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  • Exclusivo BibloRed
Imagen de apoyo de  The Power of CRISPR-Cas9-Induced Genome Editing to Speed Up Plant Breeding

The Power of CRISPR-Cas9-Induced Genome Editing to Speed Up Plant Breeding

Por: Hindawi Publishing Corporation | Fecha: 2016

La edición del genoma con nucleasas de ingeniería que permiten modificaciones de secuencia dirigidas a un sitio tiene un gran potencial para el fitomejoramiento avanzado y la protección de cultivos. Sorprendentemente, la tecnología de endonucleasas guiadas por ARN (RGEN) basada en las repeticiones palindrómicas cortas agrupadas y regularmente interespaciadas (CRISPR) y la proteína 9 asociada a CRISPR (Cas9) es una herramienta extremadamente potente y sencilla que revoluciona tanto la investigación básica como el fitomejoramiento. Aquí repasamos los principales avances técnicos y las aplicaciones recientes del sistema CRISPR-Cas9 para la manipulación de genomas de plantas modelo y de cultivo. También se discuten las perspectivas futuras de esta tecnología en la mejora molecular de plantas.
Fuente: Revista Virtual Pro Formatos de contenido: Otros

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The Power of CRISPR-Cas9-Induced Genome Editing to Speed Up Plant Breeding

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  • Exclusivo BibloRed
Imagen de apoyo de  The Whole Genome Assembly and Comparative Genomic Research of Thellungiella parvula (Extremophile Crucifer) Mitochondrion

The Whole Genome Assembly and Comparative Genomic Research of Thellungiella parvula (Extremophile Crucifer) Mitochondrion

Por: Hindawi Publishing Corporation | Fecha: 2016

Se han determinado las secuencias nucleotídicas completas del genoma mitocondrial (mt) de una especie extremófila Thellungiella parvula (T. parvula) con una longitud de 255.773 pb. El genoma mt de T. parvula es una secuencia circular y contiene 32 genes codificadores de proteínas, 19 genes de ARNt y tres genes de ARN ribosómico con una secuencia de 11,5 oding. La composición de bases de 27,5, 27,5% T, 22,7 , y 22,3% G en orden descendente muestra un ligero sesgo de 55T. Se identificaron 53 repeticiones en el genoma mitocondrial de T. parvula, incluidas 24 repeticiones directas, 28 repeticiones en tándem (TR) y una repetición palindrómica. Además, se han extraído un total de 199 microsatélites perfectos con un alto contenido de A/T (83,1%) mediante el análisis de repeticiones de secuencias simples (SSR) y se distribuyeron de forma desigual en este genoma mitocondrial. También analizamos la evolución de otros genomas mitocondriales de plantas en general, proporcionando pistas para la comprensión de la evolución de los genomas de orgánulos en las plantas. En comparación con otras especies de Brassicaceae, T. parvula está emparentada con Arabidopsis thaliana, cuyos caracteres de resistencia a bajas temperaturas han sido bien documentados. Este estudio proporcionará importantes herramientas genéticas para la investigación de otras especies de Brassicaceae y mejorará el rendimiento de plantas de importancia económica.
Fuente: Revista Virtual Pro Formatos de contenido: Otros

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The Whole Genome Assembly and Comparative Genomic Research of Thellungiella parvula (Extremophile Crucifer) Mitochondrion

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  • Exclusivo BibloRed
Imagen de apoyo de  The Microbiome of Animals, Implications for Conservation Biology

The Microbiome of Animals, Implications for Conservation Biology

Por: Hindawi Publishing Corporation | Fecha: 2016

En los últimos años, el microbioma humano se ha convertido en un campo de investigación en auge y cada vez está más claro que el microbioma de los seres humanos desempeña un papel importante para la salud humana. En la actualidad se están llevando a cabo numerosas investigaciones para catalogar y anotar el papel funcional del microbioma humano. Los nuevos métodos de secuenciación permiten explorar y describir el microbioma de cualquier especie. Estas técnicas permiten realizar estudios exhaustivos de la composición del microbioma de organismos no modelo de los que se sabe relativamente poco. Se ha prestado cierta atención al microbioma de especies de insectos, incluidos importantes vectores de patógenos de importancia humana y veterinaria, plagas agrícolas y especies modelo. En conjunto, estos estudios sugieren que el microbioma de los insectos depende en gran medida del medio ambiente, las especies y las poblaciones, y afecta a la aptitud de las especies. Estos efectos pueden tener importantes implicaciones para la conservación y gestión de especies y poblaciones. Además, estos resultados son importantes para nuestra comprensión de la invasión de especies no autóctonas, las respuestas a los patógenos y las respuestas a los productos químicos y el cambio climático global en el presente y el futuro.
Fuente: Revista Virtual Pro Formatos de contenido: Otros

