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Se encontraron 110737 resultados en recursos

Exclusivo BibloRed

Por: Hindawi | Fecha: 2017

La expresión génica está regulada por factores de transcripción, que intervienen en muchos procesos importantes del desarrollo. Las proteínas de unión al promotor SQUAMOSA (SBP) desempeñan diversas funciones reguladoras en el desarrollo de hojas, flores y frutos, la arquitectura de la planta y la esporogénesis. Se identificaron 16 genes SBP en la piña y se dividieron en cuatro grupos en base al análisis filogenético. Se identificaron cinco paralogos en la piña para los genes SBP con una relación Ka/Ks que variaba de 0,20 para AcSBP14 y AcSBP15 a 0,36 para AcSBP6 y AcSBP16, respectivamente. 16 genes SBP se localizaron en 12 cromosomas de los 25 cromosomas de la piña con estructuras de secuencias de proteínas altamente conservadas. Los puntos isoiónicos de SBP oscilaron entre 6,05 y 9,57, mientras que el peso molecular varió entre 22,7 y 121,9 kD. Los perfiles de expresión de los genes SBP revelaron que AcSBP7 y AcSBP15 (hoja), AcSBP13, AcSBP12, AcSBP8, AcSBP16, AcSBP9 y AcSBP11 (sépalo), AcSBP6, AcSBP4 y AcSBP10 (estambre), AcSBP14, AcSBP1 y AcSBP5 (fruto), mientras que el resto de genes mostraron una baja expresión en los tejidos estudiados. Cuatro genes, AcSBP11, AcSBP6, AcSBP4 y AcSBP12, se expresaron en mayor medida a 4°C, mientras que AcSBP16 se incrementó a 45°C. La RNA-Seq se validó mediante qRT-PCR para algunos genes. El estrés salino indujo la expresión de dos genes, a saber, AcSBP7 y AcSBP14, mientras que en el estrés por sequía, AcSBP12 y AcSBP15 fueron altamente expresados. Nuestro estudio sienta las bases para futuros estudios de función y expresión génica de los genes SBP en piña.

Fuente: Revista Virtual Pro Formatos de contenido: Otros

Exclusivo BibloRed

Por: Hindawi | Fecha: 2017

El presente trabajo examina la inducción de la proteína transportadora de aniones banda 3, la proteína quinasa activada por mitógenos y la lactato deshidrogenasa, respectivamente relacionadas con el transporte de osmolitos, la regulación del volumen celular y la producción de energía en las branquias de dos cepas de tilapia expuestas a agua dulce o hipersalina. En general, los genes mostraron patrones de expresión similares entre las cepas. Sin embargo, un estudio de la población silvestre en una serie de hábitats naturales y salinidades no reveló los patrones esperados. Aunque significativas, las correlaciones entre la expresión génica y la salinidad fueron ligeramente ambiguas y no mostraron ninguna relación con las diferencias fenotípicas en los rasgos del ciclo biológico de las que se había informado anteriormente entre las mismas poblaciones. La expresión diferencial tampoco se asoció con la estructura genética de la población inferida a partir de marcadores neutros. Los resultados sugieren que la expresión diferencial observada no es el resultado de fuerzas evolutivas como la deriva genética o la adaptación por selección natural. En su lugar, cabe especular que los genes respondieron a diversos estresores abióticos y bióticos, incluidos factores intrínsecos a los animales. Este estudio aporta pruebas claras de la complejidad del análisis de la expresión génica en poblaciones salvajes y demuestra que hay que prestar más atención a la hora de seleccionar candidatos como biomarcadores potenciales para monitorizar las respuestas adaptativas a una perturbación ambiental específica.

Fuente: Revista Virtual Pro Formatos de contenido: Otros

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Por: Hindawi | Fecha: 2017

Muchos cultivares de Phoenix dactylifera (palmera datilera) se cultivan en las regiones áridas y semiáridas del mundo, incluida Arabia Saudí. P. dactylifera es muy tolerante al estrés por salinidad. Para investigar la respuesta del cultivar Khalas de P. dactylifera, se trataron plantas de dos meses con cloruro sódico (50, 100 y 150 mM NaCl) durante tres meses. Nuestros resultados mostraron que el contenido de prolina era mayor en todas las plantas tratadas en comparación con las plantas de control. Las sustancias reactivas al ácido tiobarbitúrico (TBARS) aumentaron en los tratamientos con NaCl 100 y 150 mM; sin embargo, el resultado no fue significativo entre el control y las plantas tratadas con NaCl 50 mM. Del mismo modo, las actividades enzimáticas de la catalasa (CAT) y la superóxido dismutasa (SOD) fueron de 0,805 y 0,722 U/mg de proteína/min, respectivamente, y fueron mayores en los tratamientos con 100 y 150 mM de NaCl en comparación con las plantas control. El contenido total de clorofila y el peso fresco de brotes y raíces disminuyeron sustancialmente con el aumento de la salinidad. Un marcador de ADNc dirigido al codón de inicio (ADNc-SCoT) mostró una variación en el perfil de las diferentes expresiones génicas entre plantas tratadas y no tratadas bajo diversas concentraciones de NaCl.

