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Imagen de apoyo de  Statistical Methods for Campylobacter Outbreak Detection using Genomics and Epidemiological Data

Statistical Methods for Campylobacter Outbreak Detection using Genomics and Epidemiological Data

Por: Laura Marcela Guzmán Rincón | Fecha: 2021

Abstract: Campylobacter infections are the main bacterial cause of gastroenteritis in the UK, causing an estimated 500 thousand cases per year. Health authorities investigate outbreaks to identify the source, control the spread and understand the cause. Outbreak detection mechanisms are potentially improved by the increasing availability of whole-genome sequence alongside other epidemiological data. However, techniques mixing genomics and other epidemiological factors are still underdeveloped. This project aims to develop and apply outbreak detection methods using surveillance data collected from two regions in the UK. The approaches proposed in this thesis are based on an existing spatialtemporal Bayesian hierarchical model, where cases are labelled as potential outbreaks if they comprise an elevated number of cases compared to the expected sporadic count. The model is adjusted to include genetic data using Gaussian random fields, exploiting the capacity of whole-genome sequencing to discriminate closely related isolates. Moreover, a Markov Chain Monte Carlo algorithm is implemented to obtain the posterior distribution of the model parameters. In particular, a sampling strategy is proposed to improve the convergence of the chain for the parameters describing the Gaussian random field. The project dataset is analysed using a spatial-temporal, a spatial-genetic and a temporalgenetic version of the model, where each version explores different types of outbreaks. The proposed approach demonstrates how to organise genetic sequences into a highdimensional structure and incorporate them into a Bayesian framework. Also, the MCMC sampling algorithm improves the mixing of the chain to estimate the posterior distribution of the model parameters. Finally, all model versions provide the probability that each reported infection is part of a potential outbreak. Comparing the potential outbreaks found by each model provides insights to estimate the real outbreaks. It also identifies cases that are potentially part of a diffuse real outbreak hard to detect by existing approaches. Despite the capability of the model, it requires predefined outbreak sizes and therefore is not flexible at capturing many shapes. Autocorrelated models are a potential improvement to be explored. Resumen: Las infecciones por Campylobacter son la principal causa bacteriana de gastroenteritis en el Reino Unido, provocando un estimado de 500 mil casos por año. Las autoridades sanitarias investigan los brotes para identificar la fuente, controlar la propagación y comprender la causa. Los mecanismos de detección de brotes se mejoran potencialmente con la creciente disponibilidad de datos del genoma completo de las bacterias junto con otros datos epidemiológicos. Sin embargo, las técnicas que combinan genética y otros factores epidemiológicos aún están poco desarrolladas. Este proyecto tiene como objetivo desarrollar y aplicar métodos de detección de brotes utilizando datos de vigilancia recopilados en dos regiones del Reino Unido. Los enfoques propuestos en esta tesis se basan en un modelo jerárquico bayesiano espacio-temporal existente, donde los casos se etiquetan como brotes potenciales si presentan un número elevado de casos mayor al recuento esporádico esperado. El modelo se ajusta para incluir datos genéticos utilizando campos aleatorios Gaussianos, aprovechando la capacidad del genoma completo para discriminar casos estrechamente relacionados. Además, se implementa usando algoritmos de Markov Chain Monte Carlo para obtener la distribución posterior de los parámetros del modelo. En particular, se propone una estrategia de muestreo para mejorar la convergencia de la cadena de Markov para los parámetros del campo Gaussiano. El conjunto de datos del proyecto se analiza utilizando una versión espacial temporal, una espacial-genética y una temporal-genética del modelo, donde cada versión explora diferentes tipos de brotes. El enfoque propuesto demuestra cómo organizar secuencias genéticas en una estructura de múltiples dimensiones e incorporarlas en un marco bayesiano. Además, el algoritmo de muestreo MCMC mejora la mezcla de la cadena para estimar la distribución posterior de los parámetros del modelo. Por último, todas las versiones del modelo estiman la probabilidad de que cada infección sea parte de un posible brote. La comparación entre los posibles brotes encontrados por cada modelo proporciona información para estimar cuáles son los brotes reales. También identifica casos que son potencialmente parte de un brote real difícil de detectar por los enfoques existentes. A pesar de las múltiples ventajas del modelo, este requiere tamaños de brotes predefinidos y, por lo tanto, no es flexible para capturar brotes de formas irregulares. Los modelos autocorrelacionados proveen una mejora potencial para el modelo que debe explorarse.
Fuente: Biblioteca Virtual Banco de la República Formatos de contenido: Tesis
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Statistical Methods for Campylobacter Outbreak Detection using Genomics and Epidemiological Data

