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Imagen de apoyo de  New Strategy for a Suitable Fast Stabilization of the Biomethanization Performance

New Strategy for a Suitable Fast Stabilization of the Biomethanization Performance

Por: Hindawi Publishing Corporation | Fecha: 2012

Las estrategias de puesta en marcha de los reactores anaerobios termofílicos suelen consistir en una etapa inicial mesofílica (35°C), con una duración aproximada de 185 días, y una etapa posterior termofílica (55°C), que normalmente requiere unos 60 días para lograr la estabilización del sistema. Durante los primeros 8-10 días de la etapa mesófila, el reactor no se alimenta para que el inóculo, que generalmente es un lodo anaerobio mesófilo, se adapte a los residuos sólidos orgánicos. Entre las condiciones mesófilas y termófilas el reactor sigue sin ser alimentado para evitar posibles desequilibrios en el proceso. Como consecuencia, la puesta en marcha y la estabilización del rendimiento de la biometanización descrita en la literatura requieren, como mínimo, unos 245 días. En este sentido, en este estudio se presenta una nueva estrategia para las fases de arranque y estabilización. Este enfoque permite una importante reducción del tiempo total necesario para estas etapas en un reactor anaerobio de tanque agitado continuo (CSTR) operado en condiciones termofílicas-secas para el tratamiento de la fracción orgánica de los residuos sólidos urbanos (OFMSW): 60 días frente a los 245 días de las estrategias convencionales. La nueva estrategia utiliza la tecnología SEBAC modificada para adaptar un inóculo a los OFMSW y a las condiciones operativas antes de sembrar el CSTR.
Fuente: Revista Virtual Pro Formatos de contenido: Otros

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New Strategy for a Suitable Fast Stabilization of the Biomethanization Performance

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  • Exclusivo BibloRed
Imagen de apoyo de  Lipids of Archaeal Viruses

Lipids of Archaeal Viruses

Por: Hindawi Publishing Corporation | Fecha: 2012

Los virus arcaicos representan uno de los territorios menos conocidos del universo viral y se sabe aún menos sobre sus lípidos. Sin embargo, según los conocimientos actuales, parece que, al igual que en otros virus, los lípidos víricos de las arqueas se incorporan en su mayor parte a membranas que residen, bien como envolturas externas, bien como membranas dentro de una cápside icosaédrica. Los mecanismos de adquisición de la membrana parecen ser similares a los de los virus que infectan a otros organismos huéspedes. Hay indicios de que también algunas proteínas de los virus arqueas están modificadas por lípidos. Los estudios posteriores sobre la caracterización de los lípidos en los virus arqueos, así como sobre su papel en el ensamblaje del virión y la infectividad, requieren no sólo material viral altamente purificado, sino también, por ejemplo, una evaluación constante de la adaptabilidad de las tecnologías emergentes para su análisis. Las membranas biológicas contienen proteínas y las membranas de los virus arqueos no son una excepción. Los virus arcaicos, como sistemas relativamente sencillos, pueden utilizarse como excelentes herramientas para estudiar las interacciones entre proteínas y lípidos en las membranas de las arqueas.
Fuente: Revista Virtual Pro Formatos de contenido: Otros

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  • Exclusivo BibloRed
Imagen de apoyo de  Acetate Activation in Methanosaeta thermophila, Characterization of the Key Enzymes Pyrophosphatase and Acetyl-CoA Synthetase

Acetate Activation in Methanosaeta thermophila, Characterization of the Key Enzymes Pyrophosphatase and Acetyl-CoA Synthetase

