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Se encontraron 110737 resultados en recursos

Exclusivo BibloRed

Por: Hindawi | Fecha: 2019

El género Citrobacter es un patógeno oportunista causante de infecciones en animales, y los datos publicados sobre su resistencia al florfenicol son escasos. En este estudio, investigamos la susceptibilidad a los antimicrobianos y las características moleculares de los genes de resistencia al florfenicol entre cepas de Citrobacter aisladas de muestras animales y ambientales relevantes, y realizamos un análisis comparativo de una cepa de Citrobacter freundii multirresistente aislada de un conejo. Entre las 20 cepas de Citrobacter aisladas a partir de muestras animales, la resistencia se observó con mayor frecuencia a la ampicilina (100%), la tetraciclina (75%), la estreptomicina (65%), el florfenicol (60%), el cloranfenicol (60%) y el aztreonam (50%), mientras que todas las cepas halladas en muestras ambientales eran resistentes a pocos antibióticos. El gen de resistencia al florfenicol floR se detectó en 12 aislados (48%, 12/25) de muestras animales, y todos los aislados floR-positivos eran resistentes al florfenicol con valores de concentración inhibitoria mínima (CIM) ?256 ?g/mL. La secuenciación y el análisis comparativo de los plásmidos de un aislado de C. freundii multirresistente denominado R47 mostraron que la región que contenía floR en el plásmido pR47-54 era una estructura truncada similar a un transposón y podía encontrarse tanto en plásmidos como en cromosomas de bacterias de origen animal o humano. Además, en el pR47-54 y en el otro plásmido pR47-309 de C. freundii R47 pudieron identificarse una serie de genes de resistencia a los antimicrobianos y a los metales asociados a elementos genéticos móviles. Estos resultados proporcionan una visión en profundidad de las características fenotípicas y moleculares de los aislados de Citrobacter recuperados de muestras animales y ambientales relevantes, además de poner de relieve el papel que desempeña la transferencia horizontal de genes en la diseminación de genes de resistencia codificados en plásmidos.

Fuente: Revista Virtual Pro Formatos de contenido: Otros

Exclusivo BibloRed

Por: Hindawi | Fecha: 2018

La acetilserotonina metiltransferasa (ASMT) en especies vegetales, una de las enzimas más importantes en la biosíntesis de melatonina, juega un papel limitante en la producción de melatonina. En este estudio, basado en la secuencia completa del genoma, realizamos un análisis sistemático de la familia de genes ASMT en pimiento (Capsicum annuum L.) y analizamos sus perfiles de expresión durante el crecimiento y desarrollo, así como en situaciones de estrés abiótico. Los resultados mostraron que al menos 16 genes CaASMT fueron identificados en el genoma del pimiento. Los análisis filogenéticos de todos los CaASMT se dividieron en tres grupos (grupo I, grupo II y grupo III) con un alto valor bootstrap. Mediante la herramienta en línea MEME, se identificaron seis motivos distintos (motivo 1 a motivo 6). La localización cromosómica reveló que la mayoría de los genes CaASMT se encontraban en los extremos distales de los cromosomas del pimiento. Además, el análisis RNA-seq reveló que, durante el desarrollo vegetativo y reproductivo, la diferencia en la abundancia y los distintos patrones de expresión de estos genes CaASMT sugieren diferentes funciones. El análisis qRT-PCR mostró que la alta abundancia de CaASMT03, CaASMT04 y CaASMT06 se producía en frutos verdes maduros y frutos rojos maduros. Por último, utilizando la tecnología RNA-seq y qRT-PCR, también descubrimos que varios genes CaASMT se inducían en condiciones de estrés abiótico. Los resultados no sólo contribuirán a dilucidar la relación evolutiva de los genes ASMT, sino también a determinar la función biológica en la respuesta de la planta de pimiento al estrés abiótico.