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Imagen de apoyo de  Análisis crítico de la figura del precio equitativo de las ofertas públicas de adquisición de valores

Análisis crítico de la figura del precio equitativo de las ofertas públicas de adquisición de valores

Por: María Alejandra Hernández Muñoz | Fecha: 2021

Resumen: A lo largo de los años, las ofertas públicas de adquisición de valores (u OPAs) han sido reconocidas como un método para la obtención del control de una sociedad. Consecuencia de su uso y sus efectos, tanto a nivel societario, como en el mercado de valores, los Estados han advertido la importancia de implementar una regulación adecuada de esta figura, que garantice la igualdad de trato y la protección de los accionistas, en particular los que posean una participación minoritaria.1 Dentro de los diferentes puntos a tener en cuenta para garantizar dicha protección, la determinación del precio de los valores o acciones en las ofertas, ha sido una de las cuestiones que ha obtenido mayor trascendencia, ya que dependiendo de la fórmula que se utilice se garantizará en mayor o menor medida: la igualdad de trato y la protección de los accionistas minoritarios. No obstante, una regulación muy rigurosa y proteccionista puede ser contraproducente, ya que al encarecer estas transacciones se puede desincentivar los cambios de control, que en muchos casos pueden ser beneficiosas para las sociedades, los accionistas y, en general, para el mercado. Teniendo en cuenta lo anterior, uno de los temas que genera más controversia dentro del estudio, práctica, y regulación de las OPAs, es la determinación del precio de la oferta, denominado precio equitativo en las ofertas obligatorias por toma de control. En efecto, en el marco de la Unión Europea, la regulación y definición del precio equitativo ha sido uno de los puntos más controvertidos a la hora de regular las OPAs, siendo una de las razones por las cuales, solo después de más de quince años de esfuerzos, se logró proferir una normativa europea que las regulara (la Directiva 2004/25/CE). De igual forma, en la práctica, resulta ser uno de los puntos centrales y que causan mayor discusión dentro de los procedimientos de las OPAs. En España, la regulación del precio de las OPAs por toma de control se incorporó por medio de la figura del precio equitativo. Lo anterior, como consecuencia de la trasposición de la Directiva 2004/25/CE en el Real Decreto 1066/2007, y con la modificación del artículo 60 de la Ley del Mercado de Valores; cambiando el modelo existente de OPA a priori, y adoptando un modelo de OPA a posteriori. Este cambio resulta ser trascendental, teniendo como consecuencia directa la incorporación y regulación del precio equitativo en España, en donde la regla general era la libre determinación del precio por parte del oferente. En efecto, antes del año 2007, el modelo español de OPA se caracterizaba por ser un sistema a priori, por medio del cual, quien quisiera obtener una participación significativa de una sociedad, debía formular una oferta pública de adquisición. De esta forma se garantizaba, por un lado, que todos los poseedores de valores pudieran acceder a la venta de estos en igualdad de condiciones, y, por otro lado, toda vez que era de interés del oferente adquirir el control de la sociedad o una participación significativa, debía realizar la oferta a un precio atrayente para los destinatarios de la misma, garantizando, de esta forma, que el precio de la oferta fuera adecuado, en interés de todas las partes.2 No obstante, la corriente comunitaria optó por un sistema de OPA a posteriori, concretado en la Directiva 2004/25/CE. En este sistema, la OPA es el resultado de la obtención previa del control o participación significativa de la sociedad, por lo cual, el oferente no tiene por que estar interesado en el éxito de la oferta, teniendo en cuenta que ya ha obtenido el control de la sociedad. Es por esto que la regulación del precio de la oferta resulta ser un imperativo dentro de este régimen. En este sentido, la figura del precio equitativo se incorporó en la Directiva 2004/25/CE, como garantía para la protección de los accionistas minoritarios, adoptándose una regla general única para la determinación del precio de la oferta. Así, en aplicación de esta regla, el precio deberá ser el valor