales. Para revelar las secuencias asociadas con un genotipo específico de uso de coreceptor, se evaluaron las secuencias de aminoácidos Vpr para determinar la diversidad de aminoácidos y la divergencia Jensen-Shannon entre los dos grupos. Se utilizaron cinco alfabetos de aminoácidos para examinar exhaustivamente el impacto de las sustituciones de aminoácidos que implican cadenas laterales con propiedades fisicoquímicas similares. Las posiciones 36, 37, 41, 89 y 96 de Vpr se caracterizaron por una divergencia estadísticamente significativa a través de múltiples alfabetos cuando se compararon los grupos de secuencias X4 y R5. Además, se encontraron cambios de aminoácidos consenso en las posiciones 37 y 41 en las comparaciones de las poblaciones de secuencias R5 y X4. Estos resultados sugieren un vínculo evolutivo entre Vpr y gp120 en pacientes infectados por el VIH-1.

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Por: Hindawi | Fecha: 2017

Antecedentes. El gen del receptor de la vitamina D (VDR) regula la secreción de insulina del páncreas y actúa como mediador de la respuesta inmunitaria a través de la vitamina D. El polimorfismo en el VDR provoca alteraciones en el funcionamiento de la vitamina D, lo que conduce a la predisposición a la diabetes tipo 1 (T1D). El objetivo del presente estudio fue determinar el polimorfismo del gen VDR en asociación con la T1D en pakistaníes. Métodos. Se evaluó la asociación seleccionando los sitios polimórficos rs2228570 (Fok?), rs7975232 (Apa?) y rs731236 (Taq?) en 102 pacientes y 100 controles. Los genotipos se identificaron mediante secuenciación del ADN y PCR-RFLP. Resultados. Las frecuencias alélicas y genotípicas de Fok? y ApaI se asociaron significativamente con el desarrollo de T1D (p<0,001). En el sitio Fok?, el triptófano fue sustituido por arginina debido al polimorfismo. Se identificó un nuevo SNP (GeneBank acc number KT280406) mediante la secuenciación del intrón 8, 62 pb aguas abajo del sitio polimórfico ApaI, y se asoció significativamente con el desarrollo de T1D. El Taq? no mostró ninguna asociación con la T1D a nivel alélico o genotípico (p>0,05). Los haplotipos CCGC, CCGG, CCTC y CCTG se asociaron significativamente con el desarrollo de la enfermedad (p<0,05). Sin embargo, el haplotipo CTGG resultó protector frente a la T1D (p<0,01). Conclusiones. Los polimorfismos VDR se identificaron como regiones susceptibles para el desarrollo de T1D en la población pakistaní.

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Por: Hindawi | Fecha: 2017

En los últimos años, los ARN no codificantes (ARNnc) han sido objeto de numerosos estudios debido a las importantes funciones biológicas que desempeñan en la regulación de los mecanismos celulares. Los ARNnc están asociados a la complejidad de los eucariotas superiores; en consecuencia, su disfunción da lugar a fenotipos patológicos, incluido el cáncer. Hasta la fecha, la mayoría de los esfuerzos de investigación se han centrado principalmente en cómo los ncRNAs podrían modular la expresión de genes codificadores de proteínas en fenotipos patológicos. Sin embargo, pruebas recientes han demostrado la existencia de una interacción inesperada entre los ARNnc que influye enormemente en el desarrollo y la progresión del cáncer. Los ARNnc pueden interactuar entre sí y regularse a través de diversos mecanismos moleculares generando una red compleja que incluye diferentes especies de ARN (por ejemplo, ARNm, miARN, lncARN y circARN). Esta red oculta de interacciones competitivas ARN-ARN impregna y modula el funcionamiento fisiológico de las vías canónicas de codificación de proteínas implicadas en la proliferación, diferenciación y metástasis del cáncer. Además, el papel fundamental de los ARNnc como piedras angulares de la integridad estructural de la red los convierte en dianas muy atractivas y prometedoras para terapias innovadoras basadas en el ARN. En esta revisión analizaremos: (1) los conocimientos actuales sobre la compleja interrelación entre los ARNnc, con especial atención al cáncer; y (2) los principales problemas y críticas en relación con las dianas terapéuticas de los ARNnc.

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Por: Hindawi | Fecha: 2017

Presentamos el caso de tres pacientes no emparentados con discapacidad intelectual y CNVs que dan lugar a tres nuevos genes quiméricos. Todos los genes que forman estos transcritos de fusión pueden tener un papel importante en el desarrollo del sistema nervioso central y/o en la regulación de la expresión génica, por lo que no sólo su deleción o duplicación sino también el gen quimérico resultante pueden contribuir al fenotipo de los pacientes. Las deleciones y duplicaciones suelen ser patogénicas cuando afectan a genes sensibles a la dosis. Alternativamente, un gen quimérico también puede ser patogénico por diferentes mecanismos de ganancia de función que no están restringidos a genes sensibles a la dosis: la aparición de un nuevo polipéptido que combina dominios funcionales de dos genes diferentes, la expresión desregulada de cualquier secuencia codificante por la región promotora de un gen vecino, y/o un putativo efecto dominante-negativo debido a la preservación de dominios funcionales de proteínas parcialmente truncadas. Los oncogenes de fusión son bien conocidos, pero en otras patologías se desprecia la búsqueda de genes quiméricos. Según nuestros hallazgos, nuestra hipótesis es que la frecuencia de transcritos de fusión puede ser mucho mayor de lo que se sospecha, y debería tenerse en cuenta en los análisis array-CGH de pacientes con discapacidad intelectual.