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Por: Hindawi | Fecha: 2019

El cultivo forrajero Guar (Cyamopsis tetragonoloba (L.) Taub.) tiene la capacidad de soportar el calor, la sequía y una salinidad leve. Una imagen completa de su arquitectura génica nos permitirá comprender mejor las redes de expresión génica y los diferentes mecanismos de tolerancia a nivel molecular. Por lo tanto, se realizó una aproximación a la secuencia completa de ARNm en la planta Guar para obtener una instantánea de la información de ARNm en la célula bajo estrés por salinidad, calor y sequía para integrarla con estudios transcriptómicos previos. Se empleó la tecnología RNA-Seq para realizar una secuenciación 2×100 paired-end usando una plataforma Illumina HiSeq 2500 para el transcriptoma de hojas de C. tetragonoloba bajo condiciones normales, calor, sequía y salinidad. Se utilizó Trinity para lograr un ensamblaje de novo seguido de anotación de genes, clasificación funcional, análisis de rutas metabólicas e identificación de marcadores SSR. Se generó un total de 218,2 millones de lecturas en bruto (~44 Gbp). De ellas, se utilizaron 193,5 millones de lecturas pareadas de alta calidad para reconstruir un total de 161.058 transcritos (~266 Mbp) con un N50 de 2552 pb y 61.508 genes putativos. La base de datos Swiss-Prot cubría 6463 proteínas de más de 90 longitudes de onda y la base de datos Embryophyta 94 ortólogos completos. Aproximadamente, el 62,87% de las transcripciones se identificaron por "blasted", el 50,46% por "mapping" y el 43,50nnotados. Se detectó un total de 4715 familias InterProScan, 3441 dominios, 74 repeticiones y 490 sitios. Los procesos biológicos, las funciones moleculares y los componentes celulares representaban el 64,12%, el 25,42% y el 10,4%, respectivamente. El transcriptoma se asoció con 985 enzimas y 156 vías KEGG. Se obtuvo un total de 27.066 SSR con una frecuencia media de un SSR/9,825 kb en los transcritos ensamblados. Estos datos resultantes serán útiles para el análisis avanzado de la tolerancia de Guar a múltiples estreses.

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Por: Hindawi | Fecha: 2018

La superóxido dismutasa (SOD) es una enzima esencial del sistema antioxidante de las plantas que responde al daño oxidativo causado por condiciones adversas. Sin embargo, se sabe poco sobre la familia de genes SOD en Vitis vinifera (Vv). En el presente estudio, se identificaron diez genes SOD, incluyendo 6 SODs de cobre/zinc, 2 SODs de hierro y 2 SODs de manganeso, en el genoma de la vid, donde estaban distribuidos de forma desigual en 12 cromosomas. Diez genes VvSOD se dividieron en tres grupos principales basándose en el análisis filogenético, la localización subcelular y la distribución de motivos proteicos conservados. Además, en los promotores de los 10 genes VvSOD se encontraron muchos elementos cis relacionados con diferentes estreses. El análisis sinténico reveló que VvMSD1 y VvMSD2 derivaban de una duplicación segmentaria, y VvCSD4 y VvCSD5 pertenecen a un par de genes duplicados en tándem. El análisis de expresión génica basado en datos de microarrays mostró que los 10 genes VvSOD se expresaban en todos los tejidos analizados. Curiosamente, el par de genes duplicados segmentariamente (VvMSD1 y VvMSD2) mostraba patrones de expresión diferenciales en varios órganos. Por el contrario, el par de genes duplicados en tándem (VvCSD4 y VvCSD5) mostraron patrones de expresión similares en los órganos analizados. Nuestros resultados proporcionan una base para futuras investigaciones funcionales sobre la familia de genes SOD en la vid.

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Por: Hindawi | Fecha: 2019

Se determinó la secuencia completa del genoma de la cepa DM2 de Bacillus subtilis aislada de un suelo contaminado por petróleo en la meseta tibetana. El genoma de la cepa DM2 consta de un cromosoma circular de 4.238.631 pb para 4.458 genes codificadores de proteínas y un plásmido de 84.240 pb que codifica 103 genes. En el genoma se encuentran 34 islas genómicas que codifican 330 proteínas y 5 profagos. El valor DDH muestra que la cepa DM2 pertenece a la subespecie B. subtilis subsp. subtilis, pero también hay variaciones significativas del genoma. El análisis comparativo mostró que el genoma de la cepa DM2 codifica algunas proteínas específicas de la cepa en comparación con B. subtilis subsp. subtilis str. 168, como la proteína de la familia de la carboximuconolactona descarboxilasa, las oxidorreductasas de la familia gfo/Idh/MocA, la proteína de membrana de respuesta al estrés de la familia GlsB/YeaQ/YmgE, los transportadores de la familia HlyC/CorC, la oxidorreductasa dependiente de flavina de la clase LLM y la proteína que contiene el dominio de anclaje de la pared celular LPXTG. La mayoría de las proteínas comunes específicas de las cepas DM2 y MJ01, o las proteínas exclusivas de la cepa DM2, están implicadas en las vías relacionadas con la respuesta al estrés, la señalización y la degradación de hidrocarburos. Además, el genoma de la cepa DM2 contiene 122 genes que codifican sistemas desarrollados de dos componentes y 138 genes que codifican sistemas transportadores ABC. Las características prominentes del genoma de la cepa DM2 reflejan la aptitud evolutiva de esta cepa a las duras condiciones y a la utilización de hidrocarburos.