más alto pagado por el oferente, para la adquisición de acciones, dentro de un periodo determinado anterior a la oferta. Sin perjuicio de lo anterior, la norma le dio la facultad a los Estados de adoptar criterios subsidiarios para casos especiales y excepcionales, en los cuales, la aplicación de la regla general no garantice la consecución de los principios de la normativa. Así, dentro de los Estados el precio equitativo se establece, en principio, aplicando la regla general del precio más alto, y en casos particulares y excepcionales, se establece por medio de criterios subsidiarios señalados en la normativa interna. Teniendo en cuenta lo anterior, este trabajo tiene como fin analizar la figura del precio equitativo en España, desde un doble enfoque teórico y práctico. En este sentido, inicialmente se hará un análisis de su regulación, para estudiar posteriormente, con una visión crítica, su práctica en el mercado de valores español, con miras a determinar la eficacia de la normativa actual, y, de ser el caso, proponer una reforma de la legislación. Para esto, en primer lugar, resulta fundamental realizar un análisis general de las ofertas públicas de adquisición de valores, señalando su evolución y aspectos principales; esto como cuestión previa necesaria para iniciar con el estudio del precio equitativo. Seguidamente, se presentará el tema central de este trabajo: el precio equitativo, estudiando sus antecedentes, evolución, principios y regulación actual; en particular la regla general establecida, así como las reglas subsidiarias, señalando las causales y criterios para la determinación del precio equitativo en estos casos. Adicionalmente, se analizará de forma crítica la posibilidad de impugnación del precio de la oferta, como consecuencia del sistema de precio equitativo; seguido de un estudio comparado, sobre las reglas de determinación del precio de las OPAs obligatorias en diferentes países. Por último, se hará un análisis práctico de la aplicación de la normativa estudiada del precio equitativo en las ofertas públicas de adquisición de valores realizadas en España, desde su implementación en el año 2007, hasta el año 2020. Para esto se analizarán las diferente OPAs realizadas en este periodo, buscando identificar la forma y criterios utilizados para establecer el precio de las ofertas y, de esta forma, determinar si en España se ha adoptado un sistema complejo de determinación del precio equitativo o si la regla general es la que impera en el día a día bursátil. Así mismo, se buscará identificar las consecuencias que ha tenido en el mercado español la legislación actual del precio equitativo. Todo lo anterior tendrá como fin obtener un estudio completo de la regulación y aplicación práctica de la figura del precio equitativo en España, buscando establecer si esta figura, tal y como se encuentra regulada en la actualidad, favorece y permite la consecución de sus fines, es decir, la protección e igualdad de trato de los accionistas, así como, no ser un obstáculo para los cambios de control eficientes. La importancia de lo señalado trasciende a sus consecuencias en el mercado, ya que, al asegurar estos fines, se dota de seguridad y dinamismo al mismo; atrayendo una mayor inversión y empresas más eficientes. Es por esto que, a partir de la información recolectada se buscará señalar si es necesaria una reforma regulatoria, y, si es el caso, realizar una propuesta legislativa dirigida a alcanzar estos objetivos. 1 Sánchez Calero, F. (2009). Ofertas Públicas de Adquisición de Acciones (OPAS). Ed. Thomson Reuters, Civitas. Navarra. Págs. 31 y 81. 2 Carretero Gil de Biedma, E. (2015). El precio equitativo en la regulación de las ofertas públicas de adquisición de valores. Revista de Derecho del Mercado de Valores Nº 17/2015. Editorial Wolter Kluwer. Madrid. Recuperado de: https://www-smarteca-es.sire.ub.edu/myreader/SMT20073241_00000000_20150701000000170000?location=pi-5715&searchHighlight=El%20precio%20equitativo%20en%20la20regulaci%C3%B3n%20de%20las%20ofertas%20p%C3%BAblicas%20de%20adquisici%C3%B3n%20de%20valoresPág. 3.
Fuente: Biblioteca Virtual Banco de la República Formatos de contenido: Tesis
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Imagen de apoyo de  How can the sense of touch create a more ethical relationship between nature and the skincare industry?