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The Microbiome of Animals, Implications for Conservation Biology

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  • Exclusivo BibloRed
Imagen de apoyo de  Genome-Wide Analysis of Genes Encoding Methionine-Rich Proteins in Arabidopsis and Soybean Suggesting Their Roles in the Adaptation of Plants to Abiotic Stress

Genome-Wide Analysis of Genes Encoding Methionine-Rich Proteins in Arabidopsis and Soybean Suggesting Their Roles in the Adaptation of Plants to Abiotic Stress

Por: Hindawi Publishing Corporation | Fecha: 2016

La oxidación y la reducción de la metionina (Met) desempeñan un papel importante en la eliminación de las especies reactivas del oxígeno (ROS) y la señalización en los organismos vivos. Para comprender el impacto de la oxidación y reducción de la Met en plantas sometidas a estrés, hemos estudiado los genomas de Arabidopsis y soja (Glycine max L.) en busca de genes que codifiquen proteínas ricas en Met (MRPs). Encontramos 121 y 213 genes que codifican MRPs en Arabidopsis y soja, respectivamente. La anotación de genes indicó que aquellos con función conocida están implicados en procesos celulares vitales como el control transcripcional, la señalización del calcio, la modificación de proteínas y el transporte de metales. A continuación, analizamos los niveles de transcripción de los genes que codifican MRP en condiciones normales y de estrés. Descubrimos que 57 AtMRPs respondían a la sequía o al estrés por alta salinidad en Arabidopsis; 35 GmMRPs respondían a la sequía en la hoja de las etapas vegetativas tardías o reproductivas tempranas de la soja. Entre los genes MRP con una función conocida, la mayoría de los genes sensibles al estrés abiótico están implicados en el control de la transcripción y la señalización del calcio. Finalmente, la planta de Arabidopsis que sobreexpresó un gen que codifica MRP, cuyas transcripciones fueron reguladas a la baja por el estrés abiótico, fue más sensible al paraquat que el control. En conjunto, nuestro informe indica que los MRP participan en varios procesos vitales de las plantas en condiciones normales y de estrés.
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Genome-Wide Analysis of Genes Encoding Methionine-Rich Proteins in Arabidopsis and Soybean Suggesting Their Roles in the Adaptation of Plants to Abiotic Stress

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  • Exclusivo BibloRed
Imagen de apoyo de  The Use of Genomics in Conservation Management of the Endangered Visayan Warty Pig (Sus cebifrons)

The Use of Genomics in Conservation Management of the Endangered Visayan Warty Pig (Sus cebifrons)

Por: Hindawi Publishing Corporation | Fecha: 2016

La lista de especies amenazadas y en peligro crece rápidamente por diversas causas antropogénicas. Muchas especies amenazadas están presentes en cautividad y se gestionan activamente en programas de cría en los que a menudo se sabe poco de los individuos fundadores. Los recientes avances en las técnicas de investigación genética han hecho posible secuenciar y estudiar genomas completos. En este estudio utilizamos el cerdo verrugoso de Visayan (Sus cebifrons), en peligro crítico de extinción, como caso de estudio para probar el uso de la información genómica como herramienta en la gestión de la conservación. Existen dos poblaciones cautivas de S. cebifrons, originarias de dos islas filipinas diferentes. Encontramos algunas pruebas de una reciente división entre las dos poblaciones isleñas; sin embargo, todos los individuos secuenciados muestran una historia demográfica similar. Las evidencias de endogamia tanto pasada como reciente indican que los fundadores estaban, al menos hasta cierto punto, emparentados. Junto a esto, el bajo nivel de diversidad nucleotídica en comparación con otras especies de Sus supone potencialmente una amenaza para la viabilidad de las poblaciones cautivas. En conclusión, las técnicas genómicas respondieron a algunas preguntas importantes sobre este mamífero en peligro crítico y pueden ser un valioso conjunto de herramientas para informar la futura gestión de la conservación también en otras especies.
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Imagen de apoyo de  Transcriptome-Based Analysis of Dof Family Transcription Factors and Their Responses to Abiotic Stress in Tea Plant (Camellia sinensis)