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Por: Hindawi | Fecha: 2019

La cepa E19T descrita como Hartmannibacter diazotrophicus gen. nov. sp. nov. fue aislada de la rizosfera de Plantago winteri de una pradera salina natural en una zona de protección de la naturaleza. La cepa E19T es una rizobacteria promotora del crecimiento vegetal capaz de colonizar la rizosfera de la cebada y de promover su crecimiento sólo en condiciones de estrés salino. Para conocer las bases genéticas de la promoción del crecimiento vegetal y su estilo de vida en la rizosfera bajo condiciones salinas, determinamos la secuencia completa del genoma utilizando dos plataformas de secuenciación complementarias (Ilumina MiSeq y PacBio RSII). El genoma E19T comprende un cromosoma circular y un plásmido que contiene varios genes implicados en la adaptación a la sal y genes relacionados con rasgos promotores del crecimiento de la planta bajo estrés salino. A partir de experimentos previos, se identificó la actividad ACC deaminasa como uno de los principales mecanismos de E19T para promover el crecimiento de las plantas bajo estrés salino. Curiosamente, no se ha descrito la presencia de ningún gen que codifique la actividad ACC deaminasa. En general, el genoma E19T proporciona información para confirmar, descubrir y comprender mejor muchos de sus rasgos previamente evaluados implicados en la promoción del crecimiento de las plantas bajo estrés salino. Además, la secuencia completa del genoma de E19T ayuda a definir su afiliación filogenética basada en el gen 16S rRNA, de la que no se había informado previamente. Hartmannibacter forma un subgrupo distinto con los géneros Methylobrevis, Pleomorphomonas, Oharaeibacter, y Mongoliimonas subagrupados con géneros pertenecientes a Rhizobiales.

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Por: Hindawi | Fecha: 2019

Kloeckera apiculata desempeña un papel importante en la inhibición de las enfermedades del moho azul y verde en la poscosecha de los cítricos. Este estudio se basó en la secuenciación previa del genoma de la cepa 34-9 de K. apiculata. Tras la comparación homóloga, el andamiaje 27 se definió como la secuencia mitocondrial (mt) de K. apiculata 34-9. La comparación mostró un alto nivel de secuenciación de la mt. La comparación mostró un alto nivel de identidad de secuencia entre el andamio 27 y el ADNmt conocido de Hanseniaspora uvarum. La secuencia del genoma de H. vineae T02/19AF mostró varios fragmentos cortos y discontinuos homólogos al ADNmt de H. uvarum. Los genes compartidos y específicos de K. apiculata, H. uvarum y H. vineae se analizaron por familias utilizando la metodología TreeFam. Se utilizó el análisis GO para clasificar los genes compartidos y específicos. La mayoría de las familias de genes se clasificaron en las categorías funcionales de componente celular y procesos metabólicos. El filograma del genoma completo y el análisis de la sintenia genómica mostraron que K. apiculata estaba más estrechamente relacionada con H. uvarum que con H. vineae. Las comparaciones genómicas mostraron claramente las localizaciones de las regiones homólogas en cada genoma. Este análisis podría contribuir a descubrir las similitudes y diferencias genómicas dentro del género Hanseniaspora. Además, algunas regiones no coincidían de forma colineal en el genoma de K. apiculata en comparación con el de H. uvarum o H. vineae, y estas secuencias podrían ser el resultado de variaciones evolutivas.

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Por: Hindawi | Fecha: 2019

La berenjena (Solanum melongena L.) es un cultivo frutal de la familia de las solanáceas de gran importancia económica y nutricional, que fue domesticado en la India y el sur de China. Sin embargo, las regiones del genoma sometidas a barridos selectivos en la berenjena siguen siendo desconocidas. En el presente estudio, realizamos un análisis comparativo del transcriptoma de especies de berenjena cultivadas y silvestres con énfasis en el patrón de selección durante la domesticación. En total, se generaron de 44.073 (S. sisymbriifolium) a 58.677 (S. melongena cultivar S58) unigenes para las seis accesiones de berenjena con longitudes totales de 36,6-46 Mb. Los genes ortólogos se evaluaron utilizando la proporción de sustituciones de nucleótidos no sinónimas (Ka) y sinónimas (Ks) para caracterizar los patrones selectivos durante la domesticación de la berenjena. Se identificaron 19 genes bajo selección positiva a lo largo de la filogenia que se clasificaron en cuatro grupos. El gen (OG12205) bajo selección positiva estaba posiblemente asociado con rasgos relacionados con la fruta en la berenjena, lo que puede haber resultado de la manipulación humana. Ocho genes seleccionados positivamente estaban potencialmente implicados en la tolerancia al estrés o la resistencia a enfermedades, lo que sugiere que los cambios ambientales y el estrés biótico fueron importantes presiones selectivas en la domesticación de la berenjena. En conjunto, nuestros resultados arrojan luz sobre los efectos de la selección artificial y natural en los transcriptomas de la berenjena y sus parientes silvestres. La identificación de los genes seleccionados facilitará la comprensión de la arquitectura genética de los rasgos relacionados con la domesticación y proporcionará recursos para la mejora genética resistente en berenjena.