How can the sense of touch create a more ethical relationship between nature and the skincare industry?

Por: María Iragorry Amaya | Fecha: 2021

Abstract: Ethical innovation in the skincare industry has been mainly concerned with biodegradable packaging concerns and so-called green formulations. This interpretation of what ethics means is a response to the current dominant discourses of sustainability, in which nature is seen as a perfect and idyllic set of goods and resources that has to be managed in the same way a bank account is administered. This journal attempts to invite skincare consumers to create other ways of relating to nature and sustainability, by re-thinking the meanings of these concepts.To help consumers rethink their position within nature in the skincare industry, the sense of touch and its capacity to confer understanding and raise consciousness is introduced as an ethical strategy for doing so.
Fuente: Biblioteca Virtual Banco de la República Formatos de contenido: Tesis
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An Adaptive Strategic Framework. The exploration of new upgrading strategies for informal settlements in Bogotá, Colombia = Un marco estratégico adaptativo. Explorando nuevas estrategias de mejoramiento de asentamientos informales en Bogotá, Colombia

Por: Elisa María Isaza Bernhard | Fecha: 2020

Abstract: The rising poverty rates, internal displacement, market-oriented development and social inequalities are some of many factors that shaped the binary configuration of the so-called formal and informal urban fabric of Bogotá. Urban informality emerges as the answer to a lack of opportunities and spatial offers, evidencing the inability of the existing planning structures to embody and decode the complex conditions, dynamics and vulnerability gradients that these environments entail. Bogotá’s upgrading program, despite being a crucial instrument in the transformation of informal areas, has proven to be insufficient to overcome the fragmentation between formal and informal urban dynamics, in which the generic and rigid approach has impeded the achievement of a structural change and local empowerment in a long term perspective. The thesis proposes an alternative assessment and planning framework, as an opportunity to improve the current planning methods within a new long term perspective, that embraces and increases the adaptive capacity of the diverse vulnerable groups and systemic interrelations in the current structures of Bogotá. This, by redefining the current overview of risk and to vulnerability, as potential tools to improve the local conditions from a co-evolutionary socio-ecological approach. The proposed Framework is therefore not a definitive and static project. In turn, it is a dynamic tool to reveal the diverse challenges but also the amount of endogenous opportunities in the local informal environments. By redefining the role of nature and the role of formal and informal actors as co-agents of change in the development process, the proposed model aims to transform the segregated dynamics of the city, empower the local and most neglected communities, reinforce bottom-up approaches and provide alternative possibilities for more resilient socioecological systems that in turn are prepared to an uncertain future. Resumen: Los crecientes índices de pobreza, el desplazamiento interno, el desarrollo orientado al mercado y las desigualdades sociales son algunos de los muchos factores que configuraron la configuración binaria del llamado tejido urbano formal e informal de Bogotá. La informalidad urbana surge como respuesta a la falta de oportunidades y ofertas espaciales, evidenciando la incapacidad de las estructuras de planificación existentes para plasmar y decodificar las complejas condiciones, dinámicas y gradientes de vulnerabilidad que estos entornos conllevan. El programa de mejoramiento de Bogotá, a pesar de ser un instrumento crucial en la transformación de las áreas informales, ha demostrado ser insuficiente para superar la fragmentación entre las dinámicas urbanas formales e informales, en las que el enfoque genérico y rígido ha impedido el logro de un cambio estructural y el empoderamiento local en una perspectiva de largo plazo. La tesis propone un marco alternativo de evaluación y planificación, como una oportunidad para mejorar los actuales métodos de planificación dentro de una nueva perspectiva de largo plazo, que abarque y aumente la capacidad de adaptación de los diversos grupos vulnerables y las interrelaciones sistémicas en las actuales estructuras de Bogotá. Esto, al redefinir la visión actual del riesgo y de la vulnerabilidad, como herramientas potenciales para mejorar las condiciones locales desde un enfoque socioecológico co-evolutivo. El Marco propuesto no es, por tanto, un proyecto definitivo y estático. A su vez, es una herramienta dinámica para revelar los diversos retos pero también la cantidad de oportunidades endógenas en los entornos locales informales. Al redefinir el papel de la naturaleza y el de los actores formales e informales como coagentes del cambio en el proceso de desarrollo, el modelo propuesto pretende transformar las dinámicas segregadas de la ciudad, empoderar a las comunidades locales y más desatendidas, reforzar los enfoques ascendentes y ofrecer posibilidades alternativas para sistemas socioecológicos más resilientes que, a su vez, estén preparados para un futuro incierto.
Fuente: Biblioteca Virtual Banco de la República Formatos de contenido: Tesis
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An Adaptive Strategic Framework. The exploration of new upgrading strategies for informal settlements in Bogotá, Colombia = Un marco estratégico adaptativo. Explorando nuevas estrategias de mejoramiento de asentamientos informales en Bogotá, Colombia

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Imagen de apoyo de  Towards a new circular mindset: upcycling center of construction materials = Hacia una nueva mentalidad circular: centro de upcycling para materiales de construcción