Por: Hindawi Publishing Corporation | Fecha: 2012

El metanógeno termófilo Methanosaeta thermophila utiliza el acetato como único sustrato para la metanogénesis. Se propuso que la reacción de activación del acetato necesaria para alimentar la vía metanogénica requiere la hidrólisis de dos ATP, mientras que se sabe que la reacción de activación del acetato en Methanosarcina sp. requiere sólo un ATP. Dado que estos organismos viven en el límite termodinámico que sustenta la vida, la reacción de activación del acetato en Mt. thermophila parece demasiado costosa, por lo que se reevaluó. Se descubrió que, de las enzimas putativas de activación del acetato, un gen que codifica una acetil-CoA sintetasa formadora de AMP estaba altamente expresado. La enzima correspondiente fue purificada y caracterizada en detalle. Catalizaba la formación dependiente de ATP de acetil-CoA, AMP y pirofosfato (PPi) y sólo era moderadamente inhibida por el PPi. La descomposición del PPi fue realizada por una pirofosfatasa soluble. Esta enzima también fue purificada y caracterizada. La pirofosfatasa hidrolizó la mayor parte de la PPi (KM=0,27±0,05 mM) que se produjo en la reacción de activación del acetato. La actividad no fue inhibida por nucleótidos o PPi. Sin embargo, no se puede excluir que otras enzimas dependientes del PPi aprovechen el PPi restante y contribuyan al equilibrio energético de la célula.
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Acetate Activation in Methanosaeta thermophila, Characterization of the Key Enzymes Pyrophosphatase and Acetyl-CoA Synthetase

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  • Exclusivo BibloRed
Imagen de apoyo de  Effect of Growth Medium pH of Aeropyrum pernix on Structural Properties and Fluidity of Archaeosomes

Effect of Growth Medium pH of Aeropyrum pernix on Structural Properties and Fluidity of Archaeosomes

Por: Hindawi Publishing Corporation | Fecha: 2012

Se investigó la influencia del pH (6,0; 7,0; 8,0) del medio de crecimiento de Aeropyrum pernix K1 en la organización estructural y la fluidez de los arqueosomas preparados a partir de una fracción de metanol de lípidos polares (PLMF), utilizando la anisotropía de fluorescencia y la espectroscopia de resonancia paramagnética electrónica (EPR). La anisotropía de fluorescencia del fluoroforo lipofílico 1,6-difenil-1,3,5-hexatrieno y el tiempo de correlación empírica de la sonda de espín metiléster de 5-doxilpalmitato revelaron cambios graduales con el aumento de la temperatura para el pH. Se ha observado un efecto similar utilizando el trimetilamonio-6-difenil-1,3,5-hexatrieno, aunque los cambios de temperatura fueron mucho menores. Como la anisotropía de fluorescencia en estado estacionario y el tiempo de correlación empírica obtenidos directamente a partir de los espectros EPR por sí solos no proporcionaban información estructural detallada, los espectros EPR se analizaron mediante simulación por ordenador. Este análisis mostró que las membranas de los arqueosomas son heterogéneas y están compuestas por varias regiones con diferentes modos de movimiento de la sonda de espín a temperaturas inferiores a 70°C. A temperaturas más altas, estas membranas se vuelven más homogéneas y pueden ser descritas por un solo componente espectral. Ambos métodos indican que el pH del medio de crecimiento de A. pernix no influye significativamente en la fluidez media de su membrana. Estos resultados están en consonancia con el análisis por TLC de los lípidos aislados, que no muestran diferencias significativas entre los PLMF aislados de A. pernix cultivados en medios con diferentes pH.
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Imagen de apoyo de  tRNA-Derived Fragments Target the Ribosome and Function as Regulatory Non-Coding RNA in Haloferax volcanii

tRNA-Derived Fragments Target the Ribosome and Function as Regulatory Non-Coding RNA in Haloferax volcanii