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Por: Hindawi | Fecha: 2018

Scylla paramamosain es una especie de importancia comercial distribuida a lo largo de la costa del sur de China y otros países del Indo-Pacífico. Un descenso repentino de la salinidad que supere la capacidad de adaptación de S. paramamosain puede provocar daños o incluso la muerte. En nuestro estudio anterior, habíamos analizado el mecanismo de adaptación a la caída repentina de la salinidad desde el nivel de la transcriptómica y la proteómica, respectivamente. Este estudio realizó un análisis de correlación de la transcriptómica de secuenciación de ARN y la proteómica iTRAQ para investigar los mecanismos de adaptación a la caída repentina de la salinidad del 23? al 3?. Hubo 3954 correlaciones y un total de 15 correlaciones para proteínas expresadas diferencialmente (DEPs) y genes expresados diferencialmente (DEGs) de proteómica y transcriptómica. La correlación entre DEPs y DEGs fue 0, y el coeficiente de correlación de Spearman de la correlación de la misma tendencia para DEPs y DEGs fue el más alto, alcanzando 0,9080. La correlación de enriquecimiento de vías KEGG reveló que la digestión y absorción de proteínas (Ko04974), el bicarbonato del túbulo proximal (Ko04964) y la secreción biliar (Ko04976) desempeñaban papeles importantes en el intercambio Na /H y Na /K. Además, genes importantes relacionados con la osmorregulación, como el transporte de iones y la anhidrasa carbónica, también se detectaron en el análisis de correlación para la misma tendencia DEPs_DEGs. En conclusión, los resultados de la correlación proteoma y transcriptoma de este estudio indican que el transporte de iones juega un papel crítico en la adaptación de S. paramamosain a la reducción repentina de la salinidad.

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Por: Hindawi | Fecha: 2019

El objetivo de este trabajo era estudiar los cambios en el nivel de ADN libre de células (cfADN) en la sangre de ratas jóvenes y viejas en estado normal y con hiperplasia prostática benigna (HPB) inducida. Las ratas Wistar macho se dividieron en 4 grupos: jóvenes (3 meses), viejas (20 meses), intactas o con HPB inducida por testosterona. Los grupos con HBP fueron sometidos a castración quirúrgica y administración de ésteres de testosterona en dosis de 25 mg/kg por un total de 7 inyecciones durante 20 días. En los animales intactos, el nivel de cfADN en las ratas viejas (2,00±0,14 ng/?l) fue significativamente superior al de las jóvenes (1,02±0,30 ng/?l). El peso corporal y prostático de las ratas viejas era 1,6 y 1,4 veces mayor que el de las jóvenes, sin que aumentara el índice prostático (IP). El nivel de testosterona en la sangre de las ratas jóvenes era 1,6 veces superior al de las viejas (6,20±0,93 nmol/l frente a 3,77±0,55 nmol/l; NS). En los animales con HBP, el nivel de cfADN en las ratas viejas (3,14±0,76 ng/?l) fue significativamente superior al de las ratas jóvenes (0,80±0,14 ng/?l). El peso del cuerpo y de la próstata de las ratas viejas era 1,8 y 2,3 veces mayor que el de las ratas jóvenes, con un aumento del IP. El nivel de testosterona en la sangre de las ratas jóvenes (15,76±0,51 nmol/l) y viejas (16,99±1,1 nmol/l) no fue significativamente diferente. Se observaron signos morfológicos de HPB en la próstata de las ratas jóvenes y viejas. Durante la inducción de la HBP en el experimento, según el nivel de cfADN, los procesos de muerte celular no han cambiado significativamente en las ratas jóvenes, pero han aumentado significativamente en las ratas viejas. Se observó una tendencia similar en el grupo de animales intactos. Los datos obtenidos indican que los procesos de apoptosis aumentan durante el desarrollo de la HBP a pesar del crecimiento de los tejidos en la propia próstata.

Fuente: Revista Virtual Pro Formatos de contenido: Otros