Towards a new circular mindset: upcycling center of construction materials = Hacia una nueva mentalidad circular: centro de upcycling para materiales de construcción

Por: Laura Alejandra Lamprea Vélez | Fecha: 2019

Resumen: Después de medio siglo de preocupación por las implicaciones en el ambiente del estilo de vida consumista, no se han visto cambios que estén impulsando la relación entre economía y naturaleza positivamente. Los procesos lineales en las ciudades aumentan el agotamiento de recursos, producción de desechos y contaminación. Por lo tanto, se debe impulsar una mentalidad circular para evitar el derroche de energía y promover una mejor gestión de recursos para relacionarse con las lógicas metabólicas naturales. Es necesario repensar cómo nuestras ciudades pueden cambiar la idea errada de basura, por la de material esperando a ser reintegrado al sistema. La arquitectura es uno de los impulsores de la generación de desperdicios mediante la construcción y demolición de edificaciones. El diseño arquitectónico, la producción de materiales y la disposición de edificios antiguos, son problemas a resolver para proporcionar un cambio en el medio. Por lo tanto, la presente investigación buscó encontrar relaciones entre diferentes grupos de diseño para crear una ciudad circular sostenible con un modelo de producción circular. Se realizó un análisis de cadenas productivas para encontrar relaciones en busca de cerrar bucles abiertos. Se analizaron materiales, agua, alimentos, naturaleza y energía como recursos básicos de un enfoque ecosistémico. Posteriormente, se presenta una investigación en producción cero residuos y la creación de materiales sostenibles, plasmando al final todos los hallazgos en el producto arquitectónico de una fábrica de materiales reciclados. Se definió un plan maestro para el barrio Muide Meulestede en Bélgica para el año 2030, como población objetivo. Esta exploración reveló que las iniciativas dispersas pueden orientarse hacia objetivos más resilientes y definió que la creación de relaciones puede ser una estrategia de diseño sostenible para lograr una mentalidad circular. Una vez se utilizan lógicas circulares como metodología principal de diseño, es posible adaptar estrategias para ser uno de los principales núcleos a tener en cuenta en el desarrollo arquitectónico y planteamiento de ciudades. Abstract: After half a century of concern about the environmental implications of consumer lifestyle, there have been no changes that turn the relationship between economy and nature positively. Linear processes in cities increase resource depletion, waste production, and pollution. A circular mindset is needed to avoid energy waste, a better resource management and a strategy to relate to the nature metabolic logics. It is necessary to rethink how our cities can change the mistaken idea of garbage, for a material waiting to be reintegrated into the system. Architecture is introduced as one of the drivers of waste generation through the construction and demolition of buildings. Architectural design, production of materials and renovation of old buildings are problems that must be solved to provide a change in field. Therefore, this research finds relationships between different design groups to create a sustainable circular city with a new circular production model. An analysis of productive chains was carried out to find relationships to close open loops. The basic resources dealt to respond to an ecosystem approach were materials, water, food, nature and energy. Subsequently, an investigation in zero waste production and the creation of sustainable materials will be presented, to finally translate all the findings into the architectural product of a recycled materials factory. A master plan for Muide Meulestede neighborhood in Belgium, projected to 2030, was defined as the target population. This exploration revealed that dispersed initiatives can be geared towards more precise and resilient goals, and defined that creating relationships can be a sustainable design strategy to achieve a circular mindset. Once circular and metabolic logics are used as a main design methodology, it is possible to adapt these strategies to be one of the main nuclei to take into account in the architectural development and planning of cities.
Fuente: Biblioteca Virtual Banco de la República Formatos de contenido: Tesis
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Towards a new circular mindset: upcycling center of construction materials = Hacia una nueva mentalidad circular: centro de upcycling para materiales de construcción

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Imagen de apoyo de  Inter-individual variability of Lifetime Stress exposure on the oncological characteristics of  TNBC patients: Do coping styles moderate the relationship? Role of SNS, HPA axis, and Cortical structures

Inter-individual variability of Lifetime Stress exposure on the oncological characteristics of TNBC patients: Do coping styles moderate the relationship? Role of SNS, HPA axis, and Cortical structures