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Por: Hindawi | Fecha: 2017

La fórmula HuoXueJieDu (HXJD) ejerce efectos protectores contra la retinopatía diabética (RD) en ratas, pero su mecanismo subyacente sigue siendo desconocido. En el presente estudio, las ratas diabéticas se establecieron utilizando estreptozocina. La administración de HXJD se inició a las 20 semanas de la inducción de la diabetes y se mantuvo durante 12 semanas. Se examinaron los perfiles de expresión de todo el genoma en las retinas de las ratas mediante tecnología de microarrays. Se realizaron análisis de expresión génica diferencial y de enriquecimiento de vías a partir de los datos de microarrays, con validación mediante PCR en tiempo real y tinción inmunohistoquímica. Los resultados mostraron que la HXJD regulaba 170 genes y varias vías canónicas del IPA relacionadas con la inflamación, el metabolismo de la matriz y la fototransducción. La validación por PCR de genes seleccionados, incluidos SOCS3, STAT3, TIMP1 y A2M, confirmó los cambios en la expresión génica influidos por la HXJD. Además, los resultados de la tinción inmunohistoquímica sugirieron que los miembros críticos de la vía SOCS3-STAT3 también se vieron afectados por la HXJD. En conjunto, estos resultados indicaron que las vías SOCS3-STAT3 y TIMP1-A2M podrían mediar en el alivio de las actividades de la HXJD en ratas con retinopatía diabética.

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Por: Hindawi | Fecha: 2017

Comprender los principios generales que subyacen a la regulación genética en eucariotas es una tarea incompleta y difícil. La falta de información experimental sobre la regulación de todo el conjunto de factores de transcripción y sus dianas en distintos tipos celulares es una de las principales razones de este carácter incompleto. Hasta el momento, existe un pequeño conjunto de interacciones curadas conocidas entre los factores de transcripción y sus genes descendentes. Aquí construimos una red de factores de transcripción para células mieloides monocíticas humanas THP-1 basada en la base de datos FANTOM4 curada experimentalmente, donde los nodos son genes y las interacciones experimentales corresponden a enlaces. Presentamos los parámetros topológicos que definen la red, así como algunas características estructurales globales, e introducimos un parámetro de influencia relativa para cuantificar la relevancia de un factor de transcripción en el contexto de la inducción de un fenotipo. Genes como ZHX2, ADNP o SMAD6 parecen estar altamente regulados para evitar un evento de transcripción en avalancha. Comparamos estos resultados con los de RegulonDB, una red transcripcional altamente curada para el organismo procariota E. coli, encontrando similitudes entre los sellos generales de ambos programas transcripcionales. Creemos que un enfoque como el que aquí se muestra podría ayudar a comprender la regulación de la transcripción en células eucariotas.

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Por: Hindawi | Fecha: 2017

Objetivo. Caracterizar los cambios en el perfil de expresión génica durante la desdiferenciación de adipocitos maduros humanos en cultivo en techo. Métodos. Se obtuvieron muestras de tejido adiposo subcutáneo (SC) y omental (OM) de 4 participantes emparejados por edad e IMC. Los adipocitos aislados se desdiferenciaron en cultivo de techo. El análisis de la expresión génica en los días 0, 4, 7 y 12 de los cultivos se realizó utilizando matrices Affymetrix Human Gene 2.0 STvi. Para identificar las funciones sobrerrepresentadas se utilizó la agrupación jerárquica según la similitud de los cambios de expresión. Resultados. Cuatro clusters reunieron genes con expresión similar entre el día 4 y el día 7, pero con expresión decreciente entre el día 7 y el día 12. La mayoría de estos genes codificaban proteínas. La mayoría de estos genes codificaban proteínas implicadas en funciones adipocitarias (LIPE, PLIN1, DGAT2, PNPLA2, ADIPOQ, CEBPA, LPL, FABP4, SCD, INSR y LEP). La expresión de varios genes que codifican proteínas implicadas en la proliferación celular y el crecimiento o el ciclo celular aumentó significativamente del día 7 al día 12 (WNT5A, KITLG y FGF5). Los genes que codifican proteínas de la matriz extracelular se expresaron de forma diferencial entre los días 0, 4, 7 y 12 (COL1A1, COL1A2 y COL6A3, MMP1 y TGFB1). Conclusiones. La desdiferenciación se asocia a una regulación a la baja de los transcritos que codifican proteínas implicadas en las funciones de los adipocitos maduros y a una regulación al alza de los genes implicados en la remodelación de la matriz, el desarrollo celular y el ciclo celular.

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