Transcriptome-Based Analysis of Dof Family Transcription Factors and Their Responses to Abiotic Stress in Tea Plant (Camellia sinensis)

Por: Hindawi Publishing Corporation | Fecha: 2016

La planta del té (Camellia sinensis (L.) O. Kuntze) se ve afectada por el estrés abiótico durante su crecimiento y desarrollo. Los factores de transcripción (TF) de unión al ADN con un dedo (Dof) desempeñan un papel importante en la tolerancia de las plantas al estrés abiótico. En este estudio, un total de 29 putativo Dof TFs fueron identificados sobre la base de transcriptoma de la planta de té, y los dominios conservados y motivos comunes de estos CsDof TFs fueron predichos y analizados. Las 29 proteínas CsDof se dividieron en 7 grupos (A, B1, B2, C1, C2.1, C2.2, y D2), y las redes de interacción de las proteínas Dof en C. sinensis se establecieron de acuerdo con los datos de Arabidopsis. Se analizó la expresión génica en "Yingshuang" y "Huangjinya" bajo cuatro estreses experimentales mediante qRT-PCR. Los genes CsDof se expresaron de forma diferencial y se relacionaron con las distintas condiciones de estrés abiótico. En total, nuestros resultados podrían sugerir que existe una relación potencial entre los factores CsDof y la resistencia al estrés de la planta del té.
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Imagen de apoyo de  Histological and Molecular Characterization of Grape Early Ripening Bud Mutant

Histological and Molecular Characterization of Grape Early Ripening Bud Mutant

Por: Hindawi Publishing Corporation | Fecha: 2016

Se analizó un mutante de yema de maduración temprana basándose en el análisis histológico, de SSR y de polimorfismo amplificado sensible a la metilación (MSAP) y se utilizó un enfoque de capas específicas para investigar la diferenciación entre el mutante de yema y su progenitor. Los resultados mostraron que el grosor del tejido esponjoso de la hoja del mutante (MT) es mayor que el del tipo silvestre (WT) y las diferencias son significativas. El tamaño medio de la capa celular L2 aumentó en el mutante y la diferencia es significativa. Los antecedentes genéticos del mutante de la yema revelados por el análisis SSR son altamente uniformes a los de su progenitor; en MT sólo se detectaron las variaciones del marcador SSR VVS2. La proporción de metilación total de MT es inferior a la de WT correspondiente. La proporción de metilación externa en MT es mucho menor que en WT; la proporción de metilación interna media en MT es mayor que en WT. El mutante de yema de maduración temprana presenta cierta proporción de desmetilación en la capa celular L2. Todos los resultados sugieren que la capa celular L2 de la yema mutante de maduración temprana ha cambiado con respecto a la WT. Este estudio proporcionó la base para una mejor comprensión de los rasgos característicos del mutante de yema de maduración temprana en uva.
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  • Exclusivo BibloRed
Imagen de apoyo de  De Novo Sequencing and Characterization of the Transcriptome of Dwarf Polish Wheat (Triticum polonicum L.)

De Novo Sequencing and Characterization of the Transcriptome of Dwarf Polish Wheat (Triticum polonicum L.)

Por: Hindawi Publishing Corporation | Fecha: 2016

La construcción y caracterización de un transcriptoma de trigo polaco es un paso crucial para estudiar rasgos útiles del trigo polaco. En este estudio, se ensambló un transcriptoma, incluyendo 76.014 unigenes, a partir de raíces, tallos y hojas de trigo polaco enano (DPW) utilizando el software Trinity. Entre estos unigenes, 61.748 (81,23%) fueron anotados funcionalmente en bases de datos públicas y clasificados en tipos diferencialmente funcionales. Alineando este transcriptoma con el borrador del genoma del trigo publicado por el Consorcio Internacional de Secuenciación del Genoma del Trigo (IWGSC), 57.331 (75,42%) unigenes, incluyendo 26.122 unigenes AB-específicos y 2.622 unigenes D-específicos, se mapearon en los genomas A, B, y/o D. En comparación con el transcriptoma de T. turgidum, 56.343 unigenes coincidieron con 103.327 unigenes de T. turgidum. En comparación con los genomas del arroz y la cebada, 14.404 y 7.007 unigenes coincidieron con 14.608 genes de la cebada y 7.708 genes del arroz, respectivamente. Por otra parte, 2.148, 1.611 y 2.707 unigenes se expresaron específicamente en raíces, tallos y hojas, respectivamente. Por último, se observaron 5.531 secuencias SSR a partir de 4.531 unigenes, y se diseñaron 518 pares de cebadores.
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  • Exclusivo BibloRed
Imagen de apoyo de  Effect on Soil Properties of BcWRKY1 Transgenic Maize with Enhanced Salinity Tolerance