Por: Ingrid Lizeth Lizarazo Rodríguez | Fecha: 2021

Abstract: Biological and physiological changes in response to stress are crucial to achieving adaption to environmental constraints. Typical stress responses activate the sympathetic nervous system and the hypothalamic-pituitary-adrenal cortical axis, which aim to maintain homeostasis in response to demands and influence various biological responses at neuroendocrine, cellular, and immune levels. In particular, there is compelling evidence showing the devastating effects of high-stress levels on immune responses and brain functionality. In that sense, data suggest that a sustained stress-physiological response predicts decreases in immunity and leads to allostatic load, the wear, and tear of biological systems. Similarly, in cancer research, chronic stress levels have been reported to impair the bodysurveillance systems and be related to cancer incidence, progression, and mortality. Despite the evidence demonstrating the associations between stress and cancer, there are limited data on whether lifetime stress exposure relates to clinical indicators of cancer aggressiveness. Considering the evidence showing the adverse effects of prolonged stress exposure on cancer disease, this thesis aimed to explore the relationship between lifetime stress exposure and the clinical characteristics of tumor-aggressiveness in a cohort of patients affected with triple-negative breast cancer (TNBC). Likewise, as research has shown that coping responses moderate the stress-physiological response, we aimed to investigate the role of coping responses in moderating the association between tumor aggressiveness and lifetime stress exposure. According to the scientific literature, high-stress levels would increase physiological arousal and allostatic load favoring a debilitated immune system. Thus, we hypothesized finding positive associations between lifetime stress exposure and tumor-aggressiveness. In the same line, we suspected that adaptative coping styles would be negatively related to tumoraggressiveness. The participants of this study were 29 women diagnosed with TNBC who were treated in the University Hospital for Gynecology Pius-Hospital (Oldenburg, Germany). Correlation and moderation regression analyses with the use of composite scores were conducted. Overall, we could not demonstrate significant associations between lifetime stress exposure and coping responses on the clinical indicators of tumor aggressiveness in this cohort of patients. Possible explanations for these results are discussed, and suggestions for future research are provided. This study was the first to investigate the effect of lifetime stress exposure and coping response on the aggressive tumor characteristics of TNBC. We provided a deep theoretical framework to understand the interplay between biological and psychological aspects of cancer disease, and we hope that our recommendations may serve as a base for upcoming studies.
Fuente: Biblioteca Virtual Banco de la República Formatos de contenido: Tesis
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Inter-individual variability of Lifetime Stress exposure on the oncological characteristics of TNBC patients: Do coping styles moderate the relationship? Role of SNS, HPA axis, and Cortical structures

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Identifying genetic signatures of recent local adaptations in people from Ibiza = Identificación de firmas genéticas de adaptaciones locales recientes en personas de Ibiza

Por: Diego Alejandro Londoño Correa | Fecha: Ca. 2020

Abstract: Islands have been considered natural laboratories to study evolutionary processes. Ibiza is a small island in Spain whose population stands out from other Spanish populations due to its particular demographic and historical processes. War, famine, and several epidemics have affected Ibizans, and these phenomena could have left signatures of positive selection in their genomes. Here, we used three different methodologies to detect positive selection: The Population Branch Statistic (PBS), the Integrated Haplotype Score (iHS), and the Cross-Population Extended Haplotype Homozygosity (XP-EHH). We used a sliding windows approach to control for spurious results. The candidate windows for selection were chosen using three different criteria for each test: maximum and mean score within each window, and proportion of high scores in each window. Only the windows being simultaneously on the top of each of the three criteria were selected for annotation and enrichment analyses. The most common traits associated with the SNPs present in the candidate windows were blood function, cardiovascular diseases, body mass measures, lipid metabolism, renal function, and skin diseases. We suggest some hypotheses to explain the selection signatures related to some of these traits and some recommendations for further studies to overcome the present research's limitations. Resumen: Las islas se han considerado laboratorios naturales para estudiar procesos evolutivos. Ibiza es una pequeña isla de España cuya población se distingue del resto de poblaciones españolas por sus particulares procesos demográficos e históricos. La guerra, el hambre y varias epidemias han afectado a los ibicencos, y estos fenómenos podrían haber dejado huellas de selección positiva en sus genomas. Aquí, utilizamos tres metodologías diferentes para detectar selección positiva: el Population Branch Statistic (PBS), el Integrated Haplotype Score (iHS) y la Cross-Population Extended Haplotype Homozygosity (XP-EHH). Usamos un enfoque de ventanas deslizantes para controlar resultados espurios. Las ventanas candidatas para la selección se eligieron utilizando tres criterios diferentes para cada prueba: puntuación máxima y media dentro de cada ventana, y proporción de puntuaciones altas en cada ventana. Solo las ventanas que se encontraban simultáneamente en la parte superior de cada uno de los tres criterios se seleccionaron para los análisis de anotación y enriquecimiento. Los rasgos más comunes asociados con los SNP presentes en las ventanas candidatas fueron la función sanguínea, las enfermedades cardiovasculares, las medidas de masa corporal, el metabolismo de los lípidos, la función renal y las enfermedades de la piel. Sugerimos algunas hipótesis para explicar las señales de selección relacionadas con algunos de estos rasgos y algunas recomendaciones para futuros estudios para superar las limitaciones de la presente investigación.
Fuente: Biblioteca Virtual Banco de la República Formatos de contenido: Tesis
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Identifying genetic signatures of recent local adaptations in people from Ibiza = Identificación de firmas genéticas de adaptaciones locales recientes en personas de Ibiza