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Por: Hindawi | Fecha: 2016

Los microARN (miARN) son una clase de pequeños ARN no codificantes evolutivamente conservados, de ~22 nt de longitud, que se encuentran en diversos organismos y desempeñan importantes funciones en la regulación de la traducción y degradación de los ARNm. Se ha demostrado que los miARN intervienen en muchos procesos biológicos clave regulando la expresión de sus dianas. Los polimorfismos genéticos en los sitios diana de los miARN pueden alterar la regulación de los miARN y, por tanto, dar lugar a alteraciones de las dianas farmacológicas. Estudios recientes han demostrado que los SNP en los sitios diana de miARN pueden afectar a la eficacia de los fármacos. Sin embargo, aún queda por descubrir un gran número de variantes genéticas específicas relacionadas con la eficacia de los fármacos. Hemos integrado a gran escala variaciones genéticas, dianas de fármacos, redes de interacción génica, vías biológicas y regiones semilla de miARN para identificar polimorfismos de miARN que afectan a la respuesta a fármacos. Además, aprovechando las abundantes redes/vías biológicas de alta calidad, evaluamos la distribución en cascada de los impactos de tarSNP. Demostramos que las predicciones pueden descubrir la mayoría de los casos conocidos con apoyo experimental, así como proporcionar candidatos informativos complementarios a los métodos/herramientas existentes. Aunque existen varias bases de datos que predicen la ganancia o pérdida de la función diana de miARN mediada por SNPs, como PolymiRTS, miRNASNP, MicroSNiPer y MirSNP, ninguna de ellas evaluó las influencias de tarSNPs en las alteraciones de la respuesta a fármacos. Hemos desarrollado una base de datos en línea fácil de usar de este enfoque llamado Mir2Drug.

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Por: Hindawi | Fecha: 2017

La influencia de las nanopartículas en el genoma se investiga en todo el mundo. La aparición de variación somaclonal es motivo de gran preocupación para cualquier sistema de micropropagación. La variación somaclonal describe las variaciones fenotípicas y genotípicas inducidas por el cultivo de tejidos. Este trabajo muestra los resultados de la variación somaclonal en dos genes de resistencia pectina metilesterasa y proteína similar a Mlo en todas las etapas de desarrollo del cultivo de tejidos, como planta donante, callos y regenerantes de Linum usitatissimum inducidos por nanopartículas de oro y plata. En este trabajo, fue esencial obtener material de ADN de todas las etapas de desarrollo del cultivo de tejidos de una planta donante para registrar los cambios en cada secuencia de nucleótidos. Se desarrollaron cebadores específicos de regiones genéticas para genes de resistencia como Mlo y Pme3 con el fin de definir la variabilidad genética en el cultivo de tejidos de L. usitatissimum. En los últimos años, se ha incrementado la utilización de nanopartículas de oro y plata en el cultivo de tejidos y los mecanismos de los cambios en el genoma inducidos por las nanopartículas siguen sin estar claros. Los datos obtenidos muestran un aumento de la variación somaclonal en los callos obtenidos de una planta donante y cultivados en un medio suplementado con nanopartículas de oro (Mlo 14,68±0,98; Pme3 2,07±0,87) o nanopartículas de plata (Mlo 12,01±0,43; Pme3 10,04±0,46) y una disminución en los regenerantes. Los parámetros morfológicos de los callos mostraron una serie de diferencias entre cada grupo de cultivo investigado.

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Por: Hindawi | Fecha: 2017

Los parásitos protistas apicomplexanos utilizan azúcares del hospedador transportados al parásito por proteínas transportadoras de azúcares como fuente de energía. Hemos realizado un análisis filogenético de todo el repertorio de transportadores de azúcares de los apicomplejos. Los análisis filogenéticos revelaron seis subfamilias principales de transportadores de azúcares de apicomplejos. Los transportadores de una subfamilia han experimentado expansiones en especies de Piroplasma y Gregarina niphandrodes, mientras que otras subfamilias son muy divergentes y contienen genes que sólo se encuentran en una o dos especies. Los análisis de las subfamilias divergentes de apicomplexanos revelaron su presencia en ciliados, lo que indica su ascendencia alveolada y su posterior pérdida en cromeridos y muchos apicomplexanos.