Effect on Soil Properties of BcWRKY1 Transgenic Maize with Enhanced Salinity Tolerance

Por: Hindawi Publishing Corporation | Fecha: 2016

El maíz (Zea mays L.) es el cultivo de cereales más importante del mundo. Sin embargo, la salinidad del suelo se ha convertido en un grave problema que afecta a la productividad de las plantas debido a la degradación de los campos de cultivo. Por ello, se ha desarrollado maíz transgénico transformado con un gen de tolerancia a la salinidad para evaluar más a fondo su tolerancia a la sal y sus efectos sobre los rasgos agronómicos. Es necesario analizar el riesgo medioambiental potencial del maíz transgénico antes de seguir comercializándolo. Se evaluaron las actividades enzimáticas, las propiedades fisicoquímicas y las poblaciones microbianas en suelos de rizosfera salinos y no salinos de una línea de maíz transgénico (WL-73) que sobreexpresaba BcWRKY1 y del maíz de tipo silvestre (WT) LH1037. Las mediciones se realizaron en cuatro etapas de crecimiento (V3, V9, R1 y R6) y se repitieron en tres años consecutivos (2012-2014). No hubo cambios en los suelos de la rizosfera de las plantas WL-73 o WT en las cuatro actividades enzimáticas del suelo, siete propiedades fisicoquímicas del suelo y las poblaciones de tres organismos del suelo. Los resultados de este estudio sugirieron que el maíz transgénico tolerante a la salinidad no tuvo un impacto adverso en las propiedades del suelo en la rizosfera del suelo durante tres años consecutivos en dos lugares diferentes y proporcionó una base teórica para el monitoreo del impacto ambiental del maíz transgénico tolerante a la salinidad.
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Imagen de apoyo de  Use of Posttranscription Gene Silencing in Squash to Induce Resistance against the Egyptian Isolate of the Squash Leaf Curl Virus

Use of Posttranscription Gene Silencing in Squash to Induce Resistance against the Egyptian Isolate of the Squash Leaf Curl Virus

Por: Hindawi Publishing Corporation | Fecha: 2016

El virus del rizado de la hoja de calabaza (SqLCV) es un begomovirus bipartito que afecta a las plantas de calabaza. Se transmite por la mosca blanca Bemisia tabaci biotipo B causando severo rizado de la hoja, bandas en las venas, y la muda que termina con el retraso del crecimiento. En este estudio se ha aislado el clon genómico completo del SqLCV egipcio y se ha inducido el silenciamiento génico postranscripcional (PTGS) para desarrollar resistencia al virus. El SqLCV de Noubaria tiene más de un 95% de homología con los aislados de Jordania, Israel, Líbano, Palestina y El Cairo. Se introdujeron dos fragmentos de genes del SqLCV en sentido y antisentido utilizando el vector pFGC5049 para expresarlos como ARN en horquilla. El primer fragmento era de 348 pb del gen de la proteína asociada a la replicación (Rep). El segundo fragmento era de 879 pb y representaba la secuencia completa del gen de la proteína de movimiento (BC1). Utilizando PCR en tiempo real, se ha registrado un registro de silenciamiento del 97% para el constructo Rep/TrAP; como resultado, ha impedido la aparición de síntomas virales en la mayoría de las plantas ensayadas hasta dos meses después de la infección, mientras que el constructo que contiene el gen BC1 obtuvo una reducción en la acumulación de la expresión del genoma viral, tal y como aparece en los resultados de PCR en tiempo real, de 4,6 veces, lo que da un silenciamiento del 79%, que tuvo un efecto positivo en el desarrollo de síntomas en la mayoría de las plantas ensayadas.
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