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Novel genomic tool to study early stages of speciation in species with large genomes = Noveherramienta genómica para estudiar etapas tempranas de especiación en especies con grangenomas

Por: Diego Alejandro Londoño Correa | Fecha: 2020

Abstract: Thanks to theoretical and technological advances in evolutionary biology we can look into genomic patters to infer evolutionary processes such as divergence and gene flow, and how they shape the genomic landscape. However, such studies tend to focus on model species with small genomes and overlook non-model species with large repetitive genomes, thus missing generality across a big part of the tree of life. Here, we develop new genomic methods for the grasshopper Chorthippus parallelus, which is characterized by a giant genome of 13.5 Gb, which is not only expensive to sequence but impossible to assemble using state of the art methodologies. Alternative genomic methods involving Exome Capture have been developed in the last years to study other species with large repetitive genomes but these approaches have not been developed in grasshoppers yet. In this study we test two different library protocols — Nextera and Collibri — coupled with multiplexing, exome capture and Illumina sequencing. To test which library protocol was the best to be coupled with the exome capture we compared the number of retained reads and PCR duplicates in both protocols after sequencing. We found that Nextera was the library protocol with the highest number of retained reads and lowest number of PCR duplicates making it the best library protocol to be used in future studies. To test If the capture worked, these reads were mapped to a file containing target sequences and the coverage was then compared to the coverage resulting from a no-enrichment protocol. The capture protocol had a up to ~26 fold enrichment confirming that the baits hybridized with the target sequences. We also found that beads attached to the baits inhibit the polymerase, suggesting that beads should be removed before the amplification step. Two technical replicates showed consistent patterns but higher input of DNA seems to increase the efficiency of the capture. Together, our results suggest that this protocol could be used in organisms with large genomes, like grasshoppers, for which no reference genome is available, helping to fill the gaps in the knowledge of the genomic landscape of differentiation in these underrepresented species.
Fuente: Biblioteca Virtual Banco de la República Formatos de contenido: Tesis
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Novel genomic tool to study early stages of speciation in species with large genomes = Noveherramienta genómica para estudiar etapas tempranas de especiación en especies con grangenomas

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El alcance de la dimisión libertaria de Robert Nozick = The extent of Robert Nozick's renunciation to libertarianism

Por: David Leonardo López Bruce | Fecha: 2018

Resumen: Robert Nozick es conocido por sus posiciones libertarias, expuestas en su libro Anarquía, Estado y Utopía. Sin embargo, textos posteriores del autor (en particular La vida examinada) parecen mostrar una renuncia al libertarianismo y una crítica a éste como posición política y ética. A través del análisis de su último libro (Invariances) este trabajo busca identificar si existe o no esa renuncia y, además, analiza el alcance, condiciones y contenido de la renuncia o, al menos, de los cambios en perspectiva. En ese sentido, el trabajo analiza si Invariances presenta un marco libertario y si este marco es compatible con el presentado en Anarquía, Estado y Utopía, tanto desde la perspectiva de la teoría del Estado, como desde la perspectiva de la ética. Abstract: Robert Nozick is known for his libertarian positions, presented in his book Anarchy, State and Utopia. Nevertheless, later books by the author (particularly The examined life) seem to show a renunciation of libertarianism and a criticism of it as a political and as an ethical position. By analyzing his last book (Invariances) this work attempts to identify whether this renunciation exists or not and, also, analyzes the extent, conditions and content of this renunciation or, at least, if its changes in perspective. In this sense, this work analyzes if Invariances presents a libertarian framework and if this framework is compatible with the one exposed in Anarchy, State and Utopia, both from the perspective of the theory of the State as from the perspective of ethics.
Fuente: Biblioteca Virtual Banco de la República Formatos de contenido: Tesis
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Imagen de apoyo de  Land Regime and Coca Cultivation. Contrasting the effect of land inequality on the area under coca cultivation in Colombia = Regimen de tierras y cultivo de coca. Contrastando los efectos de la desigualdad de la tierra sobre el área de cultivo de coca en Colombia