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Por: Hindawi | Fecha: 2017

El ratón chino de Kunming (KM) es una estirpe de ratones ampliamente utilizada en China. Sin embargo, su estructura genética sigue sin estar clara. En este estudio secuenciamos el genoma de la cepa C57BL/6J-Chr1KM (B6-Chr1KM), cuyo cromosoma 1 (Chr 1) procede de un ratón KM. Con una cobertura media de 36,6× de todo el genoma, se detectaron 0,48 millones de polimorfismos de nucleótido único (SNP) y 96.679 indels en Chr 1 por comparación con la cepa de referencia C57BL/6J. Además, 46.590 de ellos se clasificaron como nuevas mutaciones. Una anotación funcional adicional identificó 155 genes que albergaban variantes potencialmente funcionales, entre los cuales 27 genes se han asociado a enfermedades humanas. A continuación, realizamos análisis de similitud de secuencias y de concordancia bayesiana utilizando los SNP identificados en Chr 1 y sus homólogos en tres subespecies, Mus musculus domesticus, M. m. musculus y M. m. castaneus. Ambos análisis sugirieron que la secuencia Chr 1 de B6-Chr1KM derivaba predominantemente de M. m. domesticus, mientras que el 9,7% de la secuencia procedía de M. m. musculus. En conclusión, nuestro análisis proporcionó una descripción detallada de las variaciones genéticas en Chr 1 de B6-Chr1KM y una nueva perspectiva sobre el origen de la subespecie del ratón KM que puede utilizarse para guiar futuros estudios genéticos con esta cepa de ratón.

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Por: Hindawi | Fecha: 2017

Los biomarcadores de la osteoartritis (OA) que pueden diagnosticar con precisión la enfermedad en la fase más temprana apoyarían significativamente los esfuerzos para desarrollar tratamientos para la prevención y la intervención temprana. Hemos tratado de determinar el curso temporal de las alteraciones en el perfil de expresión génica de la sangre periférica asociadas al desarrollo de la OA. Se recogieron muestras de sangre de una vena de la cola de ratas individuales con OA inducida por yodoacetato monosódico (MIA) (2, 14, 21 y 28 días después del tratamiento). Se utilizaron microarrays de genoma completo para revelar alteraciones transcripcionales relacionadas con la OA en 72 transcritos. Tres grupos principales de genes coexpresados revelaron diversos perfiles dependientes del tiempo de regulación al alza y a la baja. Se indicaron vínculos funcionales que conectan la expresión de los genes gradualmente regulados a la baja con la vía de señalización G13. Los niveles de abundancia de ARNm de los transcritos identificados se analizaron más a fondo en un conjunto de datos de expresión génica de acceso público obtenidos de una cohorte de pacientes con OA del estudio GARP. Revelamos tres genes expresados diferencialmente tanto en sangre de rata como humana (TNK2, KCTD2 y WDR37). Las alteraciones en la expresión de los transcritos seleccionados en muestras de sangre periférica de los pacientes indican una heterogeneidad de los perfiles de OA potencialmente relacionada con el progreso de la enfermedad y la gravedad de los síntomas clínicos. Nuestro estudio identifica varios biomarcadores potenciales específicos de la etapa de progresión de la OA.

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Por: Hindawi | Fecha: 2016

Se examinaron la altura del árbol, el diámetro basal y la supervivencia en pruebas de procedencia de trece años establecidas por 30 fuentes de semillas de pino silvestre (Pinus sylvestris L.) en dos emplazamientos exóticos de la especie en el sur de Turquía. Se estimaron las variaciones dentro de la procedencia y entre las procedencias y las relaciones entre los rasgos para comparar la procedencia del pino silvestre y otras dos especies autóctonas. Las medias de altura y diámetro basal de los árboles fueron de 350 cm y 52,7 mm en Aydogmus y de 385 cm y 51,2 mm en Kemer, respectivamente. Hubo grandes diferencias dentro de las procedencias y entre ellas para los caracteres. Los sitios fueron similares (p>0,05) para los caracteres, mientras que hubo diferencias significativas (p?0,05) entre las procedencias dentro del sitio de acuerdo con los resultados del análisis de varianza (ANOVA). Las procedencias de pino silvestre eran más altas y tenían más grosor que las de pino negro (Pinus nigra Arnold) y cedro de Taurus (Cedrus libani A. Rich.), que eran especies naturales de la región. Se observaron correlaciones positivas y significativas (p<0,05) entre la altura y el diámetro basal de las especies. Las supervivencias medias fueron del 56y 35% de las procedencias en los sitios. Fueron del 71nd 11% en pino negro y 53% en cedro tauro para los sitios respectivamente.

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Exclusivo BibloRed

Por: Hindawi | Fecha: 2017

Los ensayos genómicos de alto rendimiento nos permiten estudiar todo el genoma humano en poco tiempo y con un coste razonable. El procesamiento de tejidos fijados en formol e incluidos en parafina (FFPE) sigue siendo el método más económico para el almacenamiento longitudinal de muestras de tejidos. Por lo tanto, la capacidad de aplicar aplicaciones genómicas de alto rendimiento a muestras FFPE puede ampliar los ensayos clínicos y los descubrimientos. Muchos estudios han medido la precisión y la repetibilidad de los datos generados a partir de muestras FFPE utilizando ensayos genómicos de alto rendimiento. En conjunto, estos estudios demuestran la viabilidad y proporcionan una orientación crucial para futuros estudios que utilicen muestras FFPE. Aquí resumimos los hallazgos de estos estudios y analizamos las limitaciones de los datos de alto rendimiento generados a partir de muestras FFPE en varias plataformas que incluyen microarrays, secuenciación de alto rendimiento y NanoString.

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