Por: Hindawi Publishing Corporation | Fecha: 2012

Recientemente se ha reconocido que las moléculas de ARN no codificante de proteínas (ARNn) contribuyen de manera importante a las redes de regulación para controlar la expresión de los genes de manera muy eficiente. Estos ARN se originan a partir de sus unidades de transcripción individuales o son productos de procesamiento de ARN precursores más largos. Por ejemplo, los fragmentos derivados del ARNt (tRFs) han sido identificados en todos los dominios de la vida y representan una clase de candidatos a ARNnc cada vez mayor, aunque poco conocida funcionalmente. Aquí presentamos pruebas de que los tRFs de la arquea halófila Haloferax volcanii se unen directamente a los ribosomas. En el cribado genómico presentado del RNome asociado a los ribosomas, un fragmento de 26 residuos de longitud que se origina en la parte 5? del tRNA de la valina fue, con mucho, el tRF más abundante. El tRF de valina se procesa de forma dependiente del estrés y se descubrió que se dirige principalmente a la subunidad ribosomal pequeña in vitro e in vivo. Como consecuencia de la unión al ribosoma, el Val-tRF reduce la síntesis de proteínas al interferir con la actividad de la peptidil transferasa. Por lo tanto, este tRF funciona como un pequeño ARNnc unido al ribosoma capaz de regular la expresión génica en H. volcanii en condiciones de estrés ambiental, probablemente ajustando la tasa de producción de proteínas.
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Imagen de apoyo de  On Physical Properties of Tetraether Lipid Membranes, Effects of Cyclopentane Rings

On Physical Properties of Tetraether Lipid Membranes, Effects of Cyclopentane Rings

Por: Hindawi Publishing Corporation | Fecha: 2012

En este artículo se revisan los recientes descubrimientos relacionados con las propiedades físicas de las membranas lipídicas de tetraéter, prestando especial atención a los efectos del número, la posición y la configuración de los anillos de ciclopentano en las propiedades de las membranas. Se discuten los hallazgos obtenidos a partir de liposomas y monocapas, compuestos por lípidos tetraéteres arqueados naturales y tetraéteres sintéticos, así como los resultados de las simulaciones por ordenador. Parece que el número, la posición y la estereoquímica de los anillos de ciclopentano en las cadenas de dibiftanilo de los lípidos tetraéter tienen una influencia significativa en la estanqueidad del empaquetamiento, la conformación de los lípidos, el grosor y la organización de la membrana y la hidratación/orientación del grupo de cabeza.
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On Physical Properties of Tetraether Lipid Membranes, Effects of Cyclopentane Rings

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Imagen de apoyo de  More Than 200 Genes Required for Methane Formation from H2 and CO2 and Energy Conservation Are Present in Methanothermobacter marburgensis and Methanothermobacter thermautotrophicus

More Than 200 Genes Required for Methane Formation from H2 and CO2 and Energy Conservation Are Present in Methanothermobacter marburgensis and Methanothermobacter thermautotrophicus

Por: Hindawi Publishing Corporation | Fecha: 2011

Los metanógenos hidrogenotróficos Methanothermobacter marburgensis y Methanothermobacter thermautotrophicus pueden cultivarse fácilmente en masa. Por ello, se han utilizado casi exclusivamente para estudiar la bioquímica de la metanogénesis a partir de H2 y CO2, y se han secuenciado los genomas de estos dos organismos modelo. La estrecha relación de ambos organismos se refleja en su arquitectura genómica y su potencial de codificación. Dentro de las 1.607 secuencias de codificación de proteínas (CDS) en común, identificamos aproximadamente 200 CDS necesarias para la síntesis de las enzimas, coenzimas y grupos prostéticos implicados en la reducción del CO2 a metano y en el acoplamiento de este proceso con la fosforilación del ADP. Quedan por identificar unos 20 genes adicionales, como los de la biosíntesis de F430 y metanofurano y los de las modificaciones postraduccionales de las dos metilcoenzimas reductasas de M.
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Imagen de apoyo de  Assembly of the Complex between Archaeal RNase P Proteins RPP30 and Pop5