Land Regime and Coca Cultivation. Contrasting the effect of land inequality on the area under coca cultivation in Colombia = Regimen de tierras y cultivo de coca. Contrastando los efectos de la desigualdad de la tierra sobre el área de cultivo de coca en Colombia

Por: María Jimena López León | Fecha: 2021

Abstract: Most socioeconomic studies on illicit economies have been approached through the lens of war economics, hence, a wide variety of them are rooted in the greed and grievance literature. On contrast, recent studies (Eventon & Gutierrez, 2020, p. 10) (Gutierrez, 2020) (International Journal of Drug Policy, 2021) have found that illicit economies, particularly on illicit crops, arise as a source of livelihoods for impoverished farmers that provides opportunities to enhance agricultural practices and local development such as infrastructure, land access, access to credit, and supplies for cropping coca, also for other licit products and services. In addition, its origin is not only the result of poverty or "lack of development", but of a modernisation process in which coca has emerged as an "autonomous form of development." (Gootenberg, 2021). The aim of this study which dialogues with these new analytical frames, is measuring the influence that subnational inequality measures have in explaining the variation of coca area –among municipalities identified as coca leaf producers— and contrasting them with municipal poverty measures. I will argue that coca crops expansion adapts to different land regimes, but particularly in uneven distribution of land, where coca interacts with other conditions of economic precarity (Rigg, et al., 2016). Based on a longitudinal analysis of 217 Colombian municipalities, I contrast the effect of Gini of land owning and the Dependency on National Transfers on coca area from 2014 and 2018. The results feeds into and contributes to an Agrarian Change perspective to explain the influence of structures and mechanisms that shape rural change (Cramer & Richards, 2011); and a subnational analysis to make visible “within-country heterogeneity” of the association coca and land inequality. Resumen: La mayoría de los estudios socioeconómicos sobre las economías ilícitas se han abordado a través de los lentes de la economía de la guerra, por lo que una gran variedad de ellos están arraigados en la literatura de la codicia y el agravio. Por el contrario, estudios recientes (Eventon & Gutierrez, 2020, p. 10) (Gutierrez, 2020) (International Journal of Drug Policy, 2021) han encontrado que las economías ilícitas, en particular sobre los cultivos ilícitos, surgen como una fuente de sustento para los agricultores empobrecidos que proporciona oportunidades para mejorar sus prácticas agrícolas y el desarrollo local, tales como la infraestructura, el acceso a la tierra, el acceso al crédito y los suministros para el cultivo de coca, también para otros productos y servicios lícitos. Además, su origen no es sólo el resultado de la pobreza o la "falta de desarrollo", sino de un proceso de modernización en el que la coca ha surgido como una "forma autónoma de desarrollo". (Gootenberg, 2021). El objetivo de este estudio, que dialoga con estos nuevos marcos analíticos, es medir la influencia que tienen las medidas de desigualdad subnacional en la explicación de la variación de la superficie de coca -entre los municipios identificados como productores de hoja de coca- y contrastarlas con las medidas de pobreza municipal. Argumentaré que la expansión de los cultivos de coca se adapta a diferentes regímenes de tierra, pero particularmente en la distribución desigual de la tierra, donde la coca interactúa con otras condiciones de precariedad económica (Rigg, et al., 2016 ). A partir de un análisis longitudinal de 217 municipios colombianos, contrasto el efecto del Gini de la propiedad de la tierra y la Dependencia de las Transferencias Nacionales sobre la superficie de coca de 2014 y 2018. Los resultados alimentan y contribuyen a una perspectiva de Cambio Agrario para explicar la influencia de las estructuras y mecanismos que moldean el cambio rural (Cramer & Richards, 2011); y un análisis subnacional para hacer visible la "heterogeneidad dentro del país" de la asociación coca y desigualdad de la tierra.
Fuente: Biblioteca Virtual Banco de la República Formatos de contenido: Tesis
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