Assembly of the Complex between Archaeal RNase P Proteins RPP30 and Pop5

Por: Hindawi Publishing Corporation | Fecha: 2011

La RNasa P es una enzima ribonucleoproteica altamente conservada que representa un complejo modelo para entender las interacciones macromoleculares ARN-proteína. La RNasa P arcaica está formada por un ARN y hasta cinco proteínas (Pop5, RPP30, RPP21, RPP29 y RPP38/L7Ae). Cuatro de estas proteínas funcionan por parejas (Pop5-RPP30 y RPP21-RP29). Hemos utilizado la espectroscopia de resonancia magnética nuclear (RMN) y la calorimetría de titulación isotérmica (ITC) para caracterizar la interacción entre Pop5 y RPP30 de la arquea hipertermofílica Pyrococcus furiosus (Pfu). Las asignaciones de resonancia de la columna vertebral de la RPP30 libre (25 kDa) indican que la proteína está bien estructurada en solución, con una estructura secundaria que coincide con la observada en una estructura cristalina estrechamente relacionada. Las perturbaciones del desplazamiento químico tras la adición de Pop5 (14 kDa) revelan su superficie de unión a la RPP30. Los experimentos de ITC confirman una estequiometría neta de 1 :1 para esta estrecha interacción proteína-proteína y muestran isotermas complejas, indicativas de una unión de orden superior. De hecho, los datos de dispersión de luz y cromatografía de exclusión por tamaño revelan que el complejo existe como un heterotetrámero de 78 kDa con dos copias de Pop5 y RPP30. Estos resultados servirán de base para futuros esfuerzos por dilucidar el papel funcional del complejo Pop5-RPP30 en el ensamblaje y la catálisis de la RNasa P.
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Imagen de apoyo de  Sulfolobus Mutants, Generated via PCR Products, Which Lack Putative Enzymes of UV Photoproduct Repair

Sulfolobus Mutants, Generated via PCR Products, Which Lack Putative Enzymes of UV Photoproduct Repair

Por: Hindawi Publishing Corporation | Fecha: 2011

Para determinar la relevancia biológica de dos proteínas de S. acidocaldarius en la reparación de fotoproductos UV, se interrumpieron los genes correspondientes (Saci_1227 y Saci_1096) y se examinaron los fenotipos de los mutantes resultantes mediante diversos ensayos genéticos. La disrupción utilizó la integración por recombinación homóloga de un gen pyrE funcional pero heterólogo, promovida por secuencias cortas unidas a ambos extremos mediante PCR. Los análisis fenotípicos de los disruptores confirmaron que el ORF Saci_1227 codifica una fotoliasa de ADN que funciona in vivo, pero no pudieron implicar al ORF Saci_1096 en la reparación de daños en el ADN inducidos por la radiación UV u otros factores externos, a pesar de su similitud con los genes que codifican endonucleasas de daños por la radiación UV. El éxito de la estrategia de interrupción del gen, que utilizó extensiones 5? de los cebadores de PCR para dirigir la integración del casete, sugiere ventajas potenciales para la construcción rutinaria de cepas de Sulfolobus.
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Imagen de apoyo de  Characterization of Plasmid pPO1 from the Hyperacidophile Picrophilus oshimae

Characterization of Plasmid pPO1 from the Hyperacidophile Picrophilus oshimae

Por: Hindawi Publishing Corporation | Fecha: 2011

Picrophilus oshimae y Picrophilus torridus son organismos de vida libre, moderadamente termófilos y acidófilos del linaje de Euryarchaeota. Con un óptimo de crecimiento a pH 0,7 y la capacidad de soportar incluso concentraciones molares de ácido sulfúrico, estos organismos representan los acidófilos más extremos conocidos. Hasta ahora, no se sabe nada sobre la biología de los plásmidos en estos hiperacidófilos. Además, no hay herramientas genéticas disponibles para este género. Hemos movilizado el plásmido de 7,6 Kbp de P. oshimae en E. coli mediante la introducción de transposones que contienen origen y hemos descrito el plásmido en términos de su secuencia de nucleótidos, número de copias en el huésped nativo, modo de replicación y sitios de inicio transcripcional de los ORF codificados. El plásmido pPO1 puede codificar un sistema de restricción/modificación además de sus funciones de replicación. La información obtenida del plásmido pPO1 puede resultar útil para desarrollar un sistema de clonación para este grupo de acidófilos extremos.
Fuente: Revista Virtual Pro Formatos de contenido: